| Tandem Tag Assay Optimized for Semi-automated in vivo Autophagic Activity Measurement in Arabidopsis thaliana roots
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] Autophagy is the main catabolic process in eukaryotes and plays a key role in cell homeostasis. In vivo measurement of autophagic activity (flux) is a powerful tool for investigating the role of the pathway in organism development and stress responses. Here we describe a significant optimization of the tandem tag assay for detection of autophagic flux in planta in epidermal root cells of Arabidopsis thaliana seedlings. The tandem tag consists of TagRFP and mWasabi fluorescent proteins fused to ATG8a, and is expressed in wildtype or autophagy-deficient backgrounds to obtain reporter and control lines, respectively. Upon autophagy activation, the TagRFP-mWasabi-ATG8a fusion protein is incorporated into autophagosomes and delivered to the lytic vacuole. Ratiometric ...
[摘要] [摘要] 自噬是真核生物的主要分解代谢过程，在细胞稳态中起关键作用。体内自噬活性（通量）的测量是研究该途径在生物体发育和应激反应中的作用的有力工具。在这里，我们描述了串联标记测定的重大优化，用于检测拟南芥幼苗表皮根细胞中植物体内的自噬通量。串联标签由TagRFP 和mWasabi组成 荧光蛋白与ATG8a融合，并在野生型或自噬缺陷型背景中表达，分别获得报告基因和对照。自噬激活后，将TagRFP-mWasabi-ATG8a融合蛋白掺入自噬体中并递送至裂解液泡中。对照和报道细胞液泡中低pH耐受的TagRFP 和低pH敏感的mWasabi 荧光的比例定量可以可靠地估计自噬活性。我们为植物生长，成像和半自动数据分析提供了分步协议。该协议提出了一种快速而可靠的方法，该方法可用于需要植物自噬通量定量的任何研究。
[背景 ] 串联标记（TT）分析是定量酵母和哺乳动物细胞中自噬通量的广泛方法（Zhou 等，2012； Klionsky 等，2016； Yoshii和Mizushima，2017）。先前已经描述了适用于植物细胞中使用tobacc研究?BY-2细胞悬浮培养物小号（Hanamata 等人，2013; Klionsky 。等人，2016 ...
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| Structural Analysis of Bordetella pertussis Biofilms by Confocal Laser Scanning Microscopy
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Biofilms are sessile communities of microbial cells embedded in a self-produced or host-derived exopolymeric matrix. Biofilms can both be beneficial or detrimental depending on the surface. Compared to their planktonic counterparts, biofilm cells display enhanced resistance to killing by environmental threats, chemicals, antimicrobials and host immune defenses. When in biofilms, the microbial cells interact with each other and with the surface to develop architecturally complex multi-dimensional structures. Numerous imaging techniques and tools are currently available for architectural analyses of biofilm communities. This allows examination of biofilm development through acquisition of three-dimensional images that can render structural features of the sessile community. A frequently ...
[摘要] 生物膜是嵌入自生或宿主衍生的外聚合物基质中的微生物细胞的固着群落。根据表面，生物膜可以是有益的或有害的。与浮游生物相比，生物膜细胞表现出更强的抗环境威胁，化学物质，抗菌药物和宿主免疫防御能力。当处于生物膜中时，微生物细胞彼此相互作用并与表面相互作用以形成结构复杂的多维结构。目前，许多成像技术和工具可用于生物膜群落的建筑分析。这允许通过获取可以呈现无柄群落的结构特征的三维图像来检查生物膜的发展。经常使用的工具是共聚焦激光扫描显微镜。我们提出了一个详细的协议，以生长，观察和分析呼吸道人类病原体，百日咳博德特氏菌的生物膜在空间和时间。
【背景】百日咳博德特氏菌（Bordetella pertussis）是上呼吸道的专性人类病原体，引起百日咳或百日咳（Mooi，2010; Dorji et al。，2018）。 B的生物膜。百日咳在各种人造表面上以及静态，摇动和流体流动条件下形成（Mishra et al。，2005; Sloan et al。，2007 ; Serra et al。，2011）。对这些生物膜的显微评估表明，这种细菌产生不规则形状的微集落，由流体通道分隔，嵌入由细胞外DNA（eDNA），蛋白质和多糖组成的外聚合物基质中（Parise et al。，2007; Sloan et al。，2007; Serra et al。，2008; ...
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