| Permethylation and Microfractionation of Sulfated Glycans for MS Analysis
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Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract] Sulfated glycans are barely detectable in routine mass spectrometry (MS)-based glycomic analysis due to ion suppression by the significantly more abundant neutral glycans in the positive ion mode, and sialylated non-sulfated glycans in the negative ion mode, respectively. Nevertheless, the negative charge imparted by sulfate can be advantageous for selective detection in the negative ion mode if the sialic acids can first be neutralized. This is most conveniently achieved by a concerted sample preparation workflow in which permethylation is followed by solid phase fractionation to isolate the sulfated glycans prior to MS analysis. Importantly, we demonstrated that conventional NaOH/DMSO slurry permethylation method can retain the sulfates. Instead of extracting permethylated glycans into ...
[摘要] [摘要 ] 硫酸化的聚糖是勉强detecta 常规质谱（MS）为基础的BLE glycomic 分析，由于通过在显著更丰富中性聚糖离子抑制了正离子模式，和唾液酸化的非硫酸化的聚糖中的negat 香港专业教育学院离子模式，分别。然而，如果可以首先中和唾液酸，则硫酸盐赋予的负电荷可能有利于以负离子模式进行选择性检测。这可以通过一致的样品制备流程最方便地实现，在该流程中，进行甲基化后，进行甲基化，然后进行固相分级分离以分离硫酸化的聚糖。重要的是，我们证明了传统的NaOH / DMSO浆料过甲基化方法可以保留硫酸盐。代替将全甲基化聚糖提取到氯仿中进行样品净化，可将反相C18柱与自装胺尖或混合模式弱阴离子交换柱结合使用，以高收率获得未硫酸化，单硫酸化和将硫酸化的全甲基化聚糖分别分散在不同的部分中，以进行糖酵解分析。
[背景 ] 带有磺基唾液酸基LeX 糖基的硫酸化甘氨酸罐是L-选择素的配体，参与生理和炎症状态的淋巴细胞归巢（Rosen ，2004；Kawashima ，2006）。许多聚糖阵列研究还表明，硫酸化糖苷是几种半乳糖凝集素（Ideo 等，2002）和Siglecs （Bochner ...
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| Confocal and Super-resolution Imaging of RNA in Live Bacteria Using a Fluorogenic Silicon Rhodamine-binding Aptamer
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Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract] Genetically encoded light-up RNA aptamers have been shown to be promising tools for the visualization of RNAs in living cells, helping us to advance our understanding of the broad and complex life of RNA. Although a handful of light-up aptamers spanning the visible wavelength region have been developed, none of them have yet been reported to be compatible with advanced super-resolution techniques, mainly due to poor photophysical properties of their small-molecule fluorogens. Here, we describe a detailed protocol for fluorescence microscopy of mRNA in live bacteria using the recently reported fluorogenic silicon rhodamine binding aptamer (SiRA) featuring excellent photophysical properties. Notably, with SiRA, we demonstrated the first aptamer-based RNA visualization using super-resolution ...
[摘要] [摘要 ] 遗传编码的点亮适体是显示活细胞中RNA的有前途的工具，可帮助我们加深对RNA广泛而复杂的生命的理解。可见光波长区已经被开发，他们都没有然而，据报道，在兼容先进的超分辨率技术，主要是由于不良的光物理性质其小分子荧光团。在这里，我们描述了一个详细的协议对于荧光显微镜mRNA的使用最近报道的具有优异光物理性质的荧光罗丹明结合适体（SiRA ）在活细菌中进行检测。值得注意的是，我们利用SiRA 展示了首个使用超分辨率（STED）显微镜进行的基于适体的RNA可视化。这种成像方法可能特别有价值用于可视化原核生物中的RNA，因为细菌的大小仅比光学分辨率大几倍 传统显微镜的分辨率。
[背景 ] 可视化的具体RNA分子通过荧光显微镜具有不可估量的价值在过去二十年中扩大我们的知识RNA功能内的细胞在时空精气神（特亚吉，2009年;夏等人，2017年），由于缺乏。固有的荧光RNA，用于活细胞成像的荧光RNA标记工具的开发以及它们对最新显微镜的适应性 –特别是对于超分辨率显微镜– 势在必行。超分辨率显微镜（SRM）对于原核系统中的RNA成像特别有吸引力，因为细菌很小（〜2.5MYU中号长，0.5-1〜MYU 中号宽）和分辨率的标准荧光显微镜被限制在200〜300〜牛米，由于衍射极限光（Reshes ...
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