| A SsrA/NIa-based Strategy for Post-Translational Regulation of Protein Levels in Gram-negative Bacteria
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Author:
Date:
2020-07-20
[Abstract] Strategies to control the levels of key enzymes of bacterial metabolism are commonly based on the manipulation of gene of interest within the target pathway. The development of new protocols towards the manipulation of biochemical processes is still a major challenge in the field of metabolic engineering. On this background, the FENIX (functional engineering of SsrA/NIa-based flux control) system allows for the post-translational regulation of protein levels, providing both independent control of the steady-state protein amounts and inducible accumulation of target proteins. This strategy enables an extra layer of control over metabolic fluxes in bacterial cell factories (see Graphical abstract below). The protocol detailed here describes the steps needed to design FENIX-tagged ...
[摘要] [摘要 ] 控制细菌代谢关键酶水平的策略通常基于目标途径内目标基因的操纵。朝着生化过程的操纵发展新协议仍然是代谢工程领域的主要挑战。在此背景下，FENIX（基于SsrA / NIa的流量控制功能工程）系统可进行蛋白质水平的翻译后调节，既提供对稳态蛋白质量的独立控制，又可诱导焦油获得蛋白质的积累。这一战略ENABL 上课了代谢流和细菌细胞工厂控制的一个额外层（见图形抽象下文）。此处详细介绍的协议描述了设计FENIX标签的蛋白质并使系统适应几乎所有代谢通量微调途径的步骤。
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图形概要
[背景 ] 控制蛋白质生产已成为已被一个具有挑战性的问题主要是解决由操纵它的生产的不同层次的调节，如所产生的DNA水平或蛋白质的（一个或多个）的量（吴等人，2016 ; Avcilar- Kucukgoze 等人，2017）。在DNA方面，已经在几种微生物中广泛研究了转录和翻译，从而能够设计和开发大量合成电路以改善生物生产过程（Guzmán 等，1995 ； Lutz 和Bujard ，1997）。相比之下，对蛋白质水平的研究较少，主要基于RNA干扰，核糖调节剂和特定的转录调节子（Isaacs ...
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| In situ Hybridization (ISH) in Preparasitic and Parasitic Stages of the Plant-parasitic Nematode Meloidogyne spp.
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The spatio-temporal expression pattern of a gene provides important indications to better understand its biological function. In situ hybridization (ISH) uses a labeled complementary single-stranded RNA or DNA probe to localize gene transcripts in a whole organism, a whole organ or a section of tissue. We adapted the ISH technique to the plant parasite Meloidogyne spp. (root-knot nematode) to visualize RNAs both in free-living preparasitic juveniles and in parasitic stages settled in the plant tissues. We describe each step of the probe synthesis, digoxigenin (DIG) labeling, nematode extraction from plant tissue, and ISH procedure.
[摘要] 基因的时空表达模式为更好地理解其生物学功能提供了重要的指示。 原位杂交（ISH）使用标记的互补单链RNA或DNA探针来定位整个生物体，整个器官或一部分组织中的基因转录物。 我们将ISH技术应用于植物寄生虫
【背景】到目前为止，植物寄生性线虫的稳定转化尚未成功。 ISH能够在整个装载的Meloidogyne spp中分析体内时空基因表达。线虫。这些根结线虫在土壤中以微小蚓状幼虫（J2）形式孵化并感染宿主植物根部。 J2s穿透根部并迁移到根部维管柱状细胞。幼虫定居在根部，发育成J3和J4寄生幼鱼，诱导分化专化饲养细胞。线虫最终发育成梨形雌性，将在根表面释放数百个卵。在这里，我们报告了一个详细的协议来检测准备性整体安装J2s和寄生阶段中的单个RNA分子。寄生虫阶段的ISH需要在感染根部提取线虫前一天采取额外的程序。我们描述了在线虫整个组织中使用地高辛（DIG）标记的cDNA探针检测转录物。
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