|
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] For both disease and basic science research, loss-of-function (LOF) mutations are vitally important. Herein, we provide a simple stream-lined protocol for generating LOF iPSC lines that circumvents the technical challenges of traditional gene-editing and cloning of established iPSC lines by combining the introduction of the CRISPR vector concurrently with episomal reprogramming plasmids into fibroblasts. Our experiments have produced nearly even numbers of all 3 genotypes in autosomal genes. In addition, we provide a detailed approach for maintaining and genotyping 96-well plates of iPSC clones.
[摘要] 对于疾病和基础科学研究而言，功能丧失（LOF）突变是非常重要的。 在这里，我们提供了一个简单的流线化协议来产生LOF iPSC系列，通过将CRISPR载体与附加型重编程质粒同时引入成纤维细胞，规避了传统基因编辑和已建立的iPSC系的克隆的技术挑战。 我们的实验已经产生了常染色体基因中所有3种基因型的几乎偶数。 此外，我们提供了一个详细的方法来维护和iPSC克隆的96孔板的基因分型。
【背景】CRISPR / Cas9技术允许简单且特异地针对特定基因组位置进行基因编辑。将该技术与诱导性多能干细胞（iPSC）的疾病建模和再生医学潜力相结合将继续对生物医学研究产生前所未有的影响。然而，使CRISPR / Cas9系统适应iPSC已经提出了几个挑战。在细胞系中进行基因编辑的传统方法是用表达Cas9蛋白质的质粒和指导RNA（gRNA）转染细胞，然后产生单克隆并筛选所需的遗传改变。不幸的是，iPSC不适用于单细胞克隆。已经开发了几种补充媒介和克隆方法来克服这一困难，但仍然充满昂贵的设备（低氧培养箱），困难的技术步骤（FACS分选的单个iPSC的存活）或劳动密集型方案（亚克隆）（Forsyth ，2006; Miyaoka ...
|
|
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Chemical and sedimentation procedures are used to purify virus particles. While these approaches are successful for wild-type viruses, they are often not feasible for purifying mutant viruses with assembly defects. We combined two published methods (Atasheva et al., 2013; Moller-Tank et al., 2013), to generate a protocol that uses low-speed centrifugation to purify both wildtype and mutant enveloped virus particles at high yield with minimal handling steps. This protocol has successfully been used to purify alphavirus particles for imaging and structural studies (Wang et al., 2015; Ramsey et al., 2017).
[摘要] 化学和沉淀过程用于纯化病毒颗粒。 虽然这些方法对于野生型病毒是成功的，但它们通常不能用于纯化具有装配缺陷的突变病毒。 我们结合了两种公开的方法（Atasheva等人，2013; Moller-Tank等人，2013），以生成使用低速离心纯化两种方法的方案 野生型和突变体包膜病毒颗粒，产量高，处理步骤最少。 该方案已成功用于纯化甲病毒颗粒用于成像和结构研究（Wang等人，2015; Ramsey等人，2017）。
【背景】传统上，病毒纯化基于化学沉淀（例如PEG）或密度梯度离心。离心方案包括以高速（>100,000μgx g）或通过沉淀基质如铯，Nycodenz，碘克沙醇，蔗糖，甘油或酒石酸丸粒化颗粒。在梯度沉降之后，纯化的病毒样品通常需要额外的步骤来除去梯度基质，浓缩纯化的颗粒，并且缓冲液交换成用于下游应用的稳定缓冲液。这些方法包括透析，通过离心过滤器离心或PEG沉淀。虽然这些方法会产生纯化的颗粒，但有几个缺点：（1）总产量可能很低，（2）纯化所需的时间可能延长到一周，（3）形态上不均匀的颗粒不能以相同的效率纯化，（ 4）过程中可能会损坏颗粒，以及（5）组装突变体常常不能在净化过程中存活，使得某些下游分析具有挑战性。
这里描述的协议使用温和的方法来净化包膜病毒颗粒。我们使用最小的离心力来减少对粒子的损伤，这是由于负染透射电子显微镜（TEM）中增加的形态异质性或通过TEM或传染性测定法测定的易碎粒子的全部损失而观察到的。另外，我们希望减少纯化后纯化病毒体的操作。通过合并文献中的两个方案（Atasheva等人，2013; ...
|