| Metabolomic and Lipidomic Analysis of Bone Marrow Derived Macrophages
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Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract] Macrophages are highly plastic immune cells that are capable of adopting a wide array of functional phenotypes in response to environmental stimuli. The changes in macrophage function are often supported and regulated by changes in cellular metabolism. Capturing a comprehensive picture of metabolism is vital for understanding the role of metabolic rewiring in the immune response. Here we present a method for systematically quantifying the abundance of metabolites and lipids in primary murine bone marrow derived macrophages (BMDMs). This method simultaneously extracts polar metabolites and lipids from BMDMs using a rapid two-phase extraction procedure. The polar metabolite fraction and lipid fraction are subsequently analyzed by separate liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) ...
[摘要] [摘要] 巨噬细胞是高度可塑性的免疫细胞，能够对环境刺激产生广泛的功能表型。巨噬细胞功能的改变通常受到细胞代谢的支持和调节。获取新陈代谢的全面图像对于理解代谢重组在免疫反应中的作用至关重要。本文提出了一种系统定量测定小鼠骨髓源性巨噬细胞（BMDMs）中代谢物和脂质丰度的方法。该方法采用快速两相萃取法同时从BMDMs中提取极性代谢物和脂质。极性代谢物部分和脂质部分随后通过单独的液相色谱-质谱（LC-MS）方法进行分析，以优化覆盖率和定量。这使得对细胞代谢的全面表征可以用来理解各种环境刺激对巨噬细胞代谢和功能的影响。
[背景] 巨噬细胞是先天性免疫系统的细胞，在局部微环境中对信号作出反应时，可采用多种功能表型。巨噬细胞的激活与细胞代谢的特定重编程相结合并高度依赖（Tannahill et al.，2013；Galván-Peña and O'Neill，2014；Jha et al.，2015；Kelly and O'Neill，2015；Cordes et al.，2016；Mills and O'Neill 2016；等人；Mills et al.，2016；Liu et al.，2013；Lampropoulou et al.，2016；Van den ...
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| Safe DNA-extraction Protocol Suitable for Studying Tree-fungus Interactions
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Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] We present a safe and low-cost method suitable for DNA extraction from mycelium and tree tissue samples. After sample preparation, the extraction takes about 60 min. Method performance was tested by extracting DNA from various tree tissue samples and from mycelium grown on solid and liquid media. DNA was extracted from juvenile and mature host material (Picea abies, Populus trichocarpa, Pseudotsuga menziesii) infected with different pathogens (Heterobasidion annosum, Heterobasidion parviporum, Leptographium wagenerii, Sphaerulina musiva). Additionally, DNA was extracted from pure cultures of the pathogens and several endophytic fungi. PCR success rate was 100% for young poplar material and fungal samples, and 48-72% for ...
[摘要] [摘要 ] 我们提出了一种安全，低成本的方法，适用于从菌丝体和树木组织样品中提取DNA。样品制备后，提取过程大约需要60分钟。通过从各种树木组织样品和菌丝体中提取DNA来测试方法性能DNA从少年提取和成熟主体材料（云杉冷杉，胡杨毛果，黄杉花旗松感染不同病原体（）Heterobasidion annosum ，Heterobasidion parviporum ，Leptographium wagenerii ，Sphaerulina musiva ）。额外的，DNA从提取纯的病原体和几种内生真菌培养物。年轻杨树材料和真菌样品的PCR成功率是100％，针叶树和成熟阔叶植物样品的PCR成功率是48-72％。我们建议使用10-50 mg的新鲜样品最好结果。该方法为研究树-真菌相互作用提供了一种安全且低成本的DNA提取方法，并且是潜在的提纯方法。兴的目的。
[背景 ] DNA提取是植物-微生物相互作用研究和植物疾病诊断purposes.The丰植物真菌相互作用的中央技术由高数量从植物样品中分离的培养的菌株的反射（阿诺德等人，2001;希金斯等人，2007; Terhonen 等人，2011）。使用商业试剂盒处理大量样品进行常规PCR反应的成本可能很高，此外，对2-巯基乙醇，氯仿或苯酚等有害化学品的需求也可能增加。限制协议在教学和培训中的适用性。
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| Auxin-mediated Protein Degradation in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2020-04-20
[Abstract] The auxin-inducible degron (AID) technology was recently adapted for use in the nematode Caenorhabditis elegans. Rapid degradation of C. elegans proteins tagged with an AID is mediated by a plant-specific F-box protein, transport inhibitor response 1 (TIR1), and occurs only in the presence of the phytohormone auxin. The first iteration of this technology elicited protein degradation in C. elegans through a naturally occurring form of auxin, indole-3-acetic acid (IAA). Here, we present a protocol that uses 1-naphthaleneacetic acid, potassium salt (K-NAA), an indole-free synthetic auxin analog. At equal concentration, K-NAA is as effective as IAA in standard nematode growth media (NGM). K-NAA is also effective in physiological buffer (M9), allowing for ...
[摘要] [摘要 ] 植物生长素诱导的德隆（AID）技术最近被用于线虫秀丽隐杆线虫。带有AID标签的秀丽隐杆线虫蛋白的快速降解是由植物特异性F-box蛋白介导的，转运抑制剂反应1 （TIR1），而且只发生在存在的植物激素生长素。第一次迭代的这项技术引起蛋白质降解C. 线虫通过一个天然存在形式的生长素，吲哚-3-乙酸（IAA）。在此，我们协议用途1-萘乙酸，钾盐（K-NAA），一个，自由吲哚合成的植物生长素类似物。在相等浓度 ，K-NAA在标准线虫生长培养基（NGM）中与IAA一样有效。K-NAA在生理缓冲液（M9）中也有效，可以进行高通量实验。K-NAA的主要优点有两个：它的光稳定性可防止光诱导的化合物在储存过程中降解以及在活细胞的荧光显微镜检查过程中产生有毒的吲哚衍生物;其次，其水溶性消除了使用乙醇溶解植物生长素化合物（一种可能混淆C 的溶剂）的需要。线虫寿命和行为分析。在这个协议中，我们描述方法降解菌的C. elegans的使用K-NAA对固体和液体介质的蛋白质，以及我们的方法分析蛋白质降解。
[背景 ] 有条件的蛋白质降解通过降解决定子是一个新兴的方法研究蛋白质功能在秀丽隐杆线虫（拔头筹而Frokjaer -詹森2019年）。现在的降解决定子的方法包括ZF1 （Armenti 等人。2014年，萨累。等，2018） ，生长素诱导型德龙（AID）（Zhang ...
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