| Deoxycholate Fractionation of Fibronectin (FN) and Biotinylation Assay to Measure Recycled FN Fibrils in Epithelial Cells
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Fibronectin (FN) is an extracellular matrix protein that is secreted by many cell types and binds predominantly to the cell surface receptor Integrin α5β1. Integrin α5β1 binding initiates the step-wise assembly of FN into fibrils, a process called fibrillogenesis. We and several others have demonstrated critical effects of fibrillogenesis on cell migration and metastasis. While immunostaining and microscopy methods help visualize FN incorporation into fibrils, with each fibril being at least 3 μm in length, the first study that developed a method to biochemically fractionate FN to quantify fibril incorporated FN was published by Jean Schwarzbauer’s group in 1996. Our protocol was adapted from the original publication, and has been tested on multiple cell types including as shown here in ...
[摘要] 纤连蛋白（FN）是一种细胞外基质蛋白，由许多细胞类型分泌，主要与细胞表面受体整合素α5β1结合。整合素α5β1结合启动FN逐步组装成原纤维，这一过程称为原纤维形成。我们和其他几个人已经证明了原纤维形成对细胞迁移和转移的关键作用。虽然免疫染色和显微镜方法有助于可视化FN掺入原纤维，每个原纤维的长度至少为3μm，但是第一项研究开发了一种生物化学分离FN以量化原纤维并入FN的方法，由Jean Schwarzbauer小组于1996年出版。我们的方案改编自原始出版物，并已在多种细胞类型上进行测试，包括如此处所示的MCF10A乳腺上皮细胞和Caki-1肾癌上皮细胞。使用两种洗涤剂提取物，将细胞FN分离成不溶于洗涤剂或掺入原纤维的FN和可溶性FN或未掺入的级分。为了确定原纤维形成是否利用FN的再循环池，我们使用了生物素标记的FN（FN-生物素）再循环测定，其已经从先前的研究中修改。使用再循环测定和脱氧胆酸盐分离方法的组合，可以定量地证明在不同实验条件下细胞中原纤维形成的程度，并确定原纤维形成的FN来源
【背景】 纤连蛋白（FN）是普遍产生的细胞外基质（ECM）组分（Uitto et al。，1989; Mao和Schwarzbauer，2005）。纤连蛋白库是转录产生的，可以通过几种生长因子如TGF-β1增加（Yokoi et al。，2002; Mimura ...
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| Two Different Methods of Quantification of Oxidized Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD+) and Reduced Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NADH) Intracellular Levels: Enzymatic Coupled Cycling Assay and Ultra-performance Liquid Chromatography (UPLC)-Mass Spectrometry
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Current studies on the age-related development of metabolic dysfunction and frailty are each day in more evidence. It is known, as aging progresses, nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) levels decrease in an expected physiological process. Recent studies have shown that a reduction in NAD+ is a key factor for the development of age-associated metabolic decline. Increased NAD+ levels in vivo results in activation of pro-longevity and health span-related factors. Also, it improves several physiological and metabolic parameters of aging, including muscle function, exercise capacity, glucose tolerance, and cardiac function in mouse models of natural and accelerated aging.
Given the importance of monitoring cellular NAD+ and ...
[摘要] 目前关于代谢功能障碍和虚弱的年龄相关发展的研究每天都有更多的证据。众所周知，随着衰老的进展，烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD + ）水平在预期的生理过程中降低。最近的研究表明，NAD + 的减少是与年龄相关的代谢衰退发展的关键因素。增加NAD + 水平体内导致激活寿命和健康跨度相关因素。此外，它改善了老化的几个生理和代谢参数，包括自然和加速老化的小鼠模型中的肌肉功能，运动能力，葡萄糖耐量和心脏功能。
鉴于监测细胞NAD + 和NADH水平的重要性，有一个值得信赖的方法是至关重要的。该方案的目的是在有效且广泛适用的测定中描述来自组织和细胞的NAD + 和NADH提取以及其图形和定量分析。
【背景】氧化烟酰胺腺嘌呤二核苷酸和还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD + 和NADH）是重要的生物辅助因子，它们在几种合成代谢和分解代谢功能中提供和接受电子。它们参与诸如糖酵解，三羧酸循环和氧化磷酸化的反应。此外，它还作为DNA损伤修复中涉及的几种酶的底物，例如sirtuins和poly（ADP-核糖）聚合酶（PARP）（Imai和Guarente，2014; Verdin，2015; Yoshino et al。 ，2018）。
NAD + ...
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| Heterologous Expression and Purification of the CRISPR-Cas12a/Cpf1 Protein
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] This protocol provides step by step instructions (Figure 1) for heterologous expression of Francisella novicida Cas12a (previously known as Cpf1) in Escherichia coli. It additionally includes a protocol for high-purity purification and briefly describes how activity assays can be performed. These protocols can also be used for purification of other Cas12a homologs and the purified proteins can be used for subsequent genome editing experiments.
Figure 1. Timeline of activities for the heterologous expression and purification of Francisella novicida Cas12a (FnCas12a) from Escherichia coli
[摘要] 该协议提供了分步说明（图1），用于在大肠杆菌中异源表达新西兰弗朗西斯菌弗朗西丝菌Cas12a（以前称为Cpf1）。 它还包括一个高纯度纯化方案，并简要介绍如何进行活性测定。 这些方案也可以用于其他Cas12a同系物的纯化，并且纯化的蛋白质可以用于随后的基因组编辑实验。
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图1.从大肠杆菌 异源表达和纯化<弗朗西斯弗朗西丝菌 Cas12a（FnCas12a）的活动时间表
【背景】原核CRISPR-Cas免疫系统通过使用CRISPR RNA（crRNA）作为外源DNA或RNA的序列特异性靶向的指导来提供针对病毒和质粒的保护（van der Oost等人，2014; Marraffini ，2015）。 1类CRISPR-Cas系统（包含I型，III型和IV型）通常形成多亚基蛋白-cRNA效应复合物，而2类系统（包含II型，V型和VI型）依赖于单个crRNA-引导的效应物核酸酶用于目标干扰（Mohanraju et al。 2016年）。
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