Structural Analysis of Target Protein by Substituted Cysteine Accessibility Method
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Date:
2018-09-05
[Abstract] Substituted Cysteine Accessibility Method (SCAM) is a biochemical approach to investigate the water accessibility or the spatial distance of particular cysteine residues substituted in the target protein. Protein topology and structure can be annotated by labeling with methanethiosulfonate reagents that specifically react with the cysteine residues facing the hydrophilic environment, even within the transmembrane domain. Cysteine crosslinking experiments provide us with information about the distance between two cysteine residues. The combination of these methods enables us to obtain information about the structural changes of the target protein. Here, we describe the detailed protocol for structural analysis using SCAM.
[摘要] 取代半胱氨酸可及性方法(SCAM)是一种生物化学方法,用于研究目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性或空间距离。蛋白质拓扑和结构可以通过用甲硫代磺酸盐试剂标记来注释,所述甲硫基磺酸盐试剂特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应,甚至在跨膜结构域内。半胱氨酸交联实验为我们提供了关于两个半胱氨酸残基之间距离的信息。这些方法的组合使我们能够获得有关靶蛋白结构变化的信息。在这里,我们描述了使用SCAM进行结构分析的详细协议。
【背景】结构分析提供了关于靶蛋白功能的关键信息。 X射线晶体学和核磁共振已被用作生物学领域中的高分辨率蛋白质结构分析方法。然而,这些方法需要以非常高的浓度从膜中提取的纯化蛋白质用于膜蛋白的结构分析。取代半胱氨酸可及性方法(SCAM)是一种生化方法,用于分析目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性和空间距离。使用特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应的甲硫代磺酸盐(MTS)试剂,我们可以注释目标蛋白的拓扑结构和结构。由于标记试剂 N - 生物素氨基乙基甲硫基磺酸盐(MTSEA-生物素)对质膜是不可渗透的(Seal et ...
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Fluorescent Labeling of Rat-tail Collagen for 3D Fluorescence Imaging
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] Rat tail collagen solutions have been used as polymerizable in vitro three-dimensional (3D) extracellular matrix (ECM) gels for single and collective cell migration assays as well as spheroid formation. These 3D hydrogels are a relatively inexpensive, simple to use model system that can mimic the in vivo physical characteristics of numerous tissues within the body, namely the skin. While confocal imaging techniques such as fluorescence reflection and two-photon microscopy are able to visualize collagen fibrils during 3D imaging without fluorescence, other imaging modalities require direct conjugation of fluorescent dyes to collagen. Here we detail how to generate 3D collagen gels labeled with a fluorescent dye. Furthermore, we go through the steps required to ...
[摘要] 大鼠尾胶原溶液已被用作可聚合的体外三维(3D)细胞外基质(ECM)凝胶,用于单一和集体细胞迁移测定以及球状体形成。 这些3D水凝胶是相对便宜,易于使用的模型系统,其可以模拟体内许多组织(即皮肤)的体内物理特征。 虽然诸如荧光反射和双光子显微镜的共焦成像技术能够在没有荧光的3D成像期间可视化胶原原纤维,但是其他成像模式需要荧光染料直接缀合到胶原。 在这里,我们详细介绍了如何生成用荧光染料标记的3D胶原凝胶。 此外,我们还经历了可重复生成适用于活细胞3D成像技术的明亮胶原水凝胶所需的步骤。
【背景】自20世纪50年代以来,Paul Weiss和Beatrice Garber最初观察到增加血浆浓度(纤维蛋白)对间充质细胞形态的影响(Weiss和Garber,1952),开始研究细胞迁移和细胞与周围微环境的相互作用。在随后的几十年中,生物化学家开始深入研究从鼠尾胶原中纯化提取物,并开始将其用作高度可聚合的3D基质(Fitch et al。,1955; Gross et al。,1955; Chandrakasan et al。,1976)。直到20世纪90年代,3D矩阵才真正对细胞生物学界有用,尤其是研究细胞迁移(Friedl et ...
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