| Isolation of Phages Infecting Marinomonas mediterranea by an Enrichment Protocol
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] This protocol describes the isolation of lytic phages infecting the marine bacterium Marinomonas mediterranea from samples of seawater, sand, and seagrass from Posidonia oceanica meadows. It includes the collection of samples, the enrichment method and the isolation and purification of the phages using double layer agar plates. Although the method has been optimized for M. mediterranea, it might be used in the isolation of phages infecting other Marinomonas species and marine bacteria.
[摘要] 该协议描述了从 Posidonia oceanica 草甸的海水，沙子和海草样品中分离感染海洋细菌 Marinomonas mediterranea 的裂解噬菌体。 它包括样品的收集，富集方法以及使用双层琼脂平板分离和纯化噬菌体。 虽然该方法已针对 M进行了优化。 地中海，它可能用于分离感染其他 Marinomonas 物种和海洋细菌的噬菌体。
【背景】CRISPR-Cas系统通过获取侵入性元件的核酸的短片段（间隔物），在原核生物中提供针对遗传感染的适应性免疫。这些“感染的分子记忆”用于产生指导RNA，其在新的感染发生时将Cas核酸酶靶向病原体。间隔区直接存储在宿主的基因组中，散布在CRISPR阵列的定向重复序列之间。对原核基因组以及宏基因组数据集中间隔序列库的分析突出了大量未发现的遗传病原体，这些病原体是CRISPR-Cas系统的靶标（Shmakov et al。，2017） 。感染感兴趣的微生物的噬菌体的分离可以提供对自然环境中CRISPR-Cas系统的作用机制的重要见解。
在这项工作中，我们提供了一种简单而廉价的方法，用于从该微生物的自然环境中分离感染模型细菌 Marinomonas mediterranea ...
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| Heterologous Expression and Purification of the CRISPR-Cas12a/Cpf1 Protein
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] This protocol provides step by step instructions (Figure 1) for heterologous expression of Francisella novicida Cas12a (previously known as Cpf1) in Escherichia coli. It additionally includes a protocol for high-purity purification and briefly describes how activity assays can be performed. These protocols can also be used for purification of other Cas12a homologs and the purified proteins can be used for subsequent genome editing experiments.
Figure 1. Timeline of activities for the heterologous expression and purification of Francisella novicida Cas12a (FnCas12a) from Escherichia coli
[摘要] 该协议提供了分步说明（图1），用于在大肠杆菌中异源表达新西兰弗朗西斯菌弗朗西丝菌Cas12a（以前称为Cpf1）。 它还包括一个高纯度纯化方案，并简要介绍如何进行活性测定。 这些方案也可以用于其他Cas12a同系物的纯化，并且纯化的蛋白质可以用于随后的基因组编辑实验。
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图1.从大肠杆菌 异源表达和纯化<弗朗西斯弗朗西丝菌 Cas12a（FnCas12a）的活动时间表
【背景】原核CRISPR-Cas免疫系统通过使用CRISPR RNA（crRNA）作为外源DNA或RNA的序列特异性靶向的指导来提供针对病毒和质粒的保护（van der Oost等人，2014; Marraffini ，2015）。 1类CRISPR-Cas系统（包含I型，III型和IV型）通常形成多亚基蛋白-cRNA效应复合物，而2类系统（包含II型，V型和VI型）依赖于单个crRNA-引导的效应物核酸酶用于目标干扰（Mohanraju et al。 2016年）。
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| Primary Cultures from Human GH-secreting or Clinically Non-functioning Pituitary Adenomas
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Pituitary adenomas are among the more frequent intracranial tumors usually treated with both surgical and pharmacological–based on somatostatin and dopamine agonists–approaches. Although mostly benign tumors, the occurrence of invasive behaviors is often detected resulting in poorer prognosis. The use of primary cultures from human pituitary adenomas represented a significant advancement in the knowledge of the mechanisms of their development and in the definition of the determinants of their pharmacological sensitivity. Moreover, recent studies identified also in pituitary adenomas putative tumor stem cells representing, according to the current hypothesis, the real cellular targets to eradicate most malignancies. In this protocol, we describe the procedure to establish primary cultures ...
[摘要] 垂体腺瘤是更常见的颅内肿瘤之一，通常用基于生长抑素和多巴胺激动剂手术的手术和药物治疗。 虽然多为良性肿瘤，但侵入性行为的发生常常被检测到，导致预后较差。 来自人类垂体腺瘤的原代培养物的使用代表了对其发育机制的知识以及其药理敏感性决定因素的定义方面的显着进步。 此外，最近的研究也在垂体腺瘤中发现了假定的肿瘤干细胞，根据目前的假设，它代表了根除大多数恶性肿瘤的真实细胞靶标。 在这个协议中，我们描述了从人垂体腺瘤建立原代培养的程序，以及如何选择，体外扩增和表型鉴定推定的垂体腺瘤干细胞。
【背景】垂体腺瘤是最常见的颅内肿瘤之一（高达15％），横断面研究发现每100,000名居民中约有90例发病，其中绝大多数为30岁以上的成年人。大约10％的未经选择的垂体在尸检时进行了检查（即考虑到之前未诊断为垂体疾病的受试者的垂体）（ ，Molitch，2017）。尽管通常为良性肿瘤，但垂体腺瘤的处理可因与激素分泌过多相关的临床综合征或发展以治疗抗性，高增殖率，快速复发和绒毛外侵袭为特征的侵袭行为而复杂化（Carreno等人，2017）。成年垂体干细胞的持续存在（Florio，2011）导致垂体腺瘤（以及可能的其他良性瘤形成）的发展可以源自具有干细胞特性（主要是自我更新和分化）的肿瘤细胞的亚群能力），正如已经建立的恶性固体和血液肿瘤一样。
最近的实验证据表明，癌症干细胞（CSC）范例也适用于人和小鼠垂体腺瘤（Donangelo等人，2014; ...
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