Real-time PCR Analysis of PAMP-induced Marker Gene Expression in Nicotiana benthamiana
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Perception of pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) often triggers various innate immune responses in plants. The transcriptional changes of defense-related genes are often used as a marker to assay PAMP-triggered plant immune response. Here we described a protocol to monitor the relative expression level of marker genes in Nicotiana benthamiana upon treatment with PAMPs. The procedure includes leaf treatment using PAMPs, total RNA isolation, cDNA synthesis, quantitative real-time PCR and data analysis. This protocol is applicable to monitor marker gene expression triggered by different PAMPs in N. benthamiana.
[摘要] 对病原体相关分子模式(PAMP)的感知经常引发植物中的各种先天免疫应答。 防御相关基因的转录变化通常用作测定PAMP触发的植物免疫应答的标记。 在这里,我们描述了一种方案,用于监测用PAMP处理的本塞姆氏烟草中的标记基因的相对表达水平。 该方法包括使用PAMP进行叶处理,总RNA分离,cDNA合成,定量实时PCR和数据分析。 该协议适用于监测 N中不同PAMP触发的标记基因表达。本塞姆氏。 【背景】病原体相关的分子模式,即PAMP,是一类源自病原体的分子,在微生物中相对保守。多个PAMP,如flg22和XEG1(Felix et al。,1999; Ma et al。,2015),已被表征,可通过植物细胞表面定位模式检测 - 识别受体(PRR),从而诱导PAMP引发的免疫(Couto和Zipfel,2016)。 PAMP触发的主要反应之一是与防御相关的制造者基因的激活(Navarro et al。,2004; Zipfel et al。,2006)。 Nicotiana benthamiana 已被广泛用作模型植物,并且对多种PAMP敏感。在 N.宾夕法尼亚,先前发现了标记基因,如 NbCYP71D20 , NbACRE31 和 NbWRKY22 ,它们在PAMP处理后迅速活化( Heese et al。,2007; Segonzac et ...
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Microarray, IPA and GSEA Analysis in Mice Models
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] This protocol details a method to analyze two tissue samples at the transcriptomic level using microarray analysis, ingenuity pathway analysis (IPA) and gene set enrichment analysis (GSEA). Methods such as these provide insight into the mechanisms underlying biological differences across two samples and thus can be applied to interrogate a variety of processes across different tissue samples, conditions, and the like. The full method detailed below can be applied to determine the effects of muscle-specific Notch1 activation in the mdx mouse model and to analyze previously published microarray data of human liposarcoma cell lines.
[摘要] 该协议详述了使用微阵列分析,独创性途径分析(IPA)和基因集富集分析(GSEA)在转录组水平分析两个组织样品的方法。 诸如此类的方法提供了对两个样品之间的生物学差异的潜在机制的洞察,因此可以应用于跨越不同组织样品,条件等询问各种过程。 下面详述的完整方法可用于确定肌肉特异性Notch1激活在 mdx 小鼠模型中的作用,并分析先前公布的人脂肪肉瘤细胞系的微阵列数据。
【背景】各种细胞类型的转录组学分析对于阐明细胞的功能元件至关重要,可以深入了解细胞特异性特征,并可突出与不同发育或疾病阶段相关的变化(Wang et al。,2009) 。虽然RNA测序变得越来越流行,但分析的相对成本和时间可能是一种负担。因此,微阵列分析是比较各种mRNA样品之间相对基因表达水平的替代工具(Read et al。,2001)。微阵列通常用于研究与疾病状态相关的变化,其疾病状态的基因表达模式可以被推断或已经被定义(Amaratunga et al。,2007)。 Ingenuity途径分析(IPA,QIAGEN)通常与大规模组学数据结合使用,并提供有关不同样本可能显着改变的途径,基因和其他特征的信息。基因集富集分析(GSEA)使用与各种疾病或途径相关的先验的基因集和特征,以便为感兴趣的样品提供生物学应用。
Bi及其同事使用下述方法来理解Notch信号传导在肌肉再生和脂肪肉瘤中的作用,脂肪肉瘤是一种常见的软组织癌类型(Bi ...
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Phenol-based Extraction of RNA from Chlamydomonas reinhardtii
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Date:
2018-07-05
[Abstract] RNA extraction is a basic procedure in molecular biology and a wide variety of commercial kits are available. Some of these kits have been successfully used in Chlamydomonas. However, in some cases RNA quality and quantity may be dramatically reduced depending on the strains and/or the conditions where cells were grown or treated. Phenol-based protocols are the most robust methods to obtain both high quantity and quality RNA from any strain of this alga grown in any condition. Here, we describe an easy and cheap protocol using phenol but avoiding the acute toxicity of guanidine isothiocyanate present in the commercial phenol-based mixtures.
[摘要] RNA提取是分子生物学中的基本程序,并且可获得各种商业试剂盒。 其中一些试剂盒已成功用于 Chlamydomonas 。 然而,在一些情况下,取决于菌株和/或细胞生长或处理的条件,RNA质量和数量可以显着降低。 基于苯酚的方案是从任何条件下生长的这种藻类的任何菌株获得高数量和高质量RNA的最稳健的方法。 在这里,我们描述了使用苯酚的简单且廉价的方案,但避免了商业苯酚基混合物中存在的异硫氰酸胍的急性毒性。
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