|
Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] DNA footprinting is a classic technique to investigate protein-DNA interactions. However, traditional footprinting protocols can be unsuccessful or difficult to interpret if the binding of the protein to the DNA is weak, the protein has a fast off-rate, or if several different protein-DNA complexes are formed. Our protocol differs from traditional footprinting protocols, because it provides a method to isolate the protein-DNA complex from a native gel after treatment with the footprinting agent, thus removing the bound DNA from the free DNA or other protein-DNA complexes. The DNA is then extracted from the isolated complex before electrophoresis on a sequencing gel to determine the footprinting pattern. This analysis provides a possible solution for those who have been unable to use ...
[摘要] [摘要] DNA足迹是研究蛋白质-DNA相互作用的经典技术。但是，如果蛋白质与DNA的结合较弱，蛋白质的脱落速率较快，或者形成了几种不同的蛋白质-DNA复合物，则传统的足迹方案可能会失败或难以解释。我们的协议不同于传统的足迹协议，因为它提供了一种在使用足迹剂处理后从天然凝胶中分离蛋白质-DNA复合物的方法，从而从游离DNA或其他蛋白质-DNA复合物中去除了结合的DNA。然后从分离的复合物中提取DNA，然后在测序凝胶上电泳以确定印迹模式。该分析为无法使用传统足迹法确定蛋白质与DNA接触的人提供了可能的解决方案。
[背景]核酸酶/化学足迹是一个典型的方法来探测蛋白质-DNA相互作用（腊士和施米茨，1978;萨瑟-德怀特和Gralla，1989;汉普等人，2007） ...
|
|
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Bacteria in nature and as pathogens commonly face oxidative stress which causes damage to proteins, lipids and DNA. This damage is produced by the action of reactive oxygen species (ROS) such as hydrogen peroxide (H2O2), singlet oxygen, superoxide anion and hydroxyl radical. ROS are generated by antimicrobials, environmental factors (e.g., ultraviolet radiation, osmotic stress), aerobic respiration, and host phagocytes during infective processes. Pseudomonas aeruginosa, a versatile bacterium, is a prevalent opportunistic human pathogen which possesses several defense strategies against ROS. Among them, two catalases (KatA and KatB) have been well characterized by their role on the defense against multiple types of stress. In this protocol, KatA and ...
[摘要] 自然界中的细菌和病原体通常会面临氧化应激，导致蛋白质，脂质和DNA的损伤。 这种损害是由活性氧（ROS）如过氧化氢（H 2 O 2 2），单线态氧，超氧阴离子和羟基自由基的作用产生的。 ROS在感染过程中由抗菌剂，环境因素（例如，紫外线辐射，渗透压力），有氧呼吸和宿主吞噬细胞产生。 铜绿假单胞菌是一种多功能细菌，是一种普遍的机会性人类病原体，其具有针对ROS的几种防御策略。 其中，两种过氧化氢酶（KatA和KatB）在防御多种类型的压力方面的作用得到了很好的表征。 在该协议中，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测KatA和KatB活性。 还有人认为KatB的检测是难以捉摸的。
【背景】 P上。铜绿假单胞菌是一种无处不在的细菌，它可以以游离形式在陆地和水生栖息地中发现，或作为机会性人类病原体在免疫功能低下的个体，皮肤损伤或囊性纤维化患者中引起致命性感染。为了抵御其有氧代谢产生的ROS，寄主吞噬泡和环境因素，这种微生物具有多种抗氧化策略。其中，两个单功能的过氧化氢酶（KatA和KatB）负责将H 2 O分解成水和O 2。 KatA是主要的过氧化氢酶并具有独特的特征：它对H 2 O 2抗性，渗透保护和毒力非常稳定并且是必不可少的（Hassett等人 2000; Lee等人，2005）。有人认为，KatA的稳定性是正常生长条件下高水平活性的主要因素之一，因此， ...
|