| Isolation of Chromatin-bound Proteins from Subcellular Fractions for Biochemical Analysis
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Shuttling of proteins between different cellular compartments controls their proteostasis and can contribute in some cases to regulate their activity. Biochemical analysis of chromatin-bound proteins, such as transcription factors, is often difficult because of their low yield and due to the interference from nucleic acids. This protocol describes a method to efficiently fractionate cells combined with a mechanical (i.e., sonication) or an enzymatic treatment (i.e., benzonase) that facilitates analysis of chromatin-bound protein extracts by Western blot analysis or by protein pull-down assays. This approach can be valuable to enrich a particular protein within a particular subcellular fraction either to study specific post-translational modification patterns or to ...
[摘要] 在不同细胞区室之间穿梭蛋白质控制它们的蛋白质稳态，并且在某些情况下可以有助于调节它们的活性。 染色质结合蛋白（例如转录因子）的生化分析通常是困难的，因为它们的产率低并且由于核酸的干扰。 该协议描述了一种有效分离细胞的方法，结合机械（即，超声处理）或酶处理（即，benzonase），有助于分析染色质结合蛋白提取物 通过蛋白质印迹分析或蛋白质下拉分析。 该方法对于富集特定亚细胞级分内的特定蛋白质以研究特定的翻译后修饰模式或鉴定特定的蛋白质 - 蛋白质相互作用可能是有价值的。
【背景】许多染色质结合蛋白的活性和翻译后调节研究很少，因为在分离它们进行生化分析时存在技术困难。这甚至是转录因子的情况，例如基本的螺旋 - 环 - 螺旋（bHLH）转录因子，其通常在组织或细胞模型中具有稀缺的时间和空间表达模式（Dennis 等。，2018）。当生物材料的量成为研究分子途径的障碍时，协议细化有助于解除技术限制（Gillotin和Guillemot，2016）。在我们最近的研究中，我们努力了解神经元bHLH转录因子Ascl1的蛋白水解是如何在神经元分化的细胞模型中调节的（Gillotin et ...
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| An in vitro Co-culture System for the Activation of CD40 by Membrane-presented CD40 Ligand versus Soluble Agonist
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] One fundamental property of the TNR receptor (TNFR) family relates to how ‘signal quality’ (the extent of receptor ligation or cross-linking) influences the outcome of receptor ligation, for instance the induction of death in tumour cells. It is unequivocal that membrane-presented ligand (delivered to target cells via cell-surface presentation by co-culture with ligand-expressing third-party cells) induces a greater extent of carcinoma cell death in vitro in comparison to non-cross-linked agonists (agonistic antibodies and/or recombinant ligands). The CD40 receptor epitomises this fundamental property of TNF receptor-ligand interactions, as the extent of CD40 cross-linking dictates cell fate. Membrane-presented CD40 ligand (mCD40L), but not soluble agonists (e.g., ...
[摘要] TNR受体（TNFR）家族的一个基本特性涉及“信号质量”（受体连接或交联的程度）如何影响受体连接的结果，例如肿瘤细胞中的死亡诱导。毫无疑问，膜呈递配体（通过与表达配体的第三方细胞共培养通过细胞表面呈递递送至靶细胞）在体外诱导更大程度的癌细胞死亡非交联激动剂（激动性抗体和/或重组配体）。 CD40受体集中体现了TNF受体 - 配体相互作用的这种基本特性，因为CD40交联的程度决定了细胞命运。膜呈递CD40配体（mCD40L），但不是可溶性激动剂（例如，激动性抗CD40抗体），诱导高水平的促炎细胞因子分泌并导致恶性肿瘤细胞广泛死亡（细胞凋亡）但不是正常的）上皮细胞。在本文中，我们描述了通过mCD40L激活CD40并随后检测细胞凋亡的各种特征（包括细胞膜透化，DNA片段化，半胱天冬酶活化）以及细胞内细胞死亡介质检测的共培养系统（包括衔接蛋白，促凋亡激酶和活性氧，ROS）。
【背景】TNFR及其配体在调节淋巴组织以及上皮（尤其是癌）细胞中的细胞增殖或死亡中的作用已经在广泛研究中，因为它们诱导细胞死亡（主要通过细胞凋亡）的能力代表了有希望的目标。用于癌症治疗。然而，重要的是，当以可溶性对膜结合形式存在时，TNFR激动剂引发细胞死亡的能力存在明显差异。当作为单独治疗施用时，可溶性激动剂通常表现出相对低的细胞毒性效力，而膜呈递的配体似乎是优越的（Albarbar ...
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| Fluorescent Labeling of Rat-tail Collagen for 3D Fluorescence Imaging
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] Rat tail collagen solutions have been used as polymerizable in vitro three-dimensional (3D) extracellular matrix (ECM) gels for single and collective cell migration assays as well as spheroid formation. These 3D hydrogels are a relatively inexpensive, simple to use model system that can mimic the in vivo physical characteristics of numerous tissues within the body, namely the skin. While confocal imaging techniques such as fluorescence reflection and two-photon microscopy are able to visualize collagen fibrils during 3D imaging without fluorescence, other imaging modalities require direct conjugation of fluorescent dyes to collagen. Here we detail how to generate 3D collagen gels labeled with a fluorescent dye. Furthermore, we go through the steps required to ...
[摘要] 大鼠尾胶原溶液已被用作可聚合的体外三维（3D）细胞外基质（ECM）凝胶，用于单一和集体细胞迁移测定以及球状体形成。 这些3D水凝胶是相对便宜，易于使用的模型系统，其可以模拟体内许多组织（即皮肤）的体内物理特征。 虽然诸如荧光反射和双光子显微镜的共焦成像技术能够在没有荧光的3D成像期间可视化胶原原纤维，但是其他成像模式需要荧光染料直接缀合到胶原。 在这里，我们详细介绍了如何生成用荧光染料标记的3D胶原凝胶。 此外，我们还经历了可重复生成适用于活细胞3D成像技术的明亮胶原水凝胶所需的步骤。
【背景】自20世纪50年代以来，Paul Weiss和Beatrice Garber最初观察到增加血浆浓度（纤维蛋白）对间充质细胞形态的影响（Weiss和Garber，1952），开始研究细胞迁移和细胞与周围微环境的相互作用。在随后的几十年中，生物化学家开始深入研究从鼠尾胶原中纯化提取物，并开始将其用作高度可聚合的3D基质（Fitch et al。，1955; Gross et al。，1955; Chandrakasan et al。，1976）。直到20世纪90年代，3D矩阵才真正对细胞生物学界有用，尤其是研究细胞迁移（Friedl et ...
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