| Fabrication and Use of the Dual-Flow-RootChip for the Imaging of Arabidopsis Roots in Asymmetric Microenvironments
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] This protocol provides a detailed description of how to fabricate and use the dual-flow-RootChip (dfRootChip), a novel microfluidic platform for investigating root nutrition, root-microbe interactions and signaling and development in controlled asymmetric conditions. The dfRootChip was developed primarily to investigate how plants roots interact with their environment by simulating environmental heterogeneity. The goal of this protocol is to provide a detailed resource for researchers in the biological sciences wishing to employ the dfRootChip in particular, or microfluidic devices in general, in their laboratory.
[摘要] 该协议提供了如何制造和使用双流RootChip（dfRootChip）的详细描述，这是一种新型微流体平台，用于研究根管营养，根 - 微生物相互作用以及受控不对称条件下的信号传导和发育。 dfRootChip的开发主要是为了研究植物根系如何通过模拟环境异质性与环境相互作用。 该协议的目标是为希望在其实验室中特别使用dfRootChip或一般微流体装置的生物科学研究人员提供详细资源。
【背景】地下条件是高度异质和动态的，因此植物根部暴露于各种刺激，因此必须适应这种复杂的环境。尽管这些发展适应的重要性，但潜在的机制仍有待阐明。微流体装置已被证明可用于在受控的微环境中培养标本，并有助于从亚细胞到有机物水平的动态过程的实时成像（Crane 等人，，2010）。由于微流体可以以受控方式操纵小流体体积，以高通量进行实验，提取定量信息并进行延时测量，微流体装置已经进入了有机体研究。对于模式植物拟南芥，已经开发了一系列微流体装置，能够在根发育过程中监测基因表达（Busch et al。，2012），信号事件（Keinath et al。，2015）和基于传感器的营养摄取成像（Grossmann et al。，2011; Lanquar et al。， 2014）。此外，使用微流体平台的最新进展包括高分辨率表型分析（Jiang et al。，2014; Xing ...
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| Quantification of Thrips Damage Using Ilastik and ImageJ Fiji
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Quantification of insect damage is an essential measurement for identifying resistance in plants. In screening for host plant resistance against thrips, the total damaged leaf area is used as a criterion to determine resistance levels. Here we present an objective novel method for analyzing thrips damage on leaf disc using the freely available software programs Ilastik and ImageJ. The protocol was developed in order to screen over 40 Capsicum lines for resistance against Frankliniella occidentalis (Western Flower Thrips) and Thrips tabaci (Onion thrips).
[摘要] 昆虫损伤的定量是鉴定植物抗性的重要指标。 在筛选宿主植物对蓟马的抗性时，将总的受损叶面积用作确定抗性水平的标准。 在这里我们提出了一种客观的新方法，用免费提供的软件程序Ilastik和ImageJ来分析叶盘上的蓟马损伤。 该协议的开发是为了筛选超过40个辣椒品系对西方花蓟马和西蓟马蓟马（洋葱蓟马）的抗性。
【背景】昆虫损伤的定量是鉴定植物抗性的重要指标。在筛选宿主植物对蓟马抗性的程序中，总损伤叶面积被用作确定抗性水平的标准。蓟马损害的特点是银色斑点与完整叶片区域显示出高对比度，但喂食点还包括从深绿色到棕色的深色区域。这些叶片的逐渐变色太细微，无法用诸如Winfolia等程序精确量化（ http：// www .regentinstruments.com / assets / winfolia_software.html ）或ImageJ（Rasband，2011）。结果，蓟马损害通常由评估样品的个体评分。将样本分为表示损害数量的类别（Mirnezhad等人，2010; Maharijaya等人，2011和2012），或损害估计为最接近的1 （Leiss等人，2009; ...
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| Isolation and Maintenance of Murine Embryonic Striatal Neurons
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Primary cultures of murine striatal neurons are widely used to explore cellular mechanisms in neurobiology, including brain diseases. Here we describe a detailed and standardized protocol to dissect and culture embryonic murine striatal neurons GABA-positive/DARPP-32-positive for 12 days in vitro, when they show good neuronal cell connectivity and the presence of dendritic spines, which reflects the maturation of the network.
[摘要] 小鼠纹状体神经元的原代培养物被广泛用于探索神经生物学中的细胞机制，包括脑部疾病。 在这里，我们描述了一个详细和标准化的协议解剖和文化胚胎小鼠纹状体神经元GABA阳性/ DARPP-32阳性12天体外，当他们显示良好的神经元细胞连接性和存在的树突 刺，反映了网络的成熟。
【背景】纹状体是运动和奖励系统的重要组成部分，纹状体神经元的功能障碍可导致各种神经元疾病，从强迫性行为（Welch et al。，2007）到神经退行性疾病，如在亨廷顿病中观察到的（Reiner等，1988）。因此，一个良好建立的纹状体文化可能是一个很有价值的研究这些和其他条件的模型。成年纹状体中的主要神经元亚型是中型多刺投射神经元（MSNs），其占所有纹状体神经元的约95％并使用抑制性递质γ-氨基丁酸（GABA）。它们具有中等大小的细胞体，复杂的树突状乔木和高密度的树突棘，可同时接受谷氨酸能和多巴胺输入。其余5％的神经元由GABA能神经间神经元组成（Graveland和DiFiglia，1985; ...
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