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Date:
2018-03-20
[Abstract] DNA methylation is an epigenetic modification that regulates plant development (Law and Jacobsen, 2010). Whole genome bisulfite sequencing (WGBS) is a state-of-the-art method for profiling genome-wide methylation patterns with single-base resolution (Cokus et al., 2008). However, for an organism with a large genome, e.g., the 2.1 Gb genome of maize, WGBS may be very expensive. Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) has been developed in mammalian studies (Smith et al., 2009). By digesting the genome with MspI with a size selection range of approximately 40-220 bp, CG-rich regions covering only ~1% of the human genome can be specifically sequenced. However, unlike mammalian genomes, plant genomes do not exhibit clear CpG islands. Therefore ...
[摘要] DNA甲基化是调节植物发育的表观遗传修饰（Law and Jacobsen，2010）。全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）是用单碱基分辨率分析全基因组甲基化模式的最先进的方法（Cokus et al。，2008）。然而，对于具有大基因组的生物体，例如玉米的2.1Gb基因组，WGBS可能非常昂贵。代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）已经在哺乳动物研究中发展（Smith等人，2009）。通过用大小选择范围大约40-220bp的 Msp 消化基因组，可以对仅涵盖〜1％人类基因组的CG富含区域进行特异性测序。然而，与哺乳动物基因组不同，植物基因组不显示清楚的CpG岛。因此原来的RRBS协议不适用于工厂。因此，我们开发了一种计算机管道来选择特定的酶以生成感兴趣区域（ROI） - 富集的，例如，富含启动子的，减少的植物表达基因组（例如， Hsu et al。，2017）。通过用MseI消化玉米基因组并选择40-300bp片段，我们测序了大约四分之一的玉米基因组，同时保留了84.3％的启动子信息。该协议已在玉米中成功建立，可广泛应用于任何基因组。我们的计算机管道系统与RRBS文库制备方案相结合，允许进行计算分析和实验验证。
【背景】DNA甲基化是一种可遗传的表观遗传修饰，通过调节基因表达和染色质结构在动物，植物和真菌的许多发育过程中发挥重要作用（Law and ...
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