| Identifying Protein Interactions with Histone Peptides Using Bio-layer Interferometry
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Histone post-translational modifications (PTMs) regulate numerous cellular processes, including gene transcription, cell division, and DNA damage repair. Most histone PTMs affect the recruitment or exclusion of reader proteins from chromatin. Here, we present a protocol to measure affinity and interaction kinetics between histone peptides and the recombinant protein using Bio-layer interferometry.
[摘要] 组蛋白翻译后修饰（PTM）调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复。 大多数组蛋白PTM影响从染色质中募集或排除读取蛋白。 在这里，我们提出了一个协议，使用生物层干涉测量法测量组蛋白肽和重组蛋白之间的亲和力和相互作用动力学。
【背景】真核染色质结构大致分为常染色质和异染色质（Cheung和Lau，2005），异染色质结构根据组蛋白翻译后修饰（PTM）的组合进一步细分。这些PTM不仅改变染色质构象，还在基因表达和蛋白质募集中建立直接调节作用（Felsenfeld和Groudine，2003; Allshire和Madhani，2017）。组蛋白PTM的无数组合 - 包括乙酰化，磷酸化，甲基化，泛素化，生物素化，SUMO化和脯氨酸异构化，统称为“组蛋白标记” - 可以被发现，特别是在从核小体核心突出的非结构化N末端尾部（ Guetg和Santoro，2012）。这些PTM通过不同“读者”或效应蛋白的活动调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复（Suganuma和Workman，2011）（Musselman et al。， 2012）。因此，已经做出很大努力来识别读者的组蛋白修饰。
使用常规方法（例如，表面等离子体共振[SPR]和SPR成像[SPRi]生物传感器）研究读取蛋白与其靶蛋白PTM之间的相互作用通常需要大量底物或复杂的多步实验方法并且由于各种方法特定的限制而变得复杂。这些问题排除了量化相互作用强度的简便性和准确性（Phizicky和Fields，1995; ...
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| Stable-isotope Labeled Metabolic Analysis in Drosophila melanogaster: From Experimental Setup to Data Analysis
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Stable-isotope labeled metabolic analysis is an essential methodology to characterize metabolic regulation during biological processes. However, the method using stable-isotope-labeled tracer (e.g., 13C-glucose) in live animal is only beginning to be developed. Here, we contribute a qualitative metabolic labeling experiment protocol in Drosophila melanogaster using stable-isotope-labeled 13C-glucose tracer followed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) analysis. Detailed experimental setup, data acquisition and analysis are provided to facilitate the application of in vivo metabolic labeling analysis that might be applied in a wide range of biological studies.
[摘要] 稳定同位素标记的代谢分析是表征生物过程中代谢调节的基本方法。 然而，在活体动物中使用稳定同位素标记的示踪剂（例如， 13 C-葡萄糖）的方法才刚刚开始开发。 在这里，我们使用稳定同位素标记的 13 C-葡萄糖示踪剂，然后通过液相色谱 - 质谱（LC-MS）在 Drosophila melanogaster 中提供定性代谢标记实验方案。 分析。 提供详细的实验设置，数据采集和分析以促进体内代谢标记分析的应用，其可以应用于广泛的生物学研究中。
【背景】代谢组学是一项新兴的omic-level研究，旨在研究复杂生物系统中的小分子代谢物。它已被应用于与人类健康和疾病有关的各种研究领域，例如生物标志物发现，疾病发病机理和药物毒性评估。代谢物的测量对于确定响应内源和外源变化的代谢途径的改变是重要的。为了准确表征代谢途径活动，已使用同位素标记的示踪剂（例如， 13 C和 15 N）（Park et al。，2016; Jang et al。，2018）。在培养的细胞中有许多这样的研究（定量和定性）（Buescher et al。，2015; Liu et al。，2018），然而，基于稳定同位素的研究活体动物的代谢标记实验在很大程度上尚未开发。在目前的方案中，我们描述了使用标记的 13 ...
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