| An in vitro Assay to Screen for Substrates of PKA Using Phospho-motif-specific Antibodies
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Author:
Date:
2020-04-20
[Abstract] Kinases function as regulators of many cellular processes such as cell migration. These enzymes typically phosphorylate target motif sequences. Mass spec or phospho-specific antibody detection can be used to determine whether a kinase can phosphorylate proteins of interest, however, mass spec can be expensive and phospho-antibodies for the protein of interest may not exist. In this protocol, we will describe an in vitro kinase assay to provide a preliminary readout on whether a protein of interest may be phosphorylated by PKA. Our protein of interest is purified after expression in bacteria and treated with recombinant PKA from bovine heart. Protein is then extracted and a western blot is performed using a phospho-specific antibody for PKA’s target motif. This will allow us to ...
[摘要] [摘要 ] 激酶可充当许多细胞过程（例如细胞迁移）的调节剂，这些酶通常可磷酸化靶基序序列，质谱或磷酸特异性抗体检测可用于确定激酶是否可磷酸化目标蛋白。能成为规格昂贵和磷酸化抗体蛋白的兴趣可能就不存在。在这个协议中，我们将介绍一种在体外 激酶测定法可提供有关目的蛋白是否可被PKA磷酸化的初步读数。我们的目的蛋白在细菌中表达后纯化，并用牛心脏的重组PKA处理，然后提取蛋白，并使用蛋白印迹进行蛋白质印迹磷酸化针对PKA靶标的特异性抗体，这将使我们能够快速确定PKA是否可能使我们感兴趣的蛋白质磷酸化。
[背景 ] 激素和其他因素会通过G连接的G蛋白偶联受体（GPCR）激活腺苷酸环化酶并随后促进第二信使cAMP的产生，从而影响细胞迁移等细胞过程。cAMP水平升高会导致PKA激活，丝氨酸-苏氨酸激酶在迁移细胞中肌动蛋白细胞骨架动力学的调节中起着重要作用.PKA影响肌动蛋白细胞骨架调节过程的不同方面，包括a）Rho-fa 微小GTPases （Rho，Rac 和Cdc42）的调节活性， B）肌动蛋白结合蛋白（例如，VASP [血管舒张兴奋剂的UI Ated磷蛋白]），C）激酶间接地控制肌动蛋白结合蛋白（的作用例如，P21活化激酶）和d）肌球蛋白（豪，2004） 。但是，PKA和其他激酶也可以通过磷酸化调节其他蛋白质，目前尚不知道。
有M 的UI ...
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| In vivo Quantification of Alkanes in Escherichia coli
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Author:
Date:
2020-04-20
[Abstract] Microbial production of alkanes employing synthetic biology tools has gained tremendous attention owing to the high energy density and similarity of alkanes to existing petroleum fuels. One of the most commonly studied pathways includes the production of alkanes by AAR (acyl-ACP (acyl carrier protein) reductase)-ADO (aldehyde deformylating oxygenase) pathway. Here, the intermediates of fatty acid synthesis pathway are used as substrate by the AAR enzyme to make fatty aldehyde, which is then deformylated by ADO to make linear chain alkane. However, the variation in substrate availability to the first enzyme of the pathway, i.e., AAR, via fatty acid synthesis pathway and low turnover of the ADO enzyme make calculation of yields and titers under in vivo conditions extremely ...
[摘要] [摘要] 由于烷烃的高能量密度和与现有石油燃料的相似性，使用合成生物学工具生产烷烃的微生物受到了广泛关注。最常研究的途径之一是通过AAR（酰基-ACP （酰基）载体蛋白）还原酶）-ADO（醛Deformylating 加氧酶）途径。在这里，中间体脂肪酸合成途径被用作基材由AAR Enzym E要使脂肪醛，然后是Deformylated 通过ADO，使线性链烷烃。但是，即该途径的第一种酶的底物利用率的变化，即，AAR，通过脂肪酸合成途径和ADO酶的低周转率，使得在体内条件下的产量和效价的计算极为困难。在体内测定中，将确定的ADO酶底物外加到培养基中有助于监测菌体的流入。因此，该底物提供了更准确的产物收率测量方法。在此方案中，我们包括用于实施体内测定法以监测大肠杆菌中烷烃生产的详细指南。
[背景] 利用工程微生物生产烷烃的研究已广受欢迎，因为它提供了一种有吸引力的替代方案，可减少对化石燃料的依赖，同时减轻气候变化的影响（Lee 等，2008；Knothe ，2010； Lu，2010； Schirmer 等。人，2010;谭等人。，2011）各种途径已被发现或人工Assemb ...
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