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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Ribonucleoprotein particles (mRNPs) are complexes consisting of mRNAs and RNA-binding proteins (RBPs) which control mRNA transcription localization, turnover, and translation. Some mRNAs within the mRNPs have been shown to undergo degradation or storage. Those transcripts can lack general mRNA elements, like the poly(A) tail or 5’ cap structure, which prevent their identification through the application of widely-used approaches like oligo(dT) purification. Here, we describe a modified cross-linking affinity purification protocol (cCLAP) based on existing cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) methods to isolate mRNAs which could be deadenylated, decapped and/or partially degraded in mRNPs, opening the possibility to detect different types of non-coding RNAs (ncRNAs). Once isolated, ...
[摘要] 核糖核蛋白颗粒（mRNP）是由mRNA和RNA结合蛋白（RBP）组成的复合物，其控制mRNA转录定位，转换和翻译。已显示mRNP内的一些mRNA经历降解或储存。那些转录物可能缺乏一般的mRNA元件，如poly（A）尾或5'帽结构，这通过应用广泛使用的方法如oligo（dT）纯化来阻止它们的鉴定。在这里，我们描述了基于现有的交联和免疫沉淀（CLIP）方法的修饰的交联亲和纯化方案（cCLAP），以分离mRNP中可被去腺苷酸化，去除和/或部分降解的mRNA，从而开启了检测不同的可能性。非编码RNA（ncRNA）的类型。分离后，将RNA进行衔接子连接，然后进行下一代测序（NGS）。由于快速有效的交联和淬灭步骤，该方案也适用于瞬时诱导的mRNP颗粒。实例包括由外在应激物触发的处理体（PB）或应力颗粒（SG）。其重现性和广泛应用使该方案成为研究特定RNP的RNA组成的有用且有力的工具。
【背景】mRNP内转录物的表征对于理解细胞转录和转录后过程至关重要。通过交联和免疫沉淀，然后通过RNA-Seq从mRNP颗粒中分离RNA已经成为鉴定mRNA靶标的常用方法（Tagwerker et al。，2006; Hafner et al。，2010; Kishore et al。，2011）。 ...
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Bacteria in nature and as pathogens commonly face oxidative stress which causes damage to proteins, lipids and DNA. This damage is produced by the action of reactive oxygen species (ROS) such as hydrogen peroxide (H2O2), singlet oxygen, superoxide anion and hydroxyl radical. ROS are generated by antimicrobials, environmental factors (e.g., ultraviolet radiation, osmotic stress), aerobic respiration, and host phagocytes during infective processes. Pseudomonas aeruginosa, a versatile bacterium, is a prevalent opportunistic human pathogen which possesses several defense strategies against ROS. Among them, two catalases (KatA and KatB) have been well characterized by their role on the defense against multiple types of stress. In this protocol, KatA and ...
[摘要] 自然界中的细菌和病原体通常会面临氧化应激，导致蛋白质，脂质和DNA的损伤。 这种损害是由活性氧（ROS）如过氧化氢（H 2 O 2 2），单线态氧，超氧阴离子和羟基自由基的作用产生的。 ROS在感染过程中由抗菌剂，环境因素（例如，紫外线辐射，渗透压力），有氧呼吸和宿主吞噬细胞产生。 铜绿假单胞菌是一种多功能细菌，是一种普遍的机会性人类病原体，其具有针对ROS的几种防御策略。 其中，两种过氧化氢酶（KatA和KatB）在防御多种类型的压力方面的作用得到了很好的表征。 在该协议中，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测KatA和KatB活性。 还有人认为KatB的检测是难以捉摸的。
【背景】 P上。铜绿假单胞菌是一种无处不在的细菌，它可以以游离形式在陆地和水生栖息地中发现，或作为机会性人类病原体在免疫功能低下的个体，皮肤损伤或囊性纤维化患者中引起致命性感染。为了抵御其有氧代谢产生的ROS，寄主吞噬泡和环境因素，这种微生物具有多种抗氧化策略。其中，两个单功能的过氧化氢酶（KatA和KatB）负责将H 2 O分解成水和O 2。 KatA是主要的过氧化氢酶并具有独特的特征：它对H 2 O 2抗性，渗透保护和毒力非常稳定并且是必不可少的（Hassett等人 2000; Lee等人，2005）。有人认为，KatA的稳定性是正常生长条件下高水平活性的主要因素之一，因此， ...
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