| Fluidigm Based Single-cell Gene Expression Library Preparation from Patient-derived Small Intestinal Organoids
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Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] In this protocol, we describe our methods to isolate crypts from patients' biopsy samples and to culture human intestinal stem cells as it’s called “organoid.” Beyond that, we describe how to dissociate organoids cells into single cells for single-cell analysis as a further application. This protocol should provide investigators sufficient tools to generate human organoids from biopsy samples and to accomplish a stable in-vitro assay system.
[摘要] [摘要]在此协议中，我们描述了从患者的活检样本中分离隐窝并培养人类肠干细胞（称为“类器官”）的方法。除此之外，我们还介绍了如何将类器官细胞分解为单细胞以进行单细胞分析，作为进一步的应用。该方案应为研究人员提供足够的工具，以从活检样品中产生人类器官并完成稳定的体外测定系统。
[背景]肠上皮是一个多功能组织即编排动态平衡并形成物理屏障。由肠干细胞（ISC）产生的每个肠上皮细胞（IEC）每4-5天更新一次该上皮（Crosnier等，2006 ）。ISC位于隐窝的底部，并表达各种文献先前报道的特定标记（Muñoz等，2012 ；Clevers ，2013 ）。研究表明，干细胞正确更新的功能障碍与肠道疾病有关，对ISCs动态的了解可能阐明了包括炎症性肠病（IBD）在内的各种疾病的发病机制（Okamoto et al。，2016 ）。
然而，由于缺乏能概括生理性肠上皮层的有效模型，因此对肠干细胞特性的研究具有挑战性。史诗般的“类器官”的引入克服了种种障碍（Sato等人，2009和2011 ），可以从单个ISC体外建立类器官，并忠实地保留其起源组织的生理和病理特征（Middendorp等人）。 。，2014 ）。类器官已被用于各种胃肠道疾病解剖基础病理变化（Fatehullah 。等人，2016; Noben等人，2017 ...
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| Ex vivo Culture Assay Using Human Hair Follicles to Study Circadian Characteristics
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Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] Ex vivo culture assays of biopsy specimens are advantageous for the experimental evaluation of human circadian characteristics. We developed a simple and non-invasive experimental evaluation method for monitoring the expression of circadian clock genes in an ex vivo culture assay using human hair follicles. This method imposes little burden on subjects. This assay is useful for validating correlations between circadian characteristics in hair follicles and intrinsic characteristics observed in physiological and behavioral studies. While they should be further validated, this ex vivo method constitutes a useful tool for estimating in vivo circadian characteristics.
[摘要] [摘要] 活检标本的体外培养测定法有利于人体昼夜节律特征的实验评估。我们开发了一种简单而无创的实验评估方法，用于监测人发体外培养法中昼夜节律基因的表达follicles.This方法强加subjects.This测定法是用于验证昼夜CH之间的相关性有用的小负担在毛囊和固有特性在生理和行为studies.While观察aracteristics它们应该被进一步验证，该离体方法用于小的有用工具体内估计 昼夜节律特征。
[背景] 活的生物体表现出在生理和行为的昼夜节律由生物钟驱动（杨和Kay，2001）。该昼夜发条由转录的细胞自主性和时钟基因驱动的负反馈环路（邓拉普，1999 ）。在哺乳动物中，转录因子BMAL1和CLOCK 通过E-box元件激活时钟和与时钟相关的基因（例如Period （Per ）和Cryptochrome （Cry ））的转录.PER与有效的转录抑制剂CRY一起起作用负性调节这一复杂（里珀特织女，2002年）。在体内评估个体的内在节律特点在人类，要么以恒定的例行或强制去同步化协议，价格昂贵，耗力。因此，评估利用离体培养试验中要估计体内的昼夜节律特征可能具有重要的优势。例如，一些研究已经结束，n个外周细胞反映了个体的昼夜节律偏好，称为计时型（Brown 等人，2005； Hida 等人，2013 ...
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