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Date:
2020-05-20
[Abstract] Size determination of subcellular structures such as inclusion bodies (IBs) and granules from fluorescent images is important for identification and structural characterization. However, it is often time-consuming just for the comparison of the average size of the structures. Here, we introduce a high-throughput procedure to represent the average size of structures in fluorescent images using Spatial Image Correlation Spectroscopy (SICS). This procedure provides an easier comparison of bodies and granular structures such as inclusion bodies (IBs) including misfolded protein aggregation, granules containing RNA (e.g., stress granules and processing bodies).
[摘要] [摘要] 从荧光图像中确定亚细胞结构（如包涵体（IBs）和颗粒）的尺寸确定对于鉴定和结构表征很重要。然而，它往往是耗费时间只是在结构的平均尺寸的比较。在这里，我们介绍了一种高通量程序，可以使用空间图像相关光谱（SICS）表示荧光图像中结构的平均大小。该程序使物体和颗粒结构的比较容易，例如包含错误折叠的蛋白质聚集的包涵体（IBs），包含RNA的颗粒（例如，应力颗粒和加工体）。
[背景] 包涵体（IBs）经常在神经退行性疾病患者的神经元中，甚至在健康生物体的细胞中也观察到（Ross和Poirier，2004； Anderson和Kedersha，2006； Kitamura 等，2015）。包括错误折叠的蛋白质聚集的IB是神经退行性疾病的标志。确定此类IB的大小对于识别和表征IB非常重要。通常使用荧光蛋白和/或免疫荧光来观察IB和亚细胞结构，因为荧光标记针对感兴趣的结构提供了理想的特异性以对抗背景中的低信号（Kitamura和Kinjo，2018）。为了确定荧光图像中亚细胞结构（如IB）的大小，已使用图像分析软件（例如ImageJ，Fiji，Metamorph 等）直接测量了结构的半径和面积。在此过程中，有必要设计一种能够准确反映特定结构尺寸的遮罩，对于研究人员来说，设计能够正确区分结构边缘的遮罩有时并不容易。ALTH Ô ...
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