| A Detailed and Radioisotope-free Protocol for Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
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Author:
Date:
2020-08-20
[Abstract] To comprehensively characterize the functions of a transcription factor (TF), it is required to analyze the interaction of this TF with its targeted loci. Several methods such as β-glucuronidase (GUS) or luciferase reporter, yeast one-hybrid (Y1H), chromatin-immunoprecipitation (ChIP), and electrophoretic mobility shift assay (EMSA) assays have been developed. Of these, EMSA is an in vitro method which can prove the direct interaction between TF and targeted DNA fragment. In the present protocol, DNA probes are labeled with Biotin. Therefore, it is safer for researchers when they do not need to use radioisotope-labeled probes. In addition, this protocol is to provide a detailed procedure for a successful EMSA assay. The interested recombinant protein can be mixed with ...
[摘要] [摘要] 为了全面表征转录因子（TF）的功能，需要分析该TF与目标基因座的相互作用。已经开发了几种方法，例如β-葡萄糖醛酸苷酶（GUS）或荧光素酶报道基因，酵母单杂交（Y1H），染色质免疫沉淀（ChIP ）和电泳迁移率变动分析（EMSA）分析。其中，EMSA是体外的 可以证明TF与目标DNA片段之间直接相互作用的方法。在本协议中，DNA探针用生物素标记。因此，当研究人员不需要使用放射性同位素标记的探针时，它更安全。此外，该协议还将为成功的EMSA分析提供详细的程序。可以将感兴趣的重组蛋白与靶向DNA探针混合，以在室温（25°C）下进行结合反应。之后，反应混合物可以在天然聚丙烯酰胺凝胶中运行，并转移到带正电的尼龙膜上。最后，可以通过生物素-链霉亲和素化学发光检测结果并可视化。
[背景 ] EMSA是检测蛋白（之间的直接相互作用的有效方法例如，转录因子）和DNA片段（陈，2011）。通常，与蛋白质结合的DNA探针的移动速度比凝胶中的游离DNA探针的移动速度慢。可以观察到这种蛋白质-DNA复合物的移动带移位，而游离DNA探针向凝胶底部的移动速度更快。基于此特征，可以用放射性同位素[ 例如Phosphorus-32（32 ...
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| Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] The single-cell transcriptome is the set of messenger RNA molecules expressed in one cell. It is extremely variable and changes according to external, physical and biochemical conditions. Due to sensitivity shortages, most of genetic studies use bulk samples, providing only the average gene expression. Single-cell technologies have provided a powerful approach to a more detailed understanding of the heterogenic populations and minority cells. However, since it is still a quite novel technique, standardized protocol has to be established. Single-cell qPCR, although partly limited by the number of genes, is relatively simple to analyze. Therefore, its use is accessible without the necessity to recourse to complex bioinformatics analyses. The main steps for single-cell qPCR, as illustrated ...
[摘要] [摘要 ] 单细胞转录组是在一个细胞中表达的信使RNA分子的集合。它变化很大，并会根据外部，物理和生化条件而变化。由于敏感性不足，大多数基因研究使用大量样品，仅提供平均基因表达。单细胞技术提供了一种强大的方法，可以更详细地了解异质群体和少数细胞。然而，因为它仍然是一个相当新的技术，标准化协议具有至b e建立。尽管单细胞qPCR受基因数量的限制，但分析起来相对简单。因此，无需使用复杂的生物信息学分析就可以使用它。如本协议所述，单细胞qPCR的主要步骤包括单细胞分离，细胞裂解液，cDNA逆转录合成，cDNA库生成的扩增以及最终的定量聚合酶链反应。
[背景 ] 的单细胞转录是一套完整的在一个细胞中表达的信使RNA（mRNA）分子。它变化很大，并会根据外部，物理和生化条件而变化。因此，这是生物异质性的来源，其中来自相同环境的细胞与其他细胞相似但不相同。
由于灵敏度不足，大多数遗传研究使用大量样本，其中有数百至数千个细胞，仅提供平均基因表达。这极大地限制了少数细胞群体的研究，这可能会带来特定的特性，例如在癌症情况下的耐药性或转移能力。单细胞技术能够在单细胞水平上分析转录组，从而揭示了异源群体的复杂性。这些技术不仅应用于癌症，而且还应用于许多细胞生物学研究中，包括成年组织，干细胞，免疫细胞等。以及微生物学和病毒学等其他领域（Wen and ...
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| Cell-free Reconstitution of the Packaging of Cargo Proteins into Vesicles at the trans Golgi Network
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] Protein sorting at the trans Golgi network (TGN) plays important roles in targeting newly synthesized proteins to their specific destinations. The aim of this proposal is to reconstitute the packaging of non-Golgi resident cargo proteins into vesicles at the TGN, utilizing rat liver cytosol, semi-intact mammalian cells and nucleotides. The protocol describes how to perform the vesicle formation assay, how to isolate vesicles and how to detect cargo proteins in vesicles. This reconstitution assay can be used to quantitatively measure the efficiency of the packaging of a specific cargo protein into transport vesicles at the TGN under specific experimental conditions.
[摘要] [摘要] 反式高尔基体网络（TGN）上的蛋白质分选在将新合成的蛋白质靶向其特定目的地方面起着重要作用。该提议的目的是利用大鼠肝细胞溶质，半完整的哺乳动物细胞和核苷酸，在TGN处将非高尔基驻留的货物蛋白重新包装成囊泡。该协议描述了如何进行囊泡形成测定，如何分离囊泡以及如何检测囊泡中的货物蛋白。该重构测定法可用于定量测量在特定实验条件下将特定货物蛋白包装到TGN的运输小泡中的效率。
[背景] 的反式高尔基体网络（TGN）是在分泌运送路径的必要的交通枢纽。为了确保水泡运输的保真度，真核细胞利用各种蛋白质分选设备将特定的货物蛋白质准确地包装到TGN的运输小泡中，然后运至特定的目的地（Guo 等人，2014）。为了加深我们对TGN分选过程特异性的理解，重要的是开发一种能够忠实地重构TGN囊泡形成和货物分选过程的分析方法。该测定法可用于直接和定量地测量特定因子在调节特定货物蛋白包装到运输小泡中的作用。从内质网（ER）将货物蛋白包装到COPII囊泡中的无细胞重构已得到很好的建立（Kim 等，2005; Kim 等，2007; Merte 等，2010; Yuan 等。，2018；Niu 等，2019；）。已经开发出一种体外测定法，其在TGN处重构特定货物蛋白TGN46在运输小泡中的释放（Ponnambalam 等，1996；Wakana ...
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