| Stable-isotope Labeled Metabolic Analysis in Drosophila melanogaster: From Experimental Setup to Data Analysis
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Stable-isotope labeled metabolic analysis is an essential methodology to characterize metabolic regulation during biological processes. However, the method using stable-isotope-labeled tracer (e.g., 13C-glucose) in live animal is only beginning to be developed. Here, we contribute a qualitative metabolic labeling experiment protocol in Drosophila melanogaster using stable-isotope-labeled 13C-glucose tracer followed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) analysis. Detailed experimental setup, data acquisition and analysis are provided to facilitate the application of in vivo metabolic labeling analysis that might be applied in a wide range of biological studies.
[摘要] 稳定同位素标记的代谢分析是表征生物过程中代谢调节的基本方法。 然而，在活体动物中使用稳定同位素标记的示踪剂（例如， 13 C-葡萄糖）的方法才刚刚开始开发。 在这里，我们使用稳定同位素标记的 13 C-葡萄糖示踪剂，然后通过液相色谱 - 质谱（LC-MS）在 Drosophila melanogaster 中提供定性代谢标记实验方案。 分析。 提供详细的实验设置，数据采集和分析以促进体内代谢标记分析的应用，其可以应用于广泛的生物学研究中。
【背景】代谢组学是一项新兴的omic-level研究，旨在研究复杂生物系统中的小分子代谢物。它已被应用于与人类健康和疾病有关的各种研究领域，例如生物标志物发现，疾病发病机理和药物毒性评估。代谢物的测量对于确定响应内源和外源变化的代谢途径的改变是重要的。为了准确表征代谢途径活动，已使用同位素标记的示踪剂（例如， 13 C和 15 N）（Park et al。，2016; Jang et al。，2018）。在培养的细胞中有许多这样的研究（定量和定性）（Buescher et al。，2015; Liu et al。，2018），然而，基于稳定同位素的研究活体动物的代谢标记实验在很大程度上尚未开发。在目前的方案中，我们描述了使用标记的 13 ...
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| Extraction and Analysis of Pan-metabolome Polar Metabolites by Ultra Performance Liquid Chromatography–Tandem Mass Spectrometry (UPLC-MS/MS)
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Modern triple quadrupole mass spectrometers provide the ability to detect and quantify a large number of metabolites using tandem mass spectrometry (MS/MS). Liquid chromatography (LC) is advantageous, as it does not require derivatization procedures and a large diversity in physiochemical characteristics of analytes can be accommodated through a variety of column chemistries. Recently, the comprehensive optimization of LC-MS metabolomics using design of experiments (COLMeD) approach has been described and used by our group to develop robust LC-MS workflows (Rhoades and Weljie, 2016). The optimized LC-MS/MS method described here has been utilized extensively for metabolomics analysis of polar metabolites. Typically, tissue or biofluid samples are extracted using a modified Bligh-Dyer ...
[摘要] 现代三重四极杆质谱仪提供检测和定量大量使用串联质谱（MS / MS）的代谢物的能力。液相色谱（LC）是有利的，因为它不需要大量的生理化学特性。近日，采用的实验（Colmed）的方式设计LC-MS代谢组的全面优化已经被描述和使用我们集团发展稳健的LC-MS工作流程（罗兹和Weljie，2016）。优化的LC-MS / MS方法已被广泛应用于极性代谢物的代谢组学分析。典型地，组织或生物流体样品使用经修饰的Bligh-Dyer的协议萃取（Bligh和Dyer的，1959; Tambellini 等人，2013年）。在此描述的方案使用靶向极性代谢物从通过超高效液相色谱 - 串联质谱法（UPLC-MS / MS）的组织和生物流体多反应监测（MRM）描述的工作流程。此工作流已被广泛用于chronometabolic分析（Krishnaiah 等人，第二千〇十七）中，用推广到其他类型的分析，以及应用程序（森古普塔等人 2017。 Sivanand等人，2017）。
【背景】质谱（MS）和核磁共振（NMR）（Liu和Locasale，2017）。虽然核磁共振和质谱是代谢组学的重要工具，但质谱可以更灵敏地分析样品（Liu and Locasale，2017）。在质谱法中，有多种方法可用，但是需要快速方法来描述全球代谢组学（Lv et ...
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