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Date:
2018-02-05
[Abstract] Nucleosomes organize the eukaryotic genome into chromatin. In cells, nucleosome assembly relies on the activity of histone chaperones, proteins with high binding affinity to histones. At least a subset of histone chaperones promotes histone deposition in vivo. However, it has been challenging to characterize this activity, due to the lack of quantitative assays.
Here we developed a quantitative nucleosome assembly (NAQ) assay to measure the amount of nucleosome formation in vitro. This assay relies on a Micrococcal nuclease (MNase) digestion step that yields DNA fragments protected by the deposited histone proteins. A subsequent run on the Bioanalyzer machine allows the accurate quantification of the fragments (length and amount), relative to a loading ...
[摘要] 核小体将真核生物基因组组装成染色质。在细胞中，核小体装配依赖于组蛋白分子伴侣的活性，对组蛋白具有高结合亲和力的蛋白。至少有一部分组蛋白伴侣促进组蛋白在体内的沉积。然而，由于缺乏定量分析，鉴定这种活性一直是一个挑战。
在这里，我们开发了一种定量核小体装配（NAQ）测定来测量体外核小体形成的量。该测定依赖于微球菌核酸酶（MNase）。随后在生物分析仪上运行，可以准确量化相对于加样对照的片段（长度和数量）。这使我们能够测量约150bp的DNA长度。该测定最终实现了不同组蛋白分子伴侣的核小体装配活性的表征，这是理解这些蛋白体内功能作用的一个步骤。
【背景】真核生物基因组被组织成核小体。核小体是由组蛋白八聚体核心组成的模块化和动态结构，由147bp的DNA包裹（Luger等人，1997）。核小体组装始于一个（H3-H4）2四聚体沉积到DNA上以形成四体体。随后的H2A-H2B二聚体结合形成六聚体，最后形成核小体。组蛋白高度带电，因为它们以生理盐浓度存在于组蛋白二聚体中。由于它们的作用，组蛋白需要分子伴侣将它们从细胞质穿梭到细胞核，然后辅助它们沉积到DNA上或从DNA上去除（Gurard-Levin等人，2014）。
组蛋白分子伴侣分组在结构上不相关的蛋白质家族中，所有这些蛋白质的特征在于对组蛋白的高度结合亲和力（Laskey等，1978）。通过这种方式，他们屏蔽了组蛋白的电荷，阻止了与DNA和其他细胞因子的非特异性相互作用（Elsässerand ...
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