| Fluorescence Titrations to Determine the Binding Affinity of Cyclic Nucleotides to SthK Ion Channels
|
|
Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] The cyclic-nucleotide modulated ion channel family includes cyclic nucleotide-gated (CNG) and hyperpolarization-activated and cyclic nucleotide-modulated (HCN) channels, which play essential roles in visual and olfactory signaling and the heart pacemaking activity. Functionally, these channels have been extensively characterized by electrophysiological techniques from protein heterologously expressed in Xenopus oocytes and mammalian cells. On the other hand, expression and purification of these proteins for biophysical and structural analyses in vitro is problematic and expensive and, accordingly, only limited information on the purified channels is available in the literature. Here we describe a protocol for binding studies of fluorescently labeled cyclic nucleotides to a ...
[摘要] 环核苷酸调节的离子通道家族包括环核苷酸门控（CNG）和超极化激活和环核苷酸调节（HCN）通道，其在视觉和嗅觉信号传导和心脏起搏活动中起重要作用。在功能上，这些通道已经通过来自非洲爪蟾卵母细胞和哺乳动物细胞中异源表达的蛋白质的电生理学技术进行了广泛的表征。另一方面，这些蛋白质的表达和纯化用于体外生物物理和结构分析是有问题且昂贵的，因此，文献中仅提供关于纯化通道的有限信息。在这里，我们描述了用于将荧光标记的环核苷酸与真核CNG通道的同源物结合研究的方案。此外，我们描述了如何在竞争测定中直接探测未标记的环核苷酸的结合。使用荧光作为配体结合的灵敏探针可减少所需蛋白质的量，并使用标准实验室设备进行快速简便的测量。
【背景】了解蛋白质在分子细节中的功能需要广泛的微观表征。对于配体门控离子通道，需要进行不同的分析以获得有关蛋白质与配体的特异性相互作用，配体结合位点和孔隙之间的通信以及通道特异性特征（如离子通量和失活或脱敏）的信息。属性。与对应于各种功能状态的通道构象的结构数据一起，这允许开发通道功能和调节的完整机械描述。环核苷酸门控（CNG）离子通道是四聚体钾通道，由于它们在嗅觉和视觉信号级联中的功能而特别受关注（Kaupp和Seifert，2002; Craven和Zagotta，2006）。然而，在确定的条件下，纯化的CNG通道的数据非常有限，主要来自单分子力谱（Higgins ...
|
|
|
| Analysis of Metals in Whole Cells, Thylakoids and Photosynthetic Protein Complexes in Synechocystis sp. PCC6803
|
|
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Metals are essential in many biological processes, including oxygenic photosynthesis. Here we described a method to measure the metal pool in whole cells and thylakoids, including the bioactive pool in intact photosynthetic protein complexes in the model oxygenic cyanobacterium Synechocystis PCC6803. In the first part of the protocol, whole cells and thylakoid membranes are carefully prepared, in which the total metal concentrations are measured by inductively coupled plasma triple-quadrupole mass spectrometry (ICP-QQQ-MS). In the second part of the protocol, isolated thylakoids are solubilized to release the integral membrane proteins and the metal binding protein complexes. These intact photosynthetic protein complexes are subjected to size exclusion chromatography (SEC) and ...
[摘要] 金属在许多生物过程中是必不可少的，包括含氧光合作用。 在这里我们描述了测量全细胞和类囊体中金属库的方法，包括模型含氧蓝藻PCH6803中完整光合蛋白复合体中的生物活性库。 在方案的第一部分中，仔细制备全细胞和类囊体膜，其中通过电感耦合等离子体三重四极杆质谱（ICP-MS / MS）测量总金属浓度。 在该方案的第二部分，分离的类囊体被溶解以释放完整的膜蛋白和金属结合蛋白复合物。 将这些完整的光合蛋白复合物进行尺寸排阻色谱（SEC），并通过ICP-MS / MS进行连接分析尺寸分离的复合物中的金属结合。
【背景】氧光合作用的过程需要金属，因为它们在光合电子传递链中作为辅因子和催化剂的基本功能。光合装置需要Fe-S簇，血红素桥Fe和非血红素Fe形式的铁（Fe），可溶性移动电子载体蛋白质质体蓝素中的铜（Cu），叶绿素中的镁（Mg）， ...
|
|
|
| Laminarin Quantification in Microalgae with Enzymes from Marine Microbes
|
|
Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] The marine beta-glucan laminarin is an abundant storage polysaccharide in microalgae. High production rates and rapid digestion by heterotrophic bacteria turn laminarin into an ideal carbon and energy source, and it is therefore a key player in the marine carbon cycle. As a main storage glucan laminarin also plays a central role in the energy metabolism of the microalgae (Percival and Ross, 1951; Myklestad, 1974; Painter, 1983). We take advantage of enzymes that digest laminarin selectively and can thereby quantify only this polysaccharide in environmental samples. These enzymes hydrolyze laminarin into glucose and oligosaccharides, which are measured with a standard reducing sugar assay to obtain the laminarin concentration. Prior to this assay, the three enzymes need to be produced via ...
[摘要] 海洋β-葡聚糖昆布多糖是微藻中丰富的储存多糖。高生产率和异养细菌的快速消化将昆布多糖转化为理想的碳源和能源，因此它是海洋碳循环的关键参与者。作为主要的储存葡聚糖昆布多糖也在微藻的能量代谢中发挥核心作用（Percival and Ross，1951; Myklestad，1974; Painter，1983）。我们利用可以选择性消化昆布多糖的酶，从而可以对环境样品中的这种多糖进行定量。这些酶将昆布多糖水解成葡萄糖和寡糖，用标准的还原糖测定法测定得到昆布多糖浓度。在此测定之前，需要通过异源表达和纯化产生三种酶。该测定可用于监测环境微藻中的昆布多糖浓度，其通过过滤从海水中浓缩，或用来自藻类实验室培养物的样品中浓缩。
【背景】海洋多糖在海洋碳循环中起着重要作用，是浮游植物生理学的重要组成部分，但受到严重影响。几十年来，农业食品工业一直使用基于酶分析的即用试剂盒来分析各种不同的多糖（Whitaker，1974）。这些快速，稳健和特异性的基于酶的方法评估源自陆地植物即淀粉的多糖，因为它们广泛用于食品，饲料和其他工业应用中（Brunt等人， ，1998）。然而，海洋多糖的类似测定仍然缺乏。受到使用酶在藻类中进行多糖定量的想法的启发，我们开发了一种基于酶的方法来量化在硅藻和其他微藻中生态相关的β-葡聚糖昆布氨酸，也称为菊科金刚烷。
这种应用的三种糖苷水解酶（GH）来自福尔摩沙（Formosa）。并且它们的特征如下：FbGH30是GH30家族的外切型β-1,6-葡聚糖酶，特别是水解与昆布多糖骨架连接的β-1,6-连接的葡萄糖单体分支;并且FaGH17A和FbGH17A是GH家族17的两种内作用β-1,3-葡聚糖酶，其特异性地作用于β-1,3-连接的昆布多糖主链上（Becker等人，2017年， ...
|
|
|