| Vascular Permeability Assay in Human Coronary and Mouse Brachiocephalic Arteries
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Author:
Liang Guo, Raquel Fernandez, Atsushi Sakamoto, Anne Cornelissen, Ka Hyun Paek, Parker J. Lee, Leah M. Weinstein, Carlos J. Collado-Rivera, Emanuel Harari, Robert Kutys, Torie S. Samuda, Nicole A. Singer, Matthew D. Kutyna, Frank D. Kolodgie, Renu Virmani and Aloke V. Finn,
Date:
2018-10-20
[Abstract] Coronary artery disease remains an important cause of morbidity and mortality. Previous work, including ours, has focused on the role of intraplaque hemorrhage, particularly from immature microvessel angiogenesis, as an important contributor to plaque progression via increases in vascular permeability leading to further intraplaque hemorrhage, which increases red cell membrane-derived free cholesterol in plaque content and inflammatory cell recruitment. Evans Blue Dye (EBD) assay is widely used as a standard assay for vasculature permeability. However, the method has not been established in fresh human coronary artery autopsy samples to evaluate intraplaque microvessel permeability and angiogenesis. In this protocol, we describe a method to evaluate human coronary samples for ...
[摘要] 冠状动脉疾病仍然是发病率和死亡率的重要原因。以前的研究，包括我们的研究，都集中在斑块内出血的作用，特别是来自未成熟的微血管血管生成，作为斑块进展的重要因素，通过增加血管通透性导致进一步的斑块内出血，增加斑块中红细胞膜来源的游离胆固醇内容和炎症细胞募集。 Evans Blue Dye（EBD）测定法广泛用作脉管系统渗透性的标准测定法。然而，该方法尚未在新鲜人冠状动脉尸检样本中建立，以评估斑块内微血管通透性和血管生成。在该方案中，我们描述了评估人类冠状动脉样本的微血管通透性的方法，包括灌注冠状动脉的程序，用于组织学分析和免疫染色的动脉样本的收集以及使用适当的方法来分析图像。还提供了在小鼠模型中使用FITC-葡聚糖以评估血管通透性的任选程序。这些Evans Blue Dye程序可用于在各种病理条件下提供人样品和动物模型中内皮完整性和渗透性的功能测量。
【背景】
血管内皮细胞主动调节血浆成分和循环细胞（包括白细胞）从血液到亚内皮组织的浸润。这种机制通常被认为是动脉粥样硬化起始和发展的关键步骤（Mundi et al。>，2018）。血管通透性的调节通过内皮细胞 - 细胞连接的协调打开和闭合来实现。在几种疾病状态下，内源性药物如组胺，凝血酶和血管内皮生长因子（VEGF）显着但可逆地以不同方式改变细胞 - ...
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| High Dimensional Functionomic Analysis of Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells at a Single Cell Level
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] The ability to conduct investigation of cellular transcription, signaling, and function at the single-cell level has opened opportunities to examine heterogeneous populations at unprecedented resolutions. Although methods have been developed to evaluate high-dimensional transcriptomic and proteomic data (relating to cellular mRNA and protein), there has not been a method to evaluate corresponding high-dimensional functionomic data (relating to cellular functions) from single cells. Here, we present a protocol to quantitatively measure the differentiation potentials of single human hematopoietic stem and progenitor cells, and then cluster the cells according to these measurements. High dimensional functionomic analysis of cell potential allows cell function to be linked to molecular ...
[摘要] 在单细胞水平进行细胞转录，信号传导和功能调查的能力为以前所未有的决议研究异质人群开启了机会。 尽管已经开发了评估高维转录组学和蛋白质组学数据（与细胞mRNA和蛋白质有关）的方法，但尚未有方法从单个细胞评估相应的高维功能组学数据（与细胞功能有关）。 在这里，我们提出了一种方案来定量测量单个人造血干细胞和祖细胞的分化潜能，然后根据这些测量结果聚集细胞。 细胞电位的高维功能组分析允许细胞功能与相同祖细胞群体内的分子机制相关联。
【背景】单细胞水平的细胞转录，信号传导和功能单细胞测量技术的发展，以及流式细胞仪等先前存在的技术的发展，使得新镜头能够检测复杂的异质群体。这些方法产生大量数据，这可以借助于降维算法来解释，如使用Mpath，Monocole，PCA，Wishbone或扩散图算法在单细胞RNA-Seq上所示的（Paul等， 2016年;参见 et al。，2017），以及使用tSNE或PhenoGraph的CyTOF（Amir et al。，2013; Levine et al 。，2015）。
我们开发了这个协议，以允许在单细胞环境中对造血祖细胞的大规模培养物进行功能分析和随后的降维。在这个协议中，我们描述了在细胞因子的基质细胞培养物中培养人CD34 ...
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| VAMP8-3xHA Uptake Assay in HeLa Cells
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Author:
Date:
2016-02-20
[Abstract] Transmembrane proteins are rarely exclusively localized to a specific vesicle or an organelle. Most transmembrane proteins undergo complicated trafficking routes. Thus, transmembrane proteins are under constant flux, and at steady state, found on a variety of vesicles or organelles. This characteristic makes the study of their trafficking routes complex, since at any given moment, different molecules are often being trafficked in opposing directions. Pulse-chase experiments can temporally track a specific pool of a transmembrane protein of interest, allowing for the kinetic description of its trafficking route. This type of technique has been used extensively to follow a large array of plasma membrane localized proteins (Diril et al., 2006; Jean et al., 2010). Here, we ...
[摘要] 跨膜蛋白很少专门定位于特定的囊泡或细胞器。大多数跨膜蛋白经历复杂的运输路线。因此，跨膜蛋白在恒定通量下，并在稳定状态，发现在各种囊泡或细胞器。这个特征使得他们的贩运路线的研究复杂，因为在任何给定时刻，不同的分子通常在相反的方向上被贩运。脉冲追踪实验可以暂时跟踪感兴趣的跨膜蛋白的特定池，允许其运输路线的动力学描述。这种类型的技术已广泛用于跟踪大量的质膜定位蛋白质（Diril等人，2006; Jean等人，2010）。在这里，我们描述了一种方法，允许研究VAMP8贩运从质膜到内溶酶体隔室。该方法用于描述 MTMR13 和 RAB21 在调节VAMP8向内溶酶体的运输中的作用（Jean等人，，2015）。
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