| Dual Fluorescence Cytometry Assay to Assess Cellular Protein Levels
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Author:
Date:
2020-04-20
[Abstract] Expression levels of cellular proteins can be affected by various perturbations, such as genetic knockout of interactors, drug treatments or cell stress. To specifically measure the effects on protein levels post-synthesis under different experimental conditions, it is important to compensate for transcriptional and other upstream changes. Here, we provide a protocol for a dual-fluorescence flowcytometry-based assay to determine protein levels. The protein of interest is genetically linked to enhanced GFP (eGFP) followed by a viral 2A self-cleaving peptide sequence and mCherry. As a result, translation of the reporter construct leads to two fluorescent protein products from the same mRNA template, which enables unambiguous protein expression analysis with normalization across samples.
[摘要] [摘要 ] 表达水平的细胞蛋白质可受各种扰动，如基因敲除交互件，药物治疗小号或细胞压力。具体测量对蛋白质水平合成后在不同的实验条件，重要的是要补偿对于转录等上游的变化在这里，我们提供了一个协议为双- 荧光流。流式细胞仪为基础的检测，以确定蛋白质水平目的蛋白是遗传关联增强GFP（EGFP 其次是病毒2A自身切割肽）序列和mCherry结果，报告子构建体的翻译会导致来自同一mRNA模板的两个荧光蛋白产物，这使得能够进行明确的蛋白表达分析，并对整个样品进行归一化处理。
背景 ] 合成和维护的Cellu 拉尔在p- Roteins取决于多进程，从转录调节，处理和降解mRNA中翻译，折叠，本地化，翻译后修饰和蛋白质降解（沃格尔而且马科特，2012） 。具体研究的。在蛋白水平合成后的细胞扰动的影响，这一点很重要，以弥补变异上游步骤蛋白表达在这里，我们提供了一个协议的双- 荧光流术为基础的检测，以确定蛋白质水平处于稳定状态如前所述（Itakura 等人，2016; Chitwood 等人，2018; Ngo 等人，2019）。目的蛋白在基因上与增强的GFP（eGFP ）融合，随后是病毒2A自切割肽序列和一个第二种荧光蛋白，mCherry （图1），由于在2A s时核糖体跳过了肽键，融合构建体的翻译产生了两种蛋白质产物，其比例为1：1。ite：与eGFP 和mCherry ...
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| Adapting the Smart-seq2 Protocol for Robust Single Worm RNA-seq
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Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Most nematodes are small worms that lack enough RNA for regular RNA-seq protocols without pooling hundred to thousand of individuals. We have adapted the Smart-seq2 protocol in order to sequence the transcriptome of an individual worm. While developed for individual Steinernema carpocapsae and Caenorhabditis elegans larvae as well as embryos, the protocol should be adaptable for other nematode species and small invertebrates. In addition, we describe how to analyze the RNA-seq results using the Galaxy online environment. We expect that this method will be useful for the studying gene expression variances of individual nematodes in wild type and mutant backgrounds.
[摘要] 大多数线虫是小蠕虫，缺乏足够的RNA用于常规的RNA-seq协议，而没有汇集成千上万的个体。 我们已经调整了Smart-seq2协议来排序单个蠕虫的转录组。 虽然针对Steinernema carpocapsae和Caenorhabditis elegans幼虫以及胚胎开发，但该方案应该适用于其他线虫物种和小无脊椎动物。 另外，我们介绍如何使用Galaxy在线环境分析RNA-seq结果。 我们预计这种方法将有助于研究野生型和突变体背景个体线虫的基因表达差异。
【背景】低输入RNA-seq方案和扩增试剂盒，例如Smart-seq（Takara Bio，USA，Inc）和SuperAmp（Miltenyl Biotec，Inc），已经越来越多地开发和商业化，作为对低输入RNA-基于小组织，单一微生物和单细胞的seq研究。这些研究经常探索并解决特定群体（例如细胞群体，复杂组织或微生物群体）的个体中的异源基因表达。针对微生物（如线虫）的低输入RNA-seq方案的改进和适应将通过允许在单一线虫水平上分析基因表达异质性而极大地有益于线虫领域。在这里，我们已经调整了单细胞RNA-seq方案Smart-seq2（Picelli等人，2013和2014; Trombetta等人，2014），对于单线虫RNA测序。我们成功地在昆虫寄生线虫Steinernema ...
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