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Date:
2018-09-05
[Abstract] Profiling bacterial transcriptome in planta is challenging due to the low abundance of bacterial RNA in infected plant tissues. Here, we describe a protocol to profile transcriptome of a foliar bacterial pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, in the leaves of Arabidopsis thaliana at an early stage of infection using RNA sequencing (RNA-Seq). Bacterial cells are first physically isolated from infected leaves, followed by RNA extraction, plant rRNA depletion, cDNA library synthesis, and RNA-Seq. This protocol is likely applicable not only to the A. thaliana–P. syringae pathosystem but also to different plant-bacterial combinations.
[摘要] 由于受感染植物组织中细菌RNA的丰度低，因此在植物中分析细菌转录组具有挑战性。 在这里，我们描述了一个描述叶子细菌病原体转录组的协议， Pseudomonas syringae pv。 番茄 DC3000，在感染早期的拟南芥叶中使用RNA测序（RNA-Seq）。 首先从感染的叶子中物理分离细菌细胞，然后进行RNA提取，植物rRNA消耗，cDNA文库合成和RNA-Seq。 该协议不仅适用于 A.拟南芥-P。 syringae 病理系统，但也适用于不同的植物 - 细菌组合。
【背景】植物已经进化出先天免疫系统以抵御病原体攻击。在过去的几十年中，已经深入研究了病原体识别和免疫信号传导途径的分子机制。然而，植物免疫如何影响病原体代谢以抑制病原体生长几乎不被理解，因为在植物中分析病原体反应很困难。在细菌病原体的情况下，植物叶内的转录组分析很难研究，因为细菌mRNA的量远低于植物的数量;由于植物中细菌的人口密度低，在感染的早期阶段尤其具有挑战性。为克服这一局限性，我们建立了一种从感染的植物叶片中分离细菌并用RNA-Seq分析细菌转录组的方法。该方法已成功用于分析模型细菌病原体 Pseudomonas syringae pv的转录组。 番茄 DC3000在模式植物 Arabidopsis thaliana 中的各种条件下（Nobori et al。，2018）. ...
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