| Assessment of Caenorhabditis elegans Competitive Fitness in the Presence of a Bacterial Parasite
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Accurate measurements of an organism’s fitness are crucial for measuring evolutionary change. Methods of fitness measurement are most accurate when incorporating an individual’s survival and fecundity, as well as accounting for any ecological interactions or environmental effects experienced by the organism. Here, we describe a protocol for measuring the relative mean fitness of Caenorhabditis elegans populations, or strains, through an assay that accounts for individual survival, fecundity, and intraspecific competitive ability in the presence of a bacterial parasite. In this competitive fitness assay nematodes from a focal population or strain are mixed with a GFP-marked tester strain in equal proportions, the mixture of nematodes are then exposed to a parasite, and the ...
[摘要] 准确测量生物体的适应度对于衡量进化变化至关重要。当结合个体的生存和繁殖力以及考虑生物体所经历的任何生态相互作用或环境影响时，适合度测量的方法是最准确的。在这里，我们描述了一种用于测量秀丽隐杆线虫种群或菌株的相对平均适合度的方案，该方案通过在细菌寄生虫存在下计算个体存活率，繁殖力和种内竞争能力的测定。在这种竞争性适应性测定中，来自焦点种群或菌株的线虫与GFP标记的测试菌株以相等比例混合，然后将线虫的混合物暴露于寄生虫，并且通过测量来确定焦点菌株的相对竞争适合度。一代后，焦点线虫与GFP标记的线虫的比例发生变化。具体地，可以实施该协议以通过确定进化线虫与祖先线虫群体的相对竞争适合度来测量实验进化后线虫宿主适应度的变化。
【背景】 准确测量适应度和适应度随时间的变化对于确定群体对自然选择的反应至关重要。尽管如此，健康是众所周知难以衡量的，因为它包含了个人的生存，繁殖力，繁殖时间，并且必须考虑到对个体的生态和环境影响。尽管在所有可能的条件下没有用于测量适合度的协议是最佳的，但是考虑到生存和繁殖力的适应度的测量，同时保持生态和环境影响不变，可能提供对给定场景的适合性的可靠总体估计。在这里，我们描述了一个用于测量 C之间相对适应度差异的协议。线虫种群或菌株，用于确定细菌寄生虫存在时进化时间内相对适合度的变化。我们利用革兰氏阴性细菌粘质沙雷氏菌作为 ...
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| Nuclear Transformation of Chlamydomonas reinhardtii by Electroporation
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] The unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii is an important model organism for studying photosynthesis, acclimation to abiotic stress, cilia biology, and many other biological processes. Many molecular biology tools exist for interrogating gene function including the ability to easily transform the nuclear genome of Chlamydomonas. While technical advances such as TALENs, ZFNs and CRISPR are making it easier to precisely edit the nuclear genome, the efficiency of such methods in Chlamydomonas is at present very low. In contrast, random insertion by nuclear transformation tends to be a much more efficient process. This protocol describes a method for transformation of the Chlamydomonas nuclear genome by electroporation. The protocol requires at ...
[摘要] 单细胞绿藻莱茵衣藻是研究光合作用，适应非生物胁迫，纤毛生物学和许多其他生物过程的重要模式生物。 许多分子生物学工具用于询问基因功能，包括轻松转化衣藻的核基因组的能力。 虽然TALENs，ZFNs和CRISPR等技术进步正在使精确编辑核基因组变得更加容易，但此类方法在衣原体中的效率目前非常低。 相反，通过核转变随机插入往往是一个更有效的过程。 该协议描述了通过电穿孔转化衣原体核基因组的方法。 该协议需要至少3天的工作，并通常导致1-2周内出现小菌落。
【背景】众多的分子，遗传和基因组资源使得莱茵衣藻（以下简称衣衣属）成为研究各种生物过程的优秀模式生物。已经开发了许多技术来改变衣藻核，叶绿体和线粒体，包括粒子轰击（Boynton等，1988），玻璃珠转化（Kindle，1990）和电穿孔（Shimogawara等人，1998）。核衣壳菌可通过将衣藻暴露于物理或化学诱变剂（例如紫外线或甲磺酸乙酯）而产生，但通常通过随机插入诱变转基因DNA而获得。由于衣藻核转化的同源重组效率非常低（Zorin等人，2009; Jinkerson和Jonikas，2015），转化的DNA通常整合到核基因组随机位点。存在许多用于随后鉴定异位DNA的插入位点的技术，包括经典遗传作图（Rymarquis等人，2005），TAIL-PCR（Dent等人 ...
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