Liposome Flotation Assay for Studying Interactions Between Rubella Virus Particles and Lipid Membranes
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Rubella virus (RuV) is an enveloped, positive-sense single-stranded RNA virus that is pathogenic to humans. RuV binds to the target cell via the viral envelope protein E1, but the specific receptor molecules on the target cell are yet to be fully elucidated. Here, we describe a protocol for liposome flotation assay to study direct interactions between RuV particles and lipid membranes in a qualitative manner. Interactions are examined by a Nycodenz density gradient fractionation using UV-inactivated RuV particles and fluorescent-labeled liposomes consisting of pure lipids. Fractionated RuV particles are detected using standard sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) followed by Western blot analysis for viral proteins. On the Nycodenz gradient, RuV particles ...
[摘要] 风疹病毒(RuV)是一种包膜的正义单链RNA病毒,对人类具有致病性。 RuV通过病毒包膜蛋白E1与靶细胞结合,但靶细胞上的特异性受体分子尚未完全阐明。在这里,我们描述了脂质体浮选测定的方案,以定性方式研究RuV颗粒和脂质膜之间的直接相互作用。使用UV-灭活的RuV颗粒和由纯脂质组成的荧光标记的脂质体通过Nycodenz密度梯度分级检查相互作用。使用标准十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检测分级的RuV颗粒,然后对病毒蛋白进行Western印迹分析。在Nycodenz梯度上,与未结合的RuV颗粒相比,与脂质体结合的RuV颗粒转移至较低密度的部分。使用该方案,我们提供了令人信服的证据,即在中性pH下以钙依赖性方式,RuV颗粒与某些细胞类型中含有鞘磷脂(SM)和胆固醇的脂质膜结合。
【背景】 风疹病毒是“风疹”的致病因子,“风疹”是一种急性且相对轻微的全身性感染和“先天性风疹综合征”,一种导致严重出生缺陷的转胎胎儿感染(Hobman,2013)。阐明RuV进入的分子机制对于了解病毒病理学和帮助开发抗RuV药物是必不可少的。虽然以前的研究表明宿主细胞的膜脂质作为RuV受体(Mastromarino et al。,1989和1990; DuBois et ...
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Investigating Localization of Chimeric Transporter Proteins within Chloroplasts of Arabidopsis thaliana
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Date:
2018-02-05
[Abstract] In this protocol, we describe a method to design chimeric proteins for specific targeting to the inner envelope membrane (IEM) of Arabidopsis chloroplasts and the confirmation of their localization by biochemical analysis. Specific targeting to the chloroplast IEM can be achieved by fusing the protein of interest with a transit peptide and an IEM targeting signal. This protocol makes it possible to investigate the localization of chimeric proteins in chloroplasts using a small number of transgenic plants by using a modified method of chloroplast isolation and fractionation. IEM localization of chimeric proteins can be further assessed by trypsin digestion and alkaline extraction. Here, the localization of the chimeric bicarbonate transporter, designated as SbtAII, is detected by ...
[摘要] 在这个协议中,我们描述了一种设计嵌合蛋白的方法,用于特异性靶向拟南芥叶绿体的内包膜(IEM)并通过生化分析确定它们的定位。 叶绿体IEM的特异性靶向可通过将感兴趣的蛋白质与转运肽和IEM靶向信号融合来实现。 这个协议使得有可能使用少量的转基因植物,通过使用修改的叶绿体分离和分离方法来研究嵌合蛋白在叶绿体中的定位。 嵌合蛋白的IEM定位可以通过胰蛋白酶消化和碱性提取进一步评估。 在此,称为SbtAII的嵌合碳酸氢根转运蛋白的定位通过使用针对葡萄球菌蛋白A的抗体进行蛋白质印迹来检测。该方案改编自上原等人,2016年
【背景】有人提出将蓝藻CO 2浓度机制整合到叶绿体中是改善C 3+植物光合作用的有希望的方法。 根据理论估计,将BicA和SbtA整合到叶绿体IEM中可以提高光合CO 2固定率。 我们研究了核编码的蓝细菌碳酸氢盐转运蛋白BicA和SbtA与拟南芥叶绿体的IEM的整合。 因此,我们制定了一个协议,设计嵌合构造为特定目标的IEM和调查嵌合蛋白在叶绿体中的定位。
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In vitro RNA-dependent RNA Polymerase Assay Using Arabidopsis RDR6
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Date:
2018-01-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) in eukaryotes convert single-stranded RNAs into double-stranded RNAs, thereby amplifying small interfering RNAs that play crucial roles in the regulation of development, maintenance of genome integrity and antiviral immunity. Here, we describe a method of in vitro RdRP assay using recombinant Arabidopsis RDR6 prepared by an insect expression system. By using this classical biochemical assay, we revealed that RDR6 has a strong template preference for RNAs lacking a poly(A) tail. This simple method will be applicable to other RdRPs in Arabidopsis and different organisms.
[摘要] 真核生物中的RNA依赖性RNA聚合酶(RdRP)将单链RNA转化为双链RNA,从而扩增在调节发育,维持基因组完整性和抗病毒免疫方面起关键作用的小干扰RNA。 在此,我们描述了使用通过昆虫表达系统制备的重组拟南芥RDR6的体外RdRP测定的方法。 通过使用这种经典的生物化学分析,我们发现RDR6有一个强大的模板偏好RNAs缺乏poly(A)尾巴。 这个简单的方法将适用于拟南芥属和其他生物体中的其他RdRPs。
【背景】已经在所有真核生物王国 - 植物,真菌,原生动物和动物中发现RNA依赖性RNA聚合酶(RdRP)基因(Zong等人,2009)。它们将单链RNA(ssRNA)转化为双链RNA(dsRNA),从而扩增在各种生物过程中发挥关键作用的小干扰RNA(siRNA),包括调节发育(Peragine等人, ,2004; Li等人,2005),维持基因组完整性(Volpe等人,2002; Xie等人,2004年, )和抗病毒免疫性(Mourrain等人,2000; Yu等人,2003; Garcia-Ruiz等人,2010; Wang ,2010)。除了这种RdRP活性之外,RdRP还具有称为末端核苷酸转移酶(TNTase)活性的另一种酶活性(Curaba和Chen,2008; ...
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