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Company: Sigma

Catalog#: P4417-100TAB

TGIRT-seq Protocol for the Comprehensive Profiling of Coding and Non-coding RNA Biotypes in Cellular, Extracellular Vesicle, and Plasma RNAs

Hengyi Xu, Ryan M. Nottingham and Alan M. Lambowitz

Published online: 2021-12-05

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Fibrin Breakdown Assay

Author:

Jiayue Ling, Connor M. Blair and George S. Baillie,

Date:

2020-04-20

[Abstract] Fibrinolysis is an integral part of the matrix remodeling process that contributes to tissue repair. Fibrin clots are broken down during fibrinolysis in a controlled process. Fibrin degradation products (FDPs) have also been shown to have a role in the regulation of cell growth and are implicated in various vascular diseases. This protocol was designed to quantitatively measure the extent of fibrin breakdown and how this can be adapted as a tool to further investigate the pathway involved in fibrinolysis or fibrin degradation products. Until now, we haven’t found an alternative method to analysis fibrinolysis. [摘要] [摘要] 纤维蛋白溶解是基质重塑过程中不可或缺的一部分，它有助于组织修复。在受控的过程中，纤维蛋白凝块在纤维蛋白溶解过程中被破坏。纤维蛋白降解产物（FDPs）也已显示出对细胞调节的作用。生长且与各种血管疾病有关。该协议旨在定量测量纤维蛋白分解的程度以及如何将其用作进一步研究纤维蛋白溶解或纤维蛋白降解产物的途径的工具。到目前为止，我们还没有发现了另一种分析纤维蛋白溶解的方法。

[背景 ] 在止血过程中，纤维蛋白既是纤维蛋白溶解的最终底物，又是凝血级联反应的主要产物（Cesarman-Maus 和Hajjar ，2005 ；Chapin和Hajjar，2015 ）。对植入的生物材料的急性炎性反应，已表明血纤蛋白在白细胞的迁移进而发炎中起着重要作用（Yakovlev and Medved ，2018）。血纤蛋白溶解是一个严格调节的过程，通过该过程，富含血纤蛋白的血栓形成和降解，防止血凝块的生长（Amengual 和Atsumi ，2016）并有助于组织修复（Houslay 等人，2019）。在纤维蛋白溶解过程中，纤维蛋白凝块（凝血产物）被分解，纤维蛋白降解产物（FDPs）被分解。作为促有丝分裂因子的纤维蛋白可以促进内皮细胞，平滑肌细胞和成纤维细胞的增殖以及胆固醇沉积（Dong ...

Circadian Gene Profiling in Laser Capture Microdissected Mouse Club Cells

Author:

Zhenguang Zhang and Andrew Loudon,

Date:

2020-04-20

[Abstract] Cell heterogeneity is high in tissues like lung. Research conducted on pure population of cells usually offers more insights than bulk tissues, such as circadian clock work. In this protocol, we provide a detailed work flow on how to do circadian clock study by RNA seq in laser capture micro-dissected mouse lung club cells. The method uses frozen tissues and is highly reproduciable. [摘要] [摘要] 在肺等组织中细胞异质性很高。对纯细胞群体的研究通常比诸如昼夜节律的大块组织提供更多的见解。在本协议中，我们提供了有关如何进行昼夜节律研究的详细工作流程。用RNA seq技术在激光捕获的小鼠肺部微小组织中进行捕获。该方法使用冷冻的组织，具有很高的重现性。

[背景 ] 昼夜节律钟遍布全身，并且在肺中显示出在Club细胞中强烈振荡（Gibbs 等人，2009年和2014年），之前在小鼠和大鼠中进行了整个肺节律基因分析（Sukumaran 等人）。。，2011 ; 张等人。2014）。然而，至少15 Pasento那些昼夜基因是即将从白细胞（Haspel的等人。2014）。它是有用的，但很难得到小区类型特定的节律基因分析，鉴于组织中细胞群体的异质性很高。通常通过组织消化和流式细胞仪分选来解决这个问题，但尚不清楚在此过程中基因表达是否会发生变化。另一种方法是使用激光捕获显微解剖从靶标中提取靶细胞固定的组织，请注意这可能会导致特定的细胞群纯度。特定的细胞群可以通过抗体染色或解剖学信息来识别。就肺中的Club细胞而言，已知它们富含十年前发表了一项协议，展示了如何使用激光捕获（PixCell II激光捕获显微切割系统）的Club细胞RNA进行微阵列操作的协议，该技术已有一些进展（Betsuyaku and Senior，2004 ; Cummings ...

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