| Giant Mimiviridae CsCl Purification Protocol
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] While different giant viruses’ purification protocols are available, they are not fully described and they use sucrose gradient that does not reach an equilibrium. Here, we report a protocol for the purification of members of the Mimiviridae family virions resulting from Acanthamoeaba castellanii infections. Viruses are harvested after cell lysis and purified through a high density CsCl gradient to optimize the isolation of the virus from the cell debris or other potential contaminants. Due to the large size of the virion capsids, reaching half a micrometer diameter, the quality of the process can be monitored by light microscopy. The resulting purified particles can then be used to perform new infections, DNA extraction, structural studies, sugar composition ...
[摘要] [摘要]虽然有不同的巨型病毒纯化方案，但它们并没有被完全描述，它们使用的蔗糖梯度不能达到平衡。在这里，我们报告了一个方案，用于纯化由棘球绦虫感染引起的拟病毒科成员病毒。病毒在细胞裂解后收获，并通过高密度CsCl梯度进行纯化，以优化从细胞碎片或其他潜在污染物中分离病毒。由于病毒粒子衣壳尺寸大，直径可达半微米，因此可以通过光学显微镜来监控工艺的质量。由此得到的纯化颗粒可用于进行新的感染、DNA提取、结构研究、糖成分分析、亚组分鉴定或蛋白质组学实验。
[背景]Mimivirus是第一种在光学显微镜下可见的病毒，在大小和基因组复杂度上与单细胞生物重叠，这一发现开创了病毒学的新研究领域（La Scola et al.，2003；Raoult et al.，2004）。在过去的15年里，许多额外的米病毒科成员被从各种环境中分离出来，并且已经发布了几种纯化病毒离子的方案（La Scola等人，2003年；Byrne等人，2009年；Arslan等人，2011年；Philippe等人，2013年；Campos等人，2014年；Andrade等人，2017年）。开发了不同的方法，主要涉及蔗糖缓冲（Campos et al.，2014；Andrade et al.，2017）或蔗糖不连续梯度（Arslan et ...
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| Identification and Quantification of Secondary Metabolites by LC-MS from Plant-associated Pseudomonas aurantiaca and Pseudomonas chlororaphis
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] Increased antibiotic resistance of plants and human pathogens and continuous use of chemical fertilizers has pushed microbiologists to explore new microbial sources as potential antagonists. In this study, eight strains of Pseudomonas aurantiaca and Pseudomonas chlororaphis, have been isolated from different plant sources and screened for their antagonistic and plant growth promoting potential (Shahid et al., 2017). All strains were compared with reference strain PB-St2 and their secondary metabolites were isolated by the use of solvent partitioning and subjected to LC/ESI/MS for confirmation of compounds. The ESI-mass spectra obtained were used to characterize the surfactants ionization behavior and [M + H]+ and [M + Na]+ ions were ...
[摘要] 哺乳动物正呼吸道病毒（呼肠孤病毒）利用成孔肽穿透宿主细胞膜。 在病毒进入过程中，这一步对于提供含核心颗粒的基因组至关重要。 该协议描述了用于测量呼肠孤病毒诱导的孔形成的体外测定。
【背景】呼肠孤病毒是无包膜的双链RNA病毒，其由两个同心蛋白质壳组成：内衣壳（核心）和外衣壳（Dryden等人，1993; Zhang等人， / ，2005; Dermody et al ，2013）。在附着之后，病毒颗粒被内吞（Borsa et al。，1979; Ehrlich et al。，2004; Maginnis et al。，2006; Maginnis和宿主组织蛋白酶蛋白酶降解σ3外壳蛋白（Chang和Zweerink，1971; Silverstein等人，1972; Borsa等人，et al。 1981; Sturzenbecker等人，1987; Dermody等人，1993; Baer和Dermody，1997; Ebert等人， 2002年）。这个过程产生一个亚稳中间体，称为感染性亚病毒颗粒（ISVP），其中细胞穿透蛋白μ1被暴露（Dryden等人，1993）。呼肠孤病毒ISVPs进行第二次构象改变以将含有基因组的核心沉积到宿主细胞的细胞质中。被改变的粒子被称为ISVP *（Chandran et al。，2002）。 ISVP-to-ISVP ...
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