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Date:
2018-04-05
[Abstract] Chromochloris zofingiensis is a unicellular green alga that is an emerging model species for studies in fields such as biofuel production, ketocarotenoid biosynthesis and metabolism. The recent availability of a high-quality genome assembly facilitates systems-level analysis, such as RNA-Seq. However, cells of this alga have a tough cell wall, which is a challenge for RNA purification. This protocol was designed specifically to breach the cell wall and isolate high-quality RNA suitable for RNA-Seq studies.
[摘要] Chromochloris zofingiensis 是一种单细胞绿藻，是生物燃料生产，酮类胡萝卜素生物合成和代谢等领域研究的新兴模式物种。 最近获得的高质量基因组组装便于系统级分析，如RNA-Seq。 然而，这种藻类的细胞具有坚韧的细胞壁，这对于RNA纯化来说是一个挑战。 该方案专门设计用于破坏细胞壁并分离适合RNA-Seq研究的高质量RNA。
【背景】Chromochloris zofingiensis 是一种来自叶绿体谱系的小型单细胞绿藻（Dönz，1934）。此前，该物种在文献中已被描述为属于Muriella ，小球藻和 Mychonastes （Fučíková和Lewis，2012）。 C中有强烈的经济利益。因为它能够生产大量用于生物燃料的脂质，并且显示有望成为具有商业价值的营养制品虾青素的来源（Breuer等人，2012; Mulders等人。，2014; Liu et。，2016）。最近，发布了高质量的染色体水平的基因组组装和附带的注释，这有助于系统水平分析，如RNA-Seq（Roth等人，2017）。以下方案被设计为从液体培养物中产生高度纯化的总RNA，包括miRNA。 zofingiensis 适合RNA-Seq。 ℃。 zofingiensis 细胞受坚固细胞壁的保护，该细胞壁被设计为穿透。该方案的起始材料可以高达2.5×10 ...
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