| An in vitro DNA Sensor-based Assay to Measure Receptor-specific Adhesion Forces of Eukaryotic Cells and Pathogens
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] Motility of eukaryotic cells or pathogens within tissues is mediated by the turnover of specific interactions with other cells or with the extracellular matrix. Biophysical characterization of these ligand-receptor adhesions helps to unravel the molecular mechanisms driving migration. Traction force microscopy or optical tweezers are typically used to measure the cellular forces exerted by cells on a substrate. However, the spatial resolution of traction force microscopy is limited to ~2 µm and performing experiments with optical traps is very time-consuming.
Here we present the production of biomimetic surfaces that enable specific cell adhesion via synthetic ligands and at the same time monitor the transmitted forces by using molecular tension sensors. The ligands were ...
[摘要] [摘要 ] 组织内真核细胞或病原体的运动性是通过与其他细胞或细胞外基质特异性相互作用的转换来介导的。这些配体-受体粘附的生物物理特征有助于揭示驱动迁移的分子机制。牵引力显微镜或光学镊子通常用于测量细胞在基质上施加的细胞力。但是，牵引力显微镜的空间分辨率仅限于〜2 µm，使用光阱进行实验非常耗时。
在这里，我们介绍了仿生表面的生产，该表面能够通过合成配体实现特定的细胞粘附，同时通过使用分子张力传感器监控传递的力。将配体与双链DNA探针偶联，该探针具有确定的DNA解链力阈值。从而将pN范围内的受体介导力半定量转换为荧光信号，可以通过标准荧光显微镜在分辨率极限（〜0.2 µm）上检测到。
该测定的模块化设计允许改变所呈现的配体和DNA探针的机械强度，这为探测不同的真核细胞类型和病原体的粘附提供了多种可能性，此处以骨肉瘤细胞和伯氏疟原虫子孢子体为例。
[背景 ] 运动细胞和病原体以多种不同方式与环境相互作用（Parsons 等，2010； Nan ，2017； Muthinja 等，2018 ）。例如，跨膜受体将单个细胞锚定在其环境中，并使其与其他细胞相互作用（Hynes ，1992）。整联蛋白是将细胞连接到细胞外基质的主要受体，它以双向方式传递力（Schoen et ...
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| Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
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Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been developed for Clostridium species, which share a taxonomic order with Roseburia and Eubacterium, raising the possibility that these vectors could be used in these organisms. ...
[摘要] [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用，部分原因是产生丁酸盐，这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是，由于缺乏基因操作技术，我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰，极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种，其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌，提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里，我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选，并成为其他遗传工具（包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略）的平台。
[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌（Zhernakova 等，2016），它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康（Scott 等，2006和2011； Cockburn 等） 。，2015 ; 谢里登等人，2016 ）并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物（邓肯等人，2002和2006） 。另外，这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫（Neville ...
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| In vitro Conditions for Dark Growth and Analysis of Maize Seedlings
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] Maize is an important model organism for understanding plant traits essential for proper growth and germination. One type of growth, skotomorphogenesis, occurs in the absence of light. Seedlings grown in the absence of light exhibit dramatic differences in stem and leaf development compared to light-grown plants. Dark-growth conditions require the use of highly controlled plant growth environments. Here, we provide step-by-step instructions for creating a soilless and dark plant growth environment for maize using half-strength Murashige and Skoog media solidified with agar in clear boxes that are covered in aluminum foil. The benefits of this protocol are that it does not require special dark-growth conditions and the growth media can be easily and uniformly supplemented with hormones or ...
[摘要] [摘要] 玉米为理解植物性状进行适当的生长和发芽所必需的重要的模式生物。一种生长类型，变态发生，发生在没有光照的情况下。与光照生长的植物相比，在没有光照的情况下生长的幼苗在茎和叶的发育上表现出巨大的差异。黑暗生长条件要求使用高度受控的植物生长环境。在这里，我们提供使用半强度Murashige 来为玉米创建无土和深色植物生长环境的分步说明 和Skoog培养基在透明的盒子中用琼脂固化，并用铝箔覆盖。该协议的好处在于它不需要特殊的黑暗生长条件，并且可以轻松，均匀地向生长培养基中补充激素或其他化学物质。
[背景] 无土培养基和温度受控的环境已经使用了八十多年，以产生可再生的植物生长（McClary，1940； George 等，2008）。的Murashige 和Skoog（MS）培养基，含有盐，氨基酸和维生素，是最常用的植物生长中的一个媒体（的Murashige 和Skoog，1962）。MS最初是为烟草开发的，但此后已用于种植其他植物，包括 拟南芥和玉米。与其他无土培养基（例如泥炭，珍珠岩和ver石）不同，这种生长培养基不易与植物激素反应（Best 等，2014和2017； Malik 等，2014）。因此，可以将激素添加到生长培养基中，以比较野生型和突变型生长之间的反应。
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