| Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue
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Author:
Date:
2020-09-20
[Abstract] Most organs and tissues are composed of many types of cells. To characterize cellular state, various transcription profiling approaches are currently available, including whole-tissue bulk RNA sequencing, single cell RNA sequencing (scRNA-Seq), and cell type-specific RNA sequencing. What is missing in this repertoire is a simple, versatile method for bulk transcriptional profiling of cell types for which cell type-specific genetic markers or antibodies are not readily available. We therefore developed Probe-Seq, which uses hybridization of gene-specific probes to RNA markers for isolation of specific types of cells, to enable downstream FACS isolation and bulk RNA sequencing. We show that this method can enable isolation and profiling of specific cell types from mouse retina, frozen human ...
[摘要] [摘要 ] 大多数器官和组织由许多类型的细胞组成。为了表征细胞状态，目前可以使用各种转录分析方法，包括全组织体RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA -Seq）和特定于细胞类型的RNA测序。在此库中缺少的是一种简单，通用的方法，无法批量获得细胞类型的特定基因标记或抗体，因此无法批量转录。因此，我们开发了Probe-Seq，该探针使用基因特异性探针与RNA标记的杂交来分离特定类型的细胞，以实现下游FACS分离和大量RNA测序。我们表明，该方法可以实现从小鼠视网膜，冷冻人视网膜，果蝇中肠和发育中的雏鸡视网膜中分离和分析特定细胞类型的特征，这表明它对大多数生物很有用。
[背景技术 [ 0002 ] 在过去的二十年中，使用RNA-Seq和微阵列进行转录谱分析已在生物学研究中无处不在。分析现在是用来了解大多数生物体中细胞和细胞状态的主要工具之一。它被用于正常发育，异常发育和疾病的研究，并极大地扩展了我们对进化关系的理解。特别地，scRNA- Seq已经以前所未有的速度导致了新型细胞类型的鉴定（Picelli 等，2013；Jaitin 等，2014； Klein 等，2015； Macosko 等，2015）。为了更深入地了解这些新描述的细胞类型，一种无需转基因标记或特异性抗原即可将其分离的方法将大有裨益。尽管可以使用scRNA ...
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| In vivo Mouse Mammary Gland Formation
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] For years, the mammary gland serves as a perfect example to study the self-renew and differentiation of adult stem cells, and the regulatory mechanisms of these processes as well. To assess the function of given genes and/or other factors on stemness of mammary cells, several In vitro assays were developed, such as mammospheres formation assay, detection of stem cell markers by mRNA expression or flow cytometry and so on. However, the capacity of reconstruction of whole mount in the cleared fat pad of recipient female mice is a golden standard to estimate the stemness of the cells. Here we described a step-by-step protocol for in vivo mammary gland formation assay, including preparation of “cleared” recipients and mammary cells for implantation, the surgery process and ...
[摘要] [摘要 ] 多年来，乳腺一直是研究成体干细胞的自我更新和分化以及这些过程的调控机制的完美例证。为了评估给定的基因和/或其他因素对乳腺细胞的干性，有几个函数体外测定法开发出来，如微球体由mRNA表达形成试验，干细胞标志物的检测或流式细胞术等。然而，在雌性小鼠清除的脂肪垫中整个坐骨的重建能力是估计细胞干性的黄金标准。在这里，我们描述了体内的分步操作方案 乳腺形成测定，包括准备“清除”的受体和用于植入的乳腺细胞，手术过程以及如何评估实验结果。结合通过基因编辑和/或药物处理对乳腺细胞的操作，该方案在乳腺干细胞和乳腺发育的研究中可能非常有用。
[背景 ] 作为哺乳动物最典型的器官之一，乳腺（MG）是外分泌腺，负责泌乳。MG的发育受某些性激素的控制，这些激素的水平精确地调节了MG在不同发育阶段的结构，细胞组成和功能变化（Henigighausen and Robinson，2005）。许多遗传和环境因素都参与了乳腺干细胞的调控和MG的发育。为了研究这些因素的功能和机理，已经开发了几种方法，特别是用于评估乳腺细胞的干性。先前的研究表明，只有MG的基底细胞而非管腔细胞能够在受体雌性小鼠清除的脂肪垫中重建上皮树，这表明乳腺干细胞仅存在于基底谱系中（Van Keymeulen 等，2011）。 ）。后来，包括我们在内的许多研究发现了乳腺干细胞的几种标志物（Prater ...
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| Organotypic Slice Culture of the Embryonic Mouse Brain
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] Organotypic slice culture is a powerful technique for exploring the embryonic development of the mammalian brain. In this protocol we describe a basic slice culture technique we have used for two sets of experiments: axon guidance transplant assays and bead culture assays.
[摘要] [摘要]器官型切片培养是探索哺乳动物大脑胚胎发育的有力技术。在这个方案中，我们描述了一种基本的切片培养技术，我们已经用于两组实验：轴突引导移植实验和珠子培养实验。
[背景] 器官型切片培养是近年来广泛应用的一种技术，在神经发育领域已成为一种特别流行的技术。它的最大优点是可以在体外培养发育中的神经细胞，同时保持组织的体内结构。在该方案中，我们描述了我们在最近的论文（Clegg等人，2019）中用于两个实验的切片培养技术。首先，我们进行了轴突引导移植实验，将荧光标记的组织移植到非荧光宿主切片上，观察轴突的生长情况。这是先前用于研究胼胝体发育的一个改进版本，但可以很容易地用于检查其他轴突束，如丘脑皮质束（Niquille et al.，2009）。其次，我们进行了微珠培养实验，将浸有重组FGF蛋白的小球植入组织中，检测组织对FGF蛋白的分子和细胞反应。以这种方式使用浸过蛋白的小球提供了一种在特定位置聚焦输送重组蛋白的方法，与将所有组织均匀暴露于蛋白质的浴敷法不同。这模拟了体内的情况，即形态发生素（如FGF17）在特定的解剖位置表达，然后在组织中扩散。该技术可用于探索对多种不同重组蛋白或药物的反应。
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