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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Polyphosphate (polyP), a universally conserved biomolecule, is composed of up to 1,000 phosphate monomers linked via phosphoanhydride bonds. Reaching levels in bacteria that are in the high nmoles per mg protein range, polyP plays important roles in biofilm formation and colonization, general stress protection and virulence. Various protocols for the detection of polyP in bacteria have been reported. These methods primarily differ in the ways that polyP is extracted and/or detected. Here, we report an improved method, in which we combine polyP extraction via binding to glassmilk with a very sensitive PolyP kinase/luciferase-based detection system. By using this procedure, we significantly enhanced the sensitivity of polyP detection, making it potentially applicable for mammalian tissues.
[摘要] 多磷酸盐（polyP）是一种普遍保守的生物分子，由多达1,000个通过磷酸酐键连接的磷酸盐单体组成。 达到每毫克蛋白质高纳摩尔细菌的水平，polyP在生物膜形成和定植，一般应力保护和毒力中起重要作用。 已经报道了用于检测细菌中polyP的各种方案。 这些方法主要在于提取和/或检测polyP的方式不同。 在这里，我们报告了一种改进的方法，其中我们结合polyP提取通过结合到玻璃奶与非常敏感的PolyP激酶/荧光素酶检测系统。 通过使用该程序，我们显着增强了polyP检测的灵敏度，使其可能适用于哺乳动物组织。
【背景】聚磷酸盐（polyP）是一种由多达1,000种无机磷酸盐单体的直链组成的生物聚合物，存在于生命的所有三个领域的细胞中。然而，细菌是唯一已经充分研究了polyP代谢酶的生物。将ATP转化为polyP的细菌polyP激酶（PPK）催化正向和反向反应。虽然polyP的合成显然是细胞中有利的反应，但通过在体外提供足够量的ADP ，该酶可用于从polyP产生ATP，使得基于荧光素酶的ATP检测成为可能（Ault -Riché et al。，1998）。缺乏PPK的细菌在生物膜形成，运动性，持久性和各种应激反应方面存在缺陷，并显示出对次卤酸（即，漂白）应激或磷酸盐饥饿的显着增加的敏感性（图1）（Rao et al。，2009; Gray et ...
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Accurate measurements of an organism’s fitness are crucial for measuring evolutionary change. Methods of fitness measurement are most accurate when incorporating an individual’s survival and fecundity, as well as accounting for any ecological interactions or environmental effects experienced by the organism. Here, we describe a protocol for measuring the relative mean fitness of Caenorhabditis elegans populations, or strains, through an assay that accounts for individual survival, fecundity, and intraspecific competitive ability in the presence of a bacterial parasite. In this competitive fitness assay nematodes from a focal population or strain are mixed with a GFP-marked tester strain in equal proportions, the mixture of nematodes are then exposed to a parasite, and the ...
[摘要] 准确测量生物体的适应度对于衡量进化变化至关重要。当结合个体的生存和繁殖力以及考虑生物体所经历的任何生态相互作用或环境影响时，适合度测量的方法是最准确的。在这里，我们描述了一种用于测量秀丽隐杆线虫种群或菌株的相对平均适合度的方案，该方案通过在细菌寄生虫存在下计算个体存活率，繁殖力和种内竞争能力的测定。在这种竞争性适应性测定中，来自焦点种群或菌株的线虫与GFP标记的测试菌株以相等比例混合，然后将线虫的混合物暴露于寄生虫，并且通过测量来确定焦点菌株的相对竞争适合度。一代后，焦点线虫与GFP标记的线虫的比例发生变化。具体地，可以实施该协议以通过确定进化线虫与祖先线虫群体的相对竞争适合度来测量实验进化后线虫宿主适应度的变化。
【背景】 准确测量适应度和适应度随时间的变化对于确定群体对自然选择的反应至关重要。尽管如此，健康是众所周知难以衡量的，因为它包含了个人的生存，繁殖力，繁殖时间，并且必须考虑到对个体的生态和环境影响。尽管在所有可能的条件下没有用于测量适合度的协议是最佳的，但是考虑到生存和繁殖力的适应度的测量，同时保持生态和环境影响不变，可能提供对给定场景的适合性的可靠总体估计。在这里，我们描述了一个用于测量 C之间相对适应度差异的协议。线虫种群或菌株，用于确定细菌寄生虫存在时进化时间内相对适合度的变化。我们利用革兰氏阴性细菌粘质沙雷氏菌作为 ...
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