| Measurements of Root Colonized Bacteria Species
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] Root-associated bacteria are able to influence plant fitness and vigor. A key step in understanding the belowground plant-bacteria interactions is to quantify root colonization by the bacteria of interest. Probably, genetic engineering with fluorescence markers is the most powerful way to monitor bacterial strains in plant. However, this could have some collateral problems and some strains can be challenging to label. In this sense, bacterial inoculation under properly controlled conditions can enable reliable and reproducible quantification of natural bacterial strains. In this protocol, we describe a detailed procedure for quantification of root-associated bacteria. This method applies non-aggressive samples processed with morphological identification and PCR-based genetic ...
[摘要] [摘要]根系相关细菌能够影响植物的健康和活力。理解地下植物与细菌相互作用的关键步骤是量化目标细菌的根定植。也许，用荧光标记基因工程是监测植物细菌菌株的最有力的方式，但是这可能有一些担保的问题，有些菌株可被有挑战性的标签。从这个意义上说，在适当控制的条件下接种细菌可以对天然细菌菌株进行可靠且可重复的定量。在此协议中，我们描述了用于定量根相关细菌的详细程序。此方法适用于非侵略性样本处理编 形态鉴定和基于PCR的遗传指纹图谱。这种易于遵循的方案适用于研究在人工培养基或土壤中生长的植物的细菌定植。
[背景] ：植物中天然活与在根际，这是指土壤附着在根的薄层各种土壤细菌。虽然有些根瘤菌对植物没有可观察到的作用，但其他根瘤菌是引起有害作用的病原体或促进植物活力的生长性根瘤菌（PGPR）（Mendes等人，2013; Olanrewaju等人，2019）。细菌病原体或PGPR影响植物生长的能力与其细菌根定殖水平紧密相关。因此，细菌根定殖的研究是了解地下植物与细菌相互作用的重要踏脚石。
可以通过可视化荧光信号来评估细菌菌株的丰度，方法是对其进行修饰以表达编码诸如GFP的荧光蛋白的转基因标记基因（Rochat等，2010; Krzyzanowska等，2012; Saad等，2018）。 ...
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| Isolating Multiple Extracellular Vesicles Subsets, Including Exosomes and Membrane Vesicles, from Bovine Milk Using Sodium Citrate and Differential Ultracentrifugation
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Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] Milk is a complex fluid that contains various types of proteins and extracellular vesicles (EVs). Some proteins can mingle with EVs, and interfere with their isolation. Among these proteins, caseins form micelles of a size comparable to milk EVs, and can thus be co-isolated with EVs. Preliminary steps that affect milk are crucial for EV isolation and impact the purity and abundance of isolated EVs. In the course of our previous works on cow’s milk EVs, we found that sodium citrate (1% final), which is a biocompatible reagent capable of breaking down casein micelles into 40-nm monomers, allowed the isolation of high quantities of EVs with low coprecipitation of caseins or other contaminating proteins. Using this protocol, we successfully separated different EV subsets, characterized in ...
[摘要] [摘要 ] 牛奶是一种复杂的流体，其中包含各种类型的蛋白质和细胞外囊泡（EVs），有些蛋白质会与EV混合在一起，并干扰其分离，在这些蛋白质中，酪蛋白形成的胶束大小与牛奶EV相当因此，可以将其与电动汽车共隔离。影响牛奶的初步步骤对于电动汽车的隔离，影响分离电动汽车的纯度和丰度至关重要。在我们以前对牛奶电动汽车的研究过程中，我们发现柠檬酸钠（最终含量为1％ ）是一种生物相容性试剂，能够将酪蛋白胶束分解为40 nm单体，可分离出大量的EV，而酪蛋白或其他污染蛋白的沉淀率却很低。 EV子集，深入表征其形态，蛋白质含量和小分子RNA富集模式。我们还能够描述其在小鼠肠道炎症模型中的生物学功能。具体来说，是从同一样品中分离出不同乳EV子集的培养基。更具体地说，我们着重介绍了使用柠檬酸钠作为标准化方法来分离和研究乳EV的方法及其在差分超速离心之外的分离技术的潜力。
[背景 ] 在我们以前的出版物（本穆萨等人。，2016 ，2017，2019b和2019c;本穆萨和普罗沃斯特，2019） ，我们强调，牛乳是包含细胞外无数的复杂流体囊泡。（EV）用的子集在这些之中，外泌体是多囊体（MVB）与细胞膜融合时释放的约100 nm囊泡，进行超速离心时，这些沉淀物的离心速度等于或高于100,000 xg （P100K，其中P代表沉淀）（Pieters 等。，2015） ...
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