| Optical Clearing and Index Matching of Tissue Samples for High-resolution Fluorescence Imaging Using SeeDB2
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Tissue clearing techniques are useful for large-scale three-dimensional fluorescence imaging of thick tissues. However, high-resolution imaging deep inside tissues has been challenging, as it is extremely sensitive to light scattering and spherical aberrations. Here, we present a water-based optical clearing and mounting media, SeeDB2, which is designed for high numerical aperture (NA) objective lenses with oil or glycerol immersion. Using quick and simple soaking procedures, the refractive indices of samples can be matched either to that of immersion oil (1.52) or glycerol (1.46), thus minimizing light scattering and spherical aberrations. Fine morphology and various fluorescent proteins are highly preserved during the clearing and imaging process. Our method is useful for the ...
[摘要] 组织清除技术可用于厚组织的大规模三维荧光成像。然而，高分辨率成像深层组织一直是一个挑战，因为它对光散射和球面像差极为敏感。在这里，我们提出了一种水基光学清除和安装介质SeeDB2，它是专为高数值孔径（NA）物镜和油或甘油浸泡而设计的。使用快速简单的浸泡程序，样品的折射率可以与浸油（1.52）或甘油（1.46）相匹配，从而最大限度地减少光散射和球面像差。在清理和成像过程中，高度保留了良好的形态和各种荧光蛋白。我们的方法可用于使用共聚焦和超分辨率显微镜在突触分辨率下的神经元电路的三维荧光成像。 SeeDB2也可用作荧光蛋白超分辨率成像的封固介质。
【背景】生物组织以3D组织。此外，许多重要的细胞机器，例如，例如，神经元中的突触，是亚微米级的。因此，对用于亚微米级3D成像的方法的需求不断增加。串联电子显微镜技术（例如>，FIB-SEM或SBF-SEM）很有前景，但它们无法充分利用现代生命科学中可用的基因荧光标记工具。为了利用荧光显微镜促进3D成像，近年来已经开发了许多组织清除技术（Richardson和Lichtman，2015和2017）。它们专为大规模3D成像而设计，其中一些可用于全脑，甚至是固定样品的全身尺度荧光成像，结合共焦，双光子或光片显微镜。然而，其中许多尚未针对高分辨率成像进行全面优化。
在荧光显微镜中，横向分辨率（ d >）给出如下：
d ...
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| In vitro RNA-dependent RNA Polymerase Assay Using Arabidopsis RDR6
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) in eukaryotes convert single-stranded RNAs into double-stranded RNAs, thereby amplifying small interfering RNAs that play crucial roles in the regulation of development, maintenance of genome integrity and antiviral immunity. Here, we describe a method of in vitro RdRP assay using recombinant Arabidopsis RDR6 prepared by an insect expression system. By using this classical biochemical assay, we revealed that RDR6 has a strong template preference for RNAs lacking a poly(A) tail. This simple method will be applicable to other RdRPs in Arabidopsis and different organisms.
[摘要] 真核生物中的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）将单链RNA转化为双链RNA，从而扩增在调节发育，维持基因组完整性和抗病毒免疫方面起关键作用的小干扰RNA。 在此，我们描述了使用通过昆虫表达系统制备的重组拟南芥RDR6的体外RdRP测定的方法。 通过使用这种经典的生物化学分析，我们发现RDR6有一个强大的模板偏好RNAs缺乏poly（A）尾巴。 这个简单的方法将适用于拟南芥属和其他生物体中的其他RdRPs。
【背景】已经在所有真核生物王国 - 植物，真菌，原生动物和动物中发现RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）基因（Zong等人，2009）。它们将单链RNA（ssRNA）转化为双链RNA（dsRNA），从而扩增在各种生物过程中发挥关键作用的小干扰RNA（siRNA），包括调节发育（Peragine等人， ，2004; Li等人，2005），维持基因组完整性（Volpe等人，2002; Xie等人，2004年， ）和抗病毒免疫性（Mourrain等人，2000; Yu等人，2003; Garcia-Ruiz等人，2010; Wang ，2010）。除了这种RdRP活性之外，RdRP还具有称为末端核苷酸转移酶（TNTase）活性的另一种酶活性（Curaba和Chen，2008; ...
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