| RI-SEC-seq: Comprehensive Profiling of Nonvesicular Extracellular RNAs with Different Stabilities
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Author:
Date:
2021-02-20
[Abstract] Exosomes and other extracellular vesicles (EVs) are considered the main vehicles transporting RNAs in extracellular samples, including human bodily fluids. However, a major proportion of extracellular RNAs (exRNAs) do not copurify with EVs and remain in ultracentrifugation supernatants of cell-conditioned medium or blood serum. We have observed that nonvesicular exRNA profiles are highly biased toward those RNAs with intrinsic resistance to extracellular ribonucleases. These highly resistant exRNAs are interesting from a biomarker point of view, but are not representative of the actual bulk of RNAs released to the extracellular space. In order to understand exRNA dynamics and capture both stable and unstable RNAs, we developed a method based on size-exclusion chromatography (SEC) ...
[摘要] [摘要]外来体和其他细胞外囊泡（EVs）被认为是在细胞外样品（包括人体液）中运输RNA的主要载体。但是，大部分细胞外RNA（exRNA ）不能与EV共纯化，而是保留在细胞条件培养基或血清的超速离心上清液中。我们已经观察到非囊泡的exRNA概况高度偏向那些对细胞外核糖核酸酶具有固有抗性的RNA。从生物标志物的角度来看，这些高度抗性的exRNA很有趣，但不能代表释放到细胞外空间的RNA的实际体积。为了了解exRNA动态并捕获稳定和不稳定的RNA，我们开发了一种基于大小排阻色谱（SEC）分馏的RNase抑制剂（RI）处理的细胞条件培养基（RI-SEC-seq）的方法。这种方法使我们能够鉴定和研究细胞外核糖体和tRNA，并提供了可以在不久的将来影响生物标志物发现的细胞外RNAome的动态视图。
图形概要：
所述RI-SEC-SEQ协议的概述：大小排阻层析的级分的测序从nonvesicular胞样品用或不用RNA酶抑制剂（+/- RI）
[背景]细胞外RNA（exRNA ）参与细胞间通讯，并且在微创液体活检中有望成为疾病的生物标志物（O'Brien et ...
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| Circadian Gene Profiling in Laser Capture Microdissected Mouse Club Cells
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Author:
Date:
2020-04-20
[Abstract] Cell heterogeneity is high in tissues like lung. Research conducted on pure population of cells usually offers more insights than bulk tissues, such as circadian clock work. In this protocol, we provide a detailed work flow on how to do circadian clock study by RNA seq in laser capture micro-dissected mouse lung club cells. The method uses frozen tissues and is highly reproduciable.
[摘要] [摘要] 在肺等组织中细胞异质性很高。对纯细胞群体的研究通常比诸如昼夜节律的大块组织提供更多的见解。在本协议中，我们提供了有关如何进行昼夜节律研究的详细工作流程。用RNA seq技术在激光捕获的小鼠肺部微小组织中进行捕获。该方法使用冷冻的组织，具有很高的重现性。
[背景 ] 昼夜节律钟遍布全身，并且在肺中显示出在Club细胞中强烈振荡（Gibbs 等人，2009年和2014年），之前在小鼠和大鼠中进行了整个肺节律基因分析（Sukumaran 等人）。。，2011 ; 张等人。2014）。然而，至少15 Pasento那些昼夜基因是即将从白细胞（Haspel的等人。2014）。它是有用的，但很难得到小区类型特定的节律基因分析，鉴于组织中细胞群体的异质性很高。通常通过组织消化和流式细胞仪分选来解决这个问题，但尚不清楚在此过程中基因表达是否会发生变化。另一种方法是使用激光捕获显微解剖从靶标中提取靶细胞固定的组织，请注意这可能会导致特定的细胞群纯度。特定的细胞群可以通过抗体染色或解剖学信息来识别。就肺中的Club细胞而言，已知它们富含 十年前发表了一项协议，展示了如何使用激光捕获（PixCell II激光捕获显微切割系统）的Club细胞RNA进行微阵列操作的协议，该技术已有一些进展（Betsuyaku and Senior，2004 ; Cummings ...
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