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RNeasy Micro Kit

RNeasy微量包

Company: QIAGEN
Catalog#: 74004
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Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract]  Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq. [摘要]  基因表达在多个水平上动态调节,包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件,我们描述了我们用净化细胞核(INTACT)纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA,所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。

【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用,每种方法都有其优点和缺点(Bailey-Serres,2013年综述)。分离特定的调控区室,如细胞核(来自细胞器,核糖体,细胞质,等等)可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里,我们描述了一种方法,可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核,适用于研究核基因表达的实验(例如,核RNA的RNA-Seq,ATAC-Seq,ChIP -Seq,等。)。此外,我们描述了RNA的处理,导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织(日本野生稻栽培品种日本晴)(Reynoso等人,2018年)一起使用,但是它们基于以前开发的方案, (拟订和Henikoff,2010年和2011年)和番茄(罗恩等人,2014年)。

该协议的第一部分,INTACT方法(用于标记特定细胞类型的核的分离)允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域,GFP和生物素连接酶识别肽(BLRP)组成的三联核标签融合蛋白(NTF)的细胞类型特异性表达实现的。 ...

Isolation and Separation of Epithelial CD34+ Cancer Stem Cells from Tgfbr2-deficient Squamous Cell Carcinoma
Author:
Date:
2017-09-05
[Abstract]  Most epithelial tumors have been shown to contain cancer stem cells that are potentially the driving force in tumor progression and metastasis (Kreso and Dick, 2014; Nassar and Blanpain, 2016). To study these cells in depth, cell isolation strategies relying on cell surface markers or fluorescent reporters are essential, and the isolation strategies must preserve their viability. The ability to isolate different populations of cells from the bulk of the tumor will continue to deepen our understanding of the biology of cancer stem cells. Here, we report the strategy combining mechanical tumor dissociation, enzymatic treatment and flow cytometry to isolate a pure population of epithelial cancer stem cells from their native microenvironment. This technique can be useful to further ... [摘要]  大多数上皮肿瘤已经显示含有可能是肿瘤进展和转移的驱动力的癌症干细胞(Kreso和Dick,2014; Nassar和Blanpain,2016)。 为了深入研究这些细胞,依赖于细胞表面标志物或荧光报告基因的细胞分离策略是必不可少的,分离策略必须保持其活力。 从大部分肿瘤中分离不同细胞群的能力将继续加深我们对癌症干细胞生物学的认识。 在这里,我们报告了结合机械肿瘤解离,酶处理和流式细胞术的策略,从其天然微环境中分离出纯种群的上皮癌干细胞。 该技术可用于进一步功能性地分析癌症干细胞(RNA测序和表观遗传学分析),在培养物中培养它们或在移植测定中直接使用它们。
【背景】肿瘤复发和转移是大多数与癌症有关的死亡的主要原因。恶性肿瘤可能由干细胞群体启动和维持(Nassar和Blanpain,2016; Bonnet和Dick,1997),这些细胞是预防复发的重要治疗靶点(Baumann et al。,2008)。研究表明,鳞状细胞癌由肿瘤干细胞亚群维持,其抗药性,并通过进行自我更新和分化(如正常干细胞)引发肿瘤复发,产生增殖祖细胞,其分化形成肿瘤大部分(Locke et al。,2005; Prince et al。,2007; Malanchi et al。,2008; de Sousa e Melo et ...

RNA-Seq Library Generation from Rare Human Cells Isolated by FACS
Author:
Date:
2013-06-20
[Abstract]  High throughput RNA Sequencing has revolutionized transcriptome analyses. However, most available protocols require micrograms of RNA rendering this technique not feasible for analyzing small numbers of cells, including precious rare cell types isolated from human tissues or organs. Here, we used an RNA Amplification System and describe a method for preparing RNA sense-strand cDNA libraries compatible with an Illumina sequencing platform starting from limited numbers of human fetal germ cells as well as human embryonic stem cells (hESCs) isolated using Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS). With this protocol we generated seven RNA-Seq libraries starting from 4,000 germ cells sorted from fetal ovaries (n = 2) and fetal testes (n = 2) at 16-16.5 weeks of development and 4,000 sorted ... [摘要]  高通量RNA测序革新了转录组分析。 然而,大多数可用的协议需要微克RNA,使得这种技术不可能用于分析少量的细胞,包括从人体组织或器官分离的珍贵的稀有细胞类型。 在这里,我们使用RNA扩增系统,并描述了一种制备RNA有义链cDNA文库的方法,其与Illumina测序平台相容,从有限数目的人胎儿生殖细胞以及使用荧光活化细胞分离的人胚胎干细胞(hESC) 排序(FACS)。 使用这个协议,我们生成七个RNA Seq库开始从4,000生殖细胞从胎儿卵巢(n = 2)和胎儿睾丸(n = 2)在16-16.5周的发展和4,000分选hESCs(n = 3)排序。 我们预测多重文库也可以通过用多重兼容的3'衔接子和索引的PCR引物替换这里使用的单重3'衔接子来产生。

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