| Multiplex T-cell Stimulation Assay Utilizing a T-cell Activation Reporter-based Detection System
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Author:
Date:
2021-01-20
[Abstract] Immune tolerance and response are both largely driven by the interactions between the major histocompatibility complex (MHC) expressed by antigen presenting cells (APCs), T-cell receptors (TCRs) on T-cells, and their cognate antigens. Disordered interactions cause the pathogenesis of autoimmune diseases such as type 1 diabetes. Therefore, the identification of antigenic epitopes of autoreactive T-cells leads to important advances in therapeutics and biomarkers. Next-generation sequencing methods allow for the rapid identification of thousands of TCR clonotypes from single T-cells, and thus there is a need to determine cognate antigens for identified TCRs. This protocol describes a reporter system of T-cell activation where the fluorescent reporter protein ZsGreen-1 is driven by nuclear ...
[摘要] [摘要] 免疫耐受和应答都很大程度上由抗原呈递细胞（APC）表达的主要组织相容性复合物（MHC），T细胞上的T细胞受体（TCR）及其同源抗原之间的相互作用驱动。相互作用障碍导致自身免疫性疾病（例如1型糖尿病）的发病机理。因此，鉴定自身反应性T细胞的抗原表位导致治疗和生物标志物的重要进展。下一代测序方法可从单个T细胞快速鉴定数千种TCR克隆型，因此需要确定已鉴定TCR的同源抗原。该协议描述了T细胞活化的报告系统，其中荧光报告蛋白ZsGreen-1由活化T细胞的核因子（NFAT）信号驱动并通过流式细胞仪读取。记者T细胞也组成性表达额外的一对荧光素tein作为识别物，允许同时多路复用多达8种不同的报告T细胞系，每种表达不同的目标TCR，可通过流式细胞仪区分。一旦制成TCR表达细胞系，仅需一个转导步骤即可将其无限期用于制备新的T细胞系。这种多路复用系统允许筛选TCR-抗原相互作用的数量，否则这些相互作用将是不切实际的，可在多种情况下使用（即，筛选单个抗原或抗原库），并可用于研究任何T细胞-MHC-抗原三分子相互作用。
[背景] T细胞，抗原呈递细胞（APC）及其同源抗原之间的相互作用是自身免疫性疾病（例如1型糖尿病）的主要事件（Michels等，2017； ...
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| Preparation of Yeast tRNA Sample for NMR Spectroscopy
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Author:
Date:
2020-06-20
[Abstract] Transfer RNAs (tRNAs) are heavily decorated with post-transcriptional modifications during their biosynthesis. To fulfil their functions within cells, tRNAs undergo a tightly controlled biogenesis process leading to the formation of mature tRNAs. In addition, functions of tRNAs are often modulated by their modifications. Although the biological importance of post-transcriptional RNA modifications is widely appreciated, methods to directly detect their introduction during RNA biosynthesis are rare and do not easily provide information on the temporal nature of events. To obtain information on the tRNA maturation process, we have developed a methodology, using NMR as a tool to monitor tRNA maturation in a non-disruptive and continuous fashion in cellular extracts. By following the ...
[摘要] [摘要 ] 转移RNA（tRNA ）在其生物合成过程中大量修饰有转录后修饰。为了在细胞内履行其功能，tRNA 经历了严格控制的生物生成过程，导致了成熟的tRNA 的形成。此外，tRNA的功能通常是虽然转录后修饰RNA的生物学重要性被广泛理解，方法直接检测它们的RNA生物合成过程中引入是罕见的，并且不容易提供上events.To的时间特性信息获取的信息的tRNA 成熟 在此过程中，我们开发了一种方法，使用NMR作为监测细胞提取物中tRNA 成熟的无中断和连续方式。通过模型酵母tRNA 的时间分辨NMR 成熟，我们发现修饰是该方法的实施需要对具有不同修饰状态的tRNA 样品进行NMR光谱学分析，以鉴定各个修饰的NMR特征。此处将介绍用于NMR光谱分析修饰途径的tRNA 样品的生产，并在酵母tRNA Phe 上进行例证，但可以通过更改构建体的序列扩展到其他tRNA 。该方案描述了未修饰的生产通过体外转录获得tRNA 样品，并通过在大肠杆菌中重组表达tRNA 产生修饰的tRNA 样品。大肠杆菌。
[背景 ] 在生活的各个领域，合成和RNA的成熟包括在特定地点的核苷酸的转录后的化学修饰。在不同的RNA家族，tRNA基因不仅显示最高多种化学修饰，而且密度最高每转录修饰（〜中经修饰的核苷酸8-25％的tRNA 各种生物体的）（Boccaletto ...
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| Zebrafish Bacterial Infection Assay to Study Host-Pathogen Interactions
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] The study of host-pathogen interactions has improved our understanding of both pathogenesis and the response of the host to infection, including both innate and adaptive responses. Neutrophils and macrophages represent the first line of innate host defense against any infection. The zebrafish is an ideal model to study the response of these cells to a variety of pathogens. Zebrafish possess both neutrophils and macrophages exhibiting similar defense mechanisms to their human counterparts. The transparency of zebrafish embryos greatly facilitates in vivo tracking of infection dynamics in a non-invasive manner at high-resolution using labelled pathogens, while immune cells can also be labelled transgenically to enable even more in-depth analysis. Here we describe a procedure for ...
[摘要]
[ 文摘动作 ] 宿主-病原体相互作用的研究已经提高了我们既发病机制和宿主对INFE响应的理解ction，包括先天性和适应性应答。中性粒细胞和巨噬细胞是抵抗任何感染的先天宿主防御的第一线。斑马鱼是研究这些细胞对多种病原体反应的理想模型。斑马鱼同时具有嗜中性粒细胞和巨噬细胞表现出荷兰国际集团类似的防御机制，它们人的相应。斑马鱼胚胎的透明性极大地促进了体内 使用标记的病原体以非侵入性的方式以高分辨率跟踪感染动态，同时还可以通过转基因方式标记免疫细胞，以进行更深入的分析。在这里，我们描述了一种方法，用于执行一个在斑马鱼中的细菌感染测定胚胎使用荧光标记的大肠杆菌细菌和演示感染动力学的监测和定量。值得注意的是，该程序有助于理解对驱动先天免疫应答至关重要的基因的功能作用。
[ 背景 ] 宿主-病原体相互作用的研究是重要的是了解疾病的发病机理，也为有效治疗药物的开发。需要确定宿主和病原体的多个方面，以确定宿主中的潜在危险因素和病原体中的关键毒力因素。先天性免疫是抵抗感染的第一道防线，它会引发一连串的反应，包括炎症，中和和适应性免疫系统各组分的募集（Akira et ...
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