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Date:
2018-08-20
[Abstract] Bacteria in nature live in complex communities with multiple cell types and spatially-dependent interactions. Studying cells in well-mixed environments such as shaking culture tubes or flasks cannot capture these spatial dynamics, but cells growing in full-fledged biofilms are difficult to observe in real time. We present here a protocol for observing time-resolved, multi-species interactions at single-cell resolution. The protocol involves growing bacterial cells in a near monolayer in a microfluidic device. As a demonstration, we describe in particular observing the dynamic interactions between E. coli and Acinetobacter baylyi. In this case, the protocol is capable of observing both contact-dependent lysis of E. coli by A. baylyi via the Type VI ...
[摘要] 自然界中的细菌生活在具有多种细胞类型和空间依赖性相互作用的复杂社区中。 在充分混合的环境中研究细胞，例如摇动培养管或烧瓶，不能捕获这些空间动力学，但是在完全成熟的生物膜中生长的细胞难以实时观察。 我们在这里提出了一种用于观察单细胞分辨率下的时间分辨，多物种相互作用的方案。 该方案涉及在微流体装置中以近单层生长细菌细胞。 作为演示，我们特别描述了观察 E之间的动态相互作用。 大肠杆菌和 Acinetobacter baylyi 。 在这种情况下，该方案能够观察 E的接触依赖性裂解。 大肠杆菌由 A。 baylyi 通过VI型分泌系统（T6SS）和随后的来自 E的基因的功能性水平基因转移（HGT）。 大肠杆菌到 A.baylyi。
【背景】 不同种类细菌之间的空间依赖性相互作用可能在自然界普遍存在，但它们很难观察到。一个例子是通过天然感受的捕食性DNA受体细胞的接触依赖性，原位裂解作为DNA供体的捕食细胞来增强水平基因转移（HGT）。这种情况最近才出现在革兰氏阴性菌中，但已经在多个物种中观察到，并且它被认为是一种相对普遍的现象（Borgeaud et al。，2015; Cooper 等人，，2017; Veening和Blokesch，2017; Ringel et ...
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