| Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assess Histone Marks in Auxin-treated Arabidopsis thaliana Inflorescence Tissue
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation coupled with quantitative PCR (ChIP-qPCR) or high-throughput sequencing (ChIP-seq) has become the gold standard for the identification of binding sites of DNA binding proteins and the localization of histone modification on a locus-specific or genome-wide scale, respectively. ChIP experiments can be divided into seven critical steps: (A) sample collection, (B) crosslinking of proteins to DNA, (C) nuclear extraction, (D) chromatin isolation and fragmentation by sonication, (E) immunoprecipitation of histone marks by appropriate antibodies, (F) DNA recovery, and (G) identification of precipitated protein-associated DNA by qPCR or high-throughput sequencing. Here, we describe a time-efficient protocol that can be used for ChIP-qPCR experiments to study the ...
[摘要] [摘要]染色质免疫沉淀与定量PCR（ChIP -qPCR）或高通量测序（ChIP-seq ）结合已成为鉴定DNA结合蛋白结合位点和在特定基因座上定位组蛋白修饰的金标准。或全基因组规模。ChIP实验可分为七个关键步骤：（A）样品收集，（B）蛋白质与DNA交联，（C）核提取，（D）染色质分离和f 超声处理的碎片化；（E）通过适当的抗体对组蛋白标记的免疫沉淀；（F）DNA的回收；（G）通过qPCR或高通量测序鉴定沉淀的蛋白质相关DNA。在这里，我们描述了一种可用于ChIP -qPCR实验的省时协议，以研究模型植物拟南芥幼花序中组蛋白修饰的定位。
[背景]真核基因组中的染色体中，其与组蛋白DNA结合形成染色质组织的。组蛋白与DNA之间的紧密相互作用阻碍了DNA与其他因素的可及性。因此，组蛋白相对于重要调控DNA序列的位置和组蛋白-DNA接触的强度可以隐藏或暴露提供另一层基因调控的基因。在染色质中，组蛋白和DNA均可被化学修饰（Zhou等，2010 ；Schübeler ，2015）。根据修饰的物理性质，染色质状态可以阻止或增强基础基因的转录（Kouzarides ，2007； Yang等，2014； Wu等，2015）。在植物中，染色质的表观遗传状态已被证明是响应发育或环境刺激的基因表达的关键决定因素（Yang等人，2014 ; Wu等人，2015 ; ...
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| Arabidopsis-Green Peach Aphid Interaction: Rearing the Insect, No-choice and Fecundity Assays, and Electrical Penetration Graph Technique to Study Insect Feeding Behavior
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2018-08-05
[Abstract] Aphids constitute a large group of Hemipterans that use their slender stylets to tap into the sieve elements of plants from which they consume copious amounts of phloem sap, thus depriving the plant of photoassimilates. Some aphids also transmit viral diseases of plants. Myzus persicae Sülzer, commonly known as the green peach aphid (GPA), which is a polyphagous insect with a host range that covers 50 plant families, is considered amongst the top 3 insect pest of plants. The interaction between Arabidopsis thaliana and the GPA is utilized as a model pathosystem to study plant-aphid interaction. Here we describe the protocol used in our laboratories for rearing the GPA, and no-choice and fecundity bioassays to study GPA performance on Arabidopsis. In addition, we ...
[摘要] 蚜虫构成了一大群半翅目，它们使用细长的探针进入植物的筛子元素，从而消耗大量的韧皮部汁液，从而剥夺了植物的光合同化物。 一些蚜虫也传播植物的病毒性疾病。 桃蚜（Myzus persicae）Sülzer，俗称绿桃蚜（GPA），是一种多食性昆虫，寄主范围覆盖50个植物科，被认为是植物的三大害虫之一。 拟南芥与GPA之间的相互作用被用作研究植物 - 蚜虫相互作用的模型病理系统。 在这里，我们描述了我们的实验室用于饲养GPA的方案，以及用于研究拟南芥的GPA性能的无选择和繁殖生物测定。 此外，我们描述了电穿透图（EPG）技术的程序，以监测GPA在拟南芥上的摄食行为。
【背景】蚜虫是植物的重要害虫，它们利用它们的口器被改造成管心针，以从筛子元件中去除韧皮部汁液。作为其饲养过程的一部分，蚜虫将唾液沉积到植物组织中。虽然一些唾液成分引发植物防御，但其他驯鹿成分则操纵宿主生理学以使昆虫受益，包括抑制植物防御（Nalam et al。，2018）。植物利用各种防御来控制蚜虫侵扰。这些包括抗生素，它对蚜虫的生长，发育和繁殖以及影响昆虫行为（包括摄食行为）的抗病毒产生不利影响。当探针尖端在植物细胞内时，以及当探针尖端在筛子元件中时，这些防御在各个步骤施加，包括在细胞表面，在昆虫探针的叶组织细胞间穿透期间（Nalam 等人，，2018）。绿桃蚜（GPA）， Myzus ...
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| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
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2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments or those between random fragments and (iv) quantifying the number of ligations events between pairs of genomic loci (de Wit and de Laat, 2012). In the original 3C protocol, ligation frequency was ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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