| Generation, Analyzing and in-vivo Drug Treatment of Drosophila Models with IBMPFD
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Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract] Missense mutations of p97/cdc48/Valosin-containing protein (VCP) cause inclusion body myopathy, Paget disease with frontotemporal dementia (IBMPFD) and other neurodegenerative diseases. The pathological mechanism of IBMPFD is not clear and there is no treatment. We generated Drosophila models of IBMPFD in adult flight muscle in vivo. Here we describe a variety of assays to characterize disease pathology and dissect disease mechanism, and the consequences of in vivo feeding of VCP inhibitors.
[摘要] [ 摘要] p97 / cdc48 / Valosin 含蛋白（VCP）的错义突变导致包涵体肌病，额颞叶痴呆的Paget病（IBMPFD）和其他神经退行性疾病。IBMPFD的病理机制尚不清楚，也没有治疗方法。我们生成了在成人体内飞行肌肉中IBMPFD的果蝇模型。在这里，我们描述了各种测定方法，以表征疾病病理和解剖疾病机制，以及体内VCP抑制剂的喂养后果。
[ 背景] VCP / p97 突变导致包涵体肌病，骨骼的Paget病和额颞叶性痴呆（IBMPFD），这是以常染色体显性方式在包括脑，肌肉和骨骼在内的多个系统中退化的疾病（Watts 等人，2004年） ）。VCP的突变还与1-2％的散发性肌萎缩性侧索硬化症（ALS）以及遗传性痉挛性截瘫和Charcot-Marie-Tooth 2神经病有关（Abramzon 等，2012； de Bot 等，2012； Gonzalez 等，2014）。R155H突变是患者中最常见的突变，而具有A232E突变的个体具有最严重的临床表现（Kimonis 等，2008a； Ritson 等，2010）。90％的IBMPFD患者出现肌病，这是最早的症状（Weihl 等，2009）。50％的患者会发展成佩吉特氏骨病，影响头骨，脊柱，臀部和长骨。三分之一的患者发生额颞叶痴呆（Kimonis 等，2008b； Weihl ...
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| An Improved Method for Measuring Chromatin-binding Dynamics Using Time-dependent Formaldehyde Crosslinking
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Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Formaldehyde crosslinking is widely used in combination with chromatin immunoprecipitation (ChIP) to measure the locations along DNA and relative levels of transcription factor (TF)-DNA interactions in vivo. However, the measurements that are typically made do not provide unambiguous information about the dynamic properties of these interactions. We have developed a method to estimate binding kinetic parameters from time-dependent formaldehyde crosslinking data, called crosslinking kinetics (CLK) analysis. Cultures of yeast cells are crosslinked with formaldehyde for various periods of time, yielding the relative ChIP signal at particular loci. We fit the data using the mass-action CLK model to extract kinetic parameters of the TF-chromatin interaction, including the on- and ...
[摘要] 甲醛交联广泛用于与染色质免疫沉淀（ChIP）相结合来测量沿着DNA的相对位置以及转录因子（TF）-DNA相互作用的体内相对水平。但是，通常所做的测量不能提供关于这些交互的动态属性的明确信息。我们已经开发了一种方法来评估来自时间依赖性甲醛交联数据的结合动力学参数，称为交联动力学（CLK）分析。酵母细胞的培养物与甲醛交联不同的时间段，在特定位点产生相对的ChIP信号。我们使用质量作用CLK模型来拟合数据，以提取TF-染色质相互作用的动力学参数，包括开关速率和交联速率。从停车费和停车费中我们可以获得停车和停车时间。以下方案是该方法的第二次迭代，CLKv2，更新了改进的交联和淬火条件，更多关于交联速率的信息以及对观察到的动力学模型建模的系统程序。已应用CLKv2分析来研究TATA结合蛋白（TBP）和其他TF的选定子集的结合行为。该协议使用酵母细胞开发，但也可适用于来自其他生物体的细胞。
【背景】转录起始是一个复杂的过程，涉及染色质化启动子上数十种蛋白的协作和协调相互作用（Kim等人，2005; Encode Consortium，2012; Rhee等人， ，2012; Dowen等人，2014年）。许多研究已经研究了体外核心转录机器的组装和调控（Zawel和Reinberg，1992; Conaway和Conaway，1993; Roeder，1996; ...
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