| Efficient Agrobacterium-mediated Transformation of the Elite–Indica Rice Variety Komboka
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Author:
Van T. Luu, Melissa Stiebner, Paula Emmerich Maldonado, Sandra Valdés, Didier Marín, Gerardo Delgado, Virginia Laluz, Lin-Bo Wu, Paul Chavarriaga, Joe Tohme, Inez H. Slamet-Loedin and Wolf B. Frommer,
Date:
2020-09-05
[Abstract] Genetic transformation is crucial for both investigating gene functions and for engineering of crops to introduce new traits. Rice (Oryza sativa L.) is an important model in plant research, since it is the staple food for more than half of the world’s population. As a result, numerous transformation methods have been developed for both indica and japonica rice. Since breeders continuously develop new rice varieties, transformation protocols have to be adapted for each new variety. Here we provide an optimized transformation protocol with detailed tips and tricks for a new African variety Komboka using immature embryos. In Komboka, we obtained an apparent transformation rate of up to 48% for GUS/GFP reporter gene constructs using this optimized protocol. This ...
[摘要]
[摘要 ] 遗传转化对于研究基因功能和农作物工程引入新性状均至关重要。水稻（Oryza sativa L.）是植物研究中的重要模型，因为它是世界一半以上人口的主食。其结果是，大量的转化方法已经开发了两个籼稻和粳稻米。由于育种者不断开发新的水稻品种，因此必须针对每个新品种适应转化方案。在这里，我们为使用未成熟胚的非洲新品种Komboka 提供了一种优化的转化协议，包括详细的技巧和窍门。在Komboka中，我们使用此优化方案对GUS / GFP报告基因构建体的表观转化率高达48％。该协议也适用于其他优质lite 稻品种。
[背景 ] 为植物的遗传转化的各种方法公顷一直在开发，例如穿孔（Shimamoto PEG介导的原生质体转染。等人，1989;达塔。等人，1992），生物射弹转化（Christou的等人，1991）和农杆菌-介导的转化（Slamet-Loedin 等，2014）。农杆菌介导的转化是将DNA引入植物的最广泛使用的方法之一（van Wordragen and Dons，1992）。该方法已被广泛用于研究，并已成为生物技术的关键先决条件。自从开发新的育种技术（如基因组编辑）以来，它就变得越来越重要（Char ...
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| Multiplication and Growth Inhibition Activity Assays for the Zoonotic Malaria Parasite, Plasmodium knowlesi
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] Malaria remains a major cause of morbidity and mortality globally. Clinical symptoms of the disease arise from the growth and multiplication of Plasmodium parasites within the blood of the host. Thus in vitro assays to determine how drug, antibody and genetic perturbations affect the growth rate of Plasmodium parasites are essential for the development of new therapeutics and improving our understanding of parasite biology. As both P. falciparum and P. knowlesi can be maintained in culture with human red blood cells, the effect of antimalarial drugs and inhibitory antibodies that target the invasion or growth capacity of Plasmodium parasites are routinely investigated by using multiplication assays or growth inhibition activity (GIA) ...
[摘要] [摘要] 疟疾仍然是全球发病率和死亡率的主要原因。该疾病的临床症状源于宿主血液中疟原虫的生长和繁殖。因此，体外测定以确定药物，抗体和遗传扰动如何影响疟原虫寄生虫的生长速率对于开发新疗法和增进我们对寄生虫生物学的理解至关重要。由于两个恶性疟原虫和P. knowlesi 可以在培养物中维持与人体红细胞，抗疟疾药物和抑制性抗体靶向的侵袭能力的影响疟原虫寄生虫 是通过使用针对这两个物种乘法测定或生长抑制测定法常规地研究。该协议给出了详细的一步一步的过程来进行基于所述寄生虫乳酸脱氢酶的活性为基础的流式细胞仪乘法测定和生长抑制活性测定法测试性中和抗体的疟原虫knowlesi 适于人类红血细胞培养物中。虽然类似测定法是用于很好地建立的恶性疟原虫，P. knowlesi 被更密切相关的所有其他人类感染性物种（帕切科等人。，2018），因此可以用作替代用于测试药物和疫苗用于其它疟疾种类，例如如间日疟原虫，它是非洲以外疟疾最广泛的病因，但尚未在实验室条件下进行培养。
[背景 ] ...
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| Observing Nutrient Gradients, Gene Expression and Growth Variation Using the "Yeast Machine" Microfluidic Device
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] The natural environment of microbial cells like bacteria and yeast is often a complex community in which growth and internal organization reflect morphogenetic processes and interactions that are dependent on spatial position and time. While most of research is performed in simple homogeneous environments (e.g., bulk liquid cultures), which cannot capture full spatiotemporal community dynamics, studying biofilms or colonies is complex and usually does not give access to the spatiotemporal dynamics at single cell level. Here, we detail a protocol for generation of a microfluidic device, the “yeast machine”, with arrays of long monolayers of yeast colonies to advance the global understanding of how intercellular metabolic interactions affect the internal structure of colonies ...
[摘要] [摘要 ] 微生物细胞（如细菌和酵母菌）的自然环境通常是一个复杂的社区，在该社区中，生长和内部组织反映了形态发生过程和相互作用，这些过程和相互作用取决于空间位置和时间。虽然大多数研究是在无法捕获完整时空群落动态的简单同质环境（例如，大量液体培养）中进行的，但研究生物膜或菌落却很复杂，通常无法在单个细胞水平上获得时空动态。在这里，我们详细介绍了一种用于生成微流控设备（“酵母机器”）的协议，该协议带有酵母菌落的长单层阵列，以推进对细胞间代谢相互作用如何影响已定义和可定制的空间尺寸内菌落内部结构的全球了解。以酿酒酵母作为模型酵母系统，我们使用“酵母机器”通过追踪荧光标记的己糖转运蛋白来证明葡萄糖梯度的出现。我们进一步量化了菌落内生长速率的表达空间模式和葡萄糖可利用性调控的其他基因的表达。除此之外，我们显示出氨基酸的梯度也在菌落内形成，潜在地打开了类似的方法来研究许多其他营养物和代谢废物的梯度的时空形成。该方法将来可用于在与生态学和进化有关的单细胞分辨率和时标下，破译其他相同物种或更复杂的多物种系统中的远程代谢相互作用，细胞发育和形态发生之间的相互作用。
[背景 ] ...
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