| Maintenance of Schmidtea mediterranea in the Laboratory
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] In the last years, planarians have emerged as a unique model animal for studying regeneration and stem cells biology. Although their remarkable regenerative abilities are known for a long time, only recently the molecular tools to understand the biology of planarian stem cells and the fundamentals of their regenerative process have been established. This boost is due to the availability of a sequenced genome and the development of new technologies, such as interference RNA and next-generation sequencing, which facilitate studies of planarian regeneration at the molecular and genetic level. For these reasons, maintain a healthy and stable planarian population in the laboratory is essential to perform reproducible experiments. Here we detail the protocol used in our laboratory to maintain ...
[摘要] 在过去的几年中，涡虫已成为研究再生和干细胞生物学的独特模型动物。 虽然它们具有显着的再生能力，但很长一段时间以来，人们已经建立了理解涡虫干细胞生物学及其再生过程基础的分子工具。 这种推动是由于测序基因组的可用性以及干扰RNA和新一代测序等新技术的发展，这些技术促进了分子和基因水平的涡虫再生研究。 由于这些原因，在实验室中保持健康稳定的涡虫种群对于进行可重复的实验至关重要。 在这里，我们详细介绍了我们实验室使用的协议，以维护最广泛作为模型的涡虫种类 Schmidtea mediterranea 。
【背景】涡虫是双侧对称的扁形动物，是超级寄主lophotroczoa的成员。有陆地，海洋和淡水涡虫。它们主要捕食受伤的昆虫，昆虫幼虫和其他无脊椎动物。涡虫是缺乏循环系统，骨骼系统和呼吸系统的三倍体和动脉粥样硬化动物（图1A）。这些动物在几天内截肢后具有恢复身体任何缺失部位的惊人能力（Reddien和Alvarado，2004; Salo，2006）;并根据环境条件和食物供应情况进行生长和驯化（Baguñá和Romero，1981）。这些特征是由于存在成体干细胞群 - 称为新生细胞 - 能够产生任何涡虫细胞类型（Reddien和Alvarado，2004; Salo，2006）。涡虫的高再生能力，具有独特的全能干细胞系统，为研究细胞更新，再生和干细胞调节提供了理想的模型。 ...
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| Fabrication and Use of the Dual-Flow-RootChip for the Imaging of Arabidopsis Roots in Asymmetric Microenvironments
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] This protocol provides a detailed description of how to fabricate and use the dual-flow-RootChip (dfRootChip), a novel microfluidic platform for investigating root nutrition, root-microbe interactions and signaling and development in controlled asymmetric conditions. The dfRootChip was developed primarily to investigate how plants roots interact with their environment by simulating environmental heterogeneity. The goal of this protocol is to provide a detailed resource for researchers in the biological sciences wishing to employ the dfRootChip in particular, or microfluidic devices in general, in their laboratory.
[摘要] 该协议提供了如何制造和使用双流RootChip（dfRootChip）的详细描述，这是一种新型微流体平台，用于研究根管营养，根 - 微生物相互作用以及受控不对称条件下的信号传导和发育。 dfRootChip的开发主要是为了研究植物根系如何通过模拟环境异质性与环境相互作用。 该协议的目标是为希望在其实验室中特别使用dfRootChip或一般微流体装置的生物科学研究人员提供详细资源。
【背景】地下条件是高度异质和动态的，因此植物根部暴露于各种刺激，因此必须适应这种复杂的环境。尽管这些发展适应的重要性，但潜在的机制仍有待阐明。微流体装置已被证明可用于在受控的微环境中培养标本，并有助于从亚细胞到有机物水平的动态过程的实时成像（Crane 等人，，2010）。由于微流体可以以受控方式操纵小流体体积，以高通量进行实验，提取定量信息并进行延时测量，微流体装置已经进入了有机体研究。对于模式植物拟南芥，已经开发了一系列微流体装置，能够在根发育过程中监测基因表达（Busch et al。，2012），信号事件（Keinath et al。，2015）和基于传感器的营养摄取成像（Grossmann et al。，2011; Lanquar et al。， 2014）。此外，使用微流体平台的最新进展包括高分辨率表型分析（Jiang et al。，2014; Xing ...
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| α-Synuclein Aggregation Monitored by Thioflavin T Fluorescence Assay
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Studying the aggregation of amyloid proteins like α-synuclein in vitro is a convenient and popular tool to gain kinetic insights into aggregation as well as to study factors (e.g., aggregation inhibitors) that influence it. These aggregation assays typically make use of the fluorescence dye Thioflavin T as a sensitive fluorescence reporter of amyloid fibril formation and are conducted in a plate-reader-based format, permitting the simultaneous screening of multiple samples and conditions. However, aggregation assays are generally prone to poor reproducibility due to the stochastic nature of fibril nucleation and the multiplicity of modulating factors. Here we present a simple and reproducible protocol to study the aggregation of α-synuclein in a plate-reader based assay.
[摘要] 研究淀粉样蛋白如α-突触核蛋白体外聚集是一种方便和流行的工具，可以获得聚集的动力学见解以及研究因子（例如，聚集抑制剂） 影响它。 这些聚集测定通常利用荧光染料硫磺素T作为淀粉样蛋白原纤维形成的敏感荧光报告物，并且以基于读板器的形式进行，允许同时筛选多个样品和条件。 然而，由于原纤维成核的随机性质和调节因子的多样性，聚集测定通常倾向于较差的再现性。 在这里，我们提出了一个简单和可重复的协议，以研究基于读板器的测定中α-突触核蛋白的聚集。
【背景】内源性蛋白质与淀粉样原纤维的聚集是一种致病过程，与几种疾病相关，例如，神经退行性疾病如阿尔茨海默病（AD）或帕金森病（PD）以及全身性疾病如AL淀粉样变性（ Knowles et al。，2014）。通过基于硫磺素T荧光的聚集测定，可以在基于板读者的装置中在体外中概括该过程，从而允许根据各种影响因素研究淀粉样蛋白的聚集动力学。
硫磺素T（ThT）是一种荧光染料，最初用于组织学样本中的淀粉样蛋白原纤维染色，于1959年由Vassar和Culling（Vassar和Culling，1959），其在体外检测和定量淀粉样纤维的应用
目前，硫代黄素T的聚集测定主要在荧光板读数器中进行，其中例如，96条件可以同时测试。由于原纤维成核的随机性质和影响蛋白质聚集的多种因素，这些测定法具有较差的重现性。因此，已经采用了增加ThT测定的再现性的策略，例如在测量期间使用井板的轨道摇动以及向孔中添加玻璃珠以改善混合（Giehm和Otzen，2010）。 ...
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