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Date:
2020-07-05
[Abstract] Drosophila larval salivary gland polytene chromosome squashes have been used for decades to analyze genome-wide protein-binding patterns, transcriptional activation processes, and changes in chromatin structure at specific genetic loci. There have been many evolutions of the squashing protocol over the years, with sub-optimal reproducibility and low sample success rate as accepted caveats. However, low sample success rates are an obvious disadvantage when polytene chromosomes are used for more high-throughput approaches, such as genetic or antibody screens, or for experiments requiring high-quality chromosome structure preservation. Here we present an exceptionally reproducible squashing and fluorescence staining protocol, which generates high-quality fluorescence images on ...
[摘要] [摘要] 果蝇几十年来，幼虫唾液腺多线染色体压片被用来分析全基因组蛋白质结合模式、转录激活过程以及特定基因位点染色质结构的变化。在过去的几年中，压榨方案已经有了许多改进，次优的重复性和较低的样本成功率是公认的警告。然而，当多线染色体用于更高通量的方法，如遗传或抗体筛查，或用于需要高质量染色体结构保存的实验时，低样本成功率是一个明显的缺点。在这里，我们提出了一个特别可重复的挤压和荧光染色协议，它可以在扩散良好的染色体上生成高质量的荧光图像。接下来是我们的新的、半自动的MATLAB分析程序，用于以逐像素的方式确定多线染色体上单个位点上感兴趣的荧光信号之间的相关性。在我们的案例中，我们已经用这种方法来评估染色体在基因组位点的变化，这些位点被核孔蛋白的异位靶向。我们的分析程序的使用提高了对染色质结构的变化或染色质的蛋白质补充的无偏结论的能力，而不考虑免疫荧光染色的样本变化。由于它只是基于特定位置的荧光强度的差异，因此所提供的分析程序不局限于对多线染色体的分析，并且可以应用于许多不同的上下文中，其中任何特定位置的荧光信号之间的相关性是感兴趣的。
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