| Site-specific DNA Mapping of Protein Binding Orientation Using Azidophenacyl Bromide (APB)
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Author:
Date:
2020-06-20
[Abstract] The orientation of a DNA-binding protein bound on DNA is determinative in directing the assembly of other associated proteins in the complex for enzymatic action. As an example, in a replisome, the orientation of the DNA helicase at the replication fork directs the assembly of the other associated replisome proteins. We have recently determined the orientation of Saccharalobus solfataricus (Sso) Minichromosome maintenance (MCM) helicase at a DNA fork utilizing a site-specific DNA cleavage and mapping assay. Here, we describe a detailed protocol for site-specific DNA footprinting using 4-azidophenacyl bromide (APB). This method provides a straightforward, biochemical method to reveal the DNA binding orientation of SsoMCM helicase and can be applied to other DNA binding ...
[摘要] [摘要 ] 结合在DNA上的DNA结合蛋白的方向决定了复合物中其他相关蛋白的组装，以进行有意的作用。例如，在复制体中，复制叉处的DNA解旋酶的方向指导我们最近通过定点DNA切割和作图分析确定了DNA叉处的Saccharalobus solfataricus （Sso ）微型染色体维持（MCM）解旋酶的方向。 使用4-叠氮苯甲酰溴（APB）进行位点特异性DNA足迹的详细协议。此方法提供了一种直接的生化方法来揭示Sso MCM解旋酶的DNA结合方向，并可应用于其他DNA结合蛋白。
[背景 ] DNA复制是其中基因组双链体链分离成两个模板链中，超前和滞后strands.This功能是通过在生命。如同其他环状六聚体的解旋酶结构域的所有的环状六聚体解旋酶的处理，从理论上讲，这些结构域中的任何一个都可以在易位期间朝向复制叉，并且与已知的3'-5 MCM包含两个结构域； N端结构域（NTD）和C端结构域（CTD）。' 易位directionality.T 他MCM解旋酶负载到DNA起源作为具有面向易位期间解旋酶的每个other.The取向管畸形双六聚体确定两个六聚体是否彼此或旁路彼此活性unwinding.Our最近的一篇论文中离解远表明Saccharolobus solfataricus （Sso MCM ）通过NTD引导DNA解链（Perera和Trakselis ...
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| Dual-sided Voltage-sensitive Dye Imaging of Leech Ganglia
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] In this protocol, we introduce an effective method for voltage-sensitive dye (VSD) loading and imaging of leech ganglia as used in Tomina and Wagenaar (2017). Dissection and dye loading procedures are the most critical steps toward successful whole-ganglion VSD imaging. The former entails the removal of the sheath that covers neurons in the segmental ganglion of the leech, which is required for successful dye loading. The latter entails gently flowing a new generation VSD, VF2.1(OMe).H, onto both sides of the ganglion simultaneously using a pair of peristaltic pumps. We expect the described techniques to translate broadly to wide-field VSD imaging in other thin and relatively transparent nervous systems.
[摘要] 在这个协议中，我们介绍了一种有效的方法，用于Tomina和Wagenaar（2017）中使用的电压敏感染料（VSD）加载和水蛭神经节成像。 解剖和染料加载程序是成功完成全神经节VSD成像的关键步骤。 前者需要去除覆盖水蛭节段神经节神经元的鞘，这是成功染料加载所需的。 后者需要使用一对蠕动泵同时轻柔地将新一代VSD VF2.1（OMe）.H流入神经节的两侧。 我们期望所描述的技术广泛地转化为其他薄且相对透明的神经系统中的宽视场VSD成像。
【背景】双面显微镜是一种宽视野荧光成像系统，由一对精确对准的显微镜组成，用于观察来自对面的神经元制剂并且一次显示不同的焦平面（Tomina and Wagenaar，2017）。通过将该光学系统与新一代电压敏感染料（VSD），VoltageFluor（Miller等人，2012; Woodford等人，2015），荧光可以同时从不同深度的神经元捕获编码具有高保真度膜电压的信号。我们将这种泛神经元记录系统应用于药用水蛭的神经系统，我们利用电生理学方法诱发虚构行为并定量控制可识别神经元的膜电位（Tomina and ...
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