| CRISPR/Cas Gene Editing of a Large DNA Virus: African Swine Fever Virus
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Gene editing of large DNA viruses, such as African swine fever virus (ASFV), has traditionally relied on homologous recombination of a donor plasmid consisting of a reporter cassette with surrounding homologous viral DNA. However, this homologous recombination resulting in the desired modified virus is a rare event. We recently reported the use of CRISPR/Cas9 to edit ASFV. The use of CRISPR/Cas9 to modify the African swine fever virus genome resulted in a fast and relatively easy way to introduce genetic changes. To accomplish this goal we first infect primary swine macrophages with a field isolate, ASFV-G, and transfect with the CRISPR/Cas9 donor plasmid along with a plasmid that will express a specific gRNA that targets our gene to be deleted. By inserting a reporter cassette, we are ...
[摘要] 大型DNA病毒（例如非洲猪瘟病毒（ASFV））的基因编辑传统上依赖于由报道盒组成的供体质粒与周围同源病毒DNA的同源重组。然而，这种导致所需修饰病毒的同源重组是罕见的事件。我们最近报道了使用CRISPR / Cas9编辑ASFV。使用CRISPR / Cas9修饰非洲猪瘟病毒基因组导致了引入遗传变化的快速且相对简单的方法。为了实现这一目标，我们首先用田间分离株ASFV-G感染原代猪巨噬细胞，并用CRISPR / Cas9供体质粒转染质粒，该质粒将表达靶向我们基因的特异性gRNA被删除。通过插入报告盒，我们能够通过有限稀释和噬菌斑纯化从亲本中纯化我们的重组病毒。我们以前曾报道将传统的同源重组方法与CRISPR / Cas9进行比较，结果导致重组增加超过4个对数。
【背景】 非洲猪瘟（ASF）是一种由ASF病毒（ASFV）引起的高度致命的猪传染性病毒性疾病。 ASFV的基因组由大约180-190千碱基对的双链DNA基因组组成。 ASFV引起一系列疾病，从高度致命到亚临床，取决于宿主特征和病毒株（Tulman et al。，2009）。 ASFV没有商业疫苗;实验上，2007年格鲁吉亚爆发的唯一能够抵御目前流行病毒株的疫苗（ASFV-G）是含有一个或多个病毒基因组缺失的减毒活疫苗，例如:( O'Donnell et ...
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| High Dimensional Functionomic Analysis of Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells at a Single Cell Level
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] The ability to conduct investigation of cellular transcription, signaling, and function at the single-cell level has opened opportunities to examine heterogeneous populations at unprecedented resolutions. Although methods have been developed to evaluate high-dimensional transcriptomic and proteomic data (relating to cellular mRNA and protein), there has not been a method to evaluate corresponding high-dimensional functionomic data (relating to cellular functions) from single cells. Here, we present a protocol to quantitatively measure the differentiation potentials of single human hematopoietic stem and progenitor cells, and then cluster the cells according to these measurements. High dimensional functionomic analysis of cell potential allows cell function to be linked to molecular ...
[摘要] 在单细胞水平进行细胞转录，信号传导和功能调查的能力为以前所未有的决议研究异质人群开启了机会。 尽管已经开发了评估高维转录组学和蛋白质组学数据（与细胞mRNA和蛋白质有关）的方法，但尚未有方法从单个细胞评估相应的高维功能组学数据（与细胞功能有关）。 在这里，我们提出了一种方案来定量测量单个人造血干细胞和祖细胞的分化潜能，然后根据这些测量结果聚集细胞。 细胞电位的高维功能组分析允许细胞功能与相同祖细胞群体内的分子机制相关联。
【背景】单细胞水平的细胞转录，信号传导和功能单细胞测量技术的发展，以及流式细胞仪等先前存在的技术的发展，使得新镜头能够检测复杂的异质群体。这些方法产生大量数据，这可以借助于降维算法来解释，如使用Mpath，Monocole，PCA，Wishbone或扩散图算法在单细胞RNA-Seq上所示的（Paul等， 2016年;参见 et al。，2017），以及使用tSNE或PhenoGraph的CyTOF（Amir et al。，2013; Levine et al 。，2015）。
我们开发了这个协议，以允许在单细胞环境中对造血祖细胞的大规模培养物进行功能分析和随后的降维。在这个协议中，我们描述了在细胞因子的基质细胞培养物中培养人CD34 ...
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| Cobblestone Area-forming Cell Assay of Mouse Bone Marrow Hematopoietic Stem Cells
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] Bone Marrow Hematopoietic Stem Cells (HSCs) require bone marrow microenvironment for their maintenance and proliferation. Culture of Bone Marrow Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) provides appropriate environmental signals for HSCs survival in vitro. Here, we provide a detailed protocol that describes culture conditions for MSCs, flow cytometric isolation of HSCs from mouse bone marrow, and perform co-culture of MSCs and HSCs known as Cobblestone area-forming cell (CAFC) assay. Altogether, CAFC assays can be used as a high-throughput in vitro screening model where efforts are made to understand and develop therapies for complex bone marrow diseases. This protocol needs 3 to 4 weeks starting from culturing MSCs, isolating LSK cells (HSCs), and to performing limited dilution ...
[摘要] 骨髓造血干细胞（HSC）需要骨髓微环境来维持和增殖。 骨髓间充质基质细胞（MSC）的培养为体外HSC存活提供适当的环境信号。 在这里，我们提供了描述MSCs培养条件的详细方案，从小鼠骨髓中流式细胞术分离HSCs，并进行称为鹅卵石区域形成细胞（CAFC）分析的MSC和HSC的共培养。 总而言之，CAFC分析可用作高通量体外筛选模型，其中努力了解和开发复杂骨髓疾病的治疗方法。 该方案需要培养MSC，分离LSK细胞（HSC）和执行有限稀释CAFC测定3至4周。
【背景】HSC的增殖，存活和分化潜力非常依赖于其微环境，也被称为小生境。骨髓MSC支持HSC以使其在骨髓龛中保持静止状态。由生态位接收的内在和外在信号有助于将HSC分化为也称为造血的成熟血细胞谱系，而不诱导异常扩增（Yoshihara等人，2007; Spindler等人 ，2014; Hu等人，2016）。鹅卵石区域形成细胞试验（CAFC试验）是长期骨髓HSC和MSC的体外共培养试验。当培养MSC在组织培养皿中完成融合时，将HSC铺在MSC上（de Haan和Ploemacher，2002）。 CAFC测定与骨髓的体内研究相当，并且可用作快速筛选测定以测试HSC的干细胞活性和MSC的支持活性（Ploemacher等人， ...
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