| CRISPR/Cas9-mediated ssDNA Recombineering in Corynebacterium glutamicum
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Corynebacterium glutamicum is a versatile workhorse for industrial bioproduction of many kinds of chemicals and fuels, notably amino acids. Development of advanced genetic engineering tools is urgently demanded for systems metabolic engineering of C. glutamicum. Recently unveiled clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) are now revolutionizing genome editing. The CRISPR/Cas9 system from Streptococcus pyogenes that utilizes NGG as protospacer adjacent motif (PAM) and has good targeting specificity can be developed into a powerful tool for efficient and precise genome editing of C. glutamicum. In this protocol, we described the general procedure for CRISPR/Cas9-mediated ssDNA ...
[摘要] 谷氨酸棒杆菌是多种化学品和燃料，特别是氨基酸的工业生物生产的多功能工具。 迫切需要开发先进的基因工程工具用于 C的系统代谢工程。谷氨酸。 最近推出的聚集的有规律的间隔短回文重复序列（CRISPR）和它们的CRISPR相关蛋白（Cas）现在正在彻底改变基因组编辑。 来自 Streptococcus pyogenes 的CRISPR / Cas9系统利用NGG作为原型间隔区相邻基序（PAM）并具有良好的靶向特异性，可以开发成为 C的高效和精确基因组编辑的有力工具。谷氨酸。 在该方案中，我们描述了 C中CRISPR / Cas9介导的ssDNA重组工程的一般程序。谷氨酸。 可以在 C中引入小的修改。 谷氨酸染色体，编辑效率高达90％。
【背景】革兰氏阳性土壤细菌 Corynebacterium glutamicum 是用于氨基酸，生物燃料和聚合物构建模块的工业生物生产的多功能工具（Becker et al。，2016）。在 C工程的早期阶段。谷氨酸，随机诱变结合对氨基酸类似物的表型抗性的阳性选择是最常用的策略（Vertes et al。，2005）。 C中的遗传操作。谷氨酸（glutamicum）于1984年启动，并成为菌株改良的关键促成策略（Ozaki et al。，1984）。常规使用的基因破坏和插入 ...
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| Functional Evaluation of the Signal Peptides of Secreted Proteins
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] Here, we describe a method that can be used to evaluate the function of predicted signal peptides. This method utilizes the yeast Saccharomyces cerevisiae YTK12 strain and pSUC2 vector in which the pSUC2 vector with fused predicted signal peptide is transformed into yeast. The function of the signal peptides can be evaluated by using different selective media and color reaction. In this protocol, we provide the detailed description of manipulation in order to implement easily.
[摘要] 在这里，我们描述了一种可用于评估预测信号肽功能的方法。 该方法利用酵母酿酒酵母YTK12菌株和pSUC2载体，其中将具有融合的预测信号肽的pSUC2载体转化到酵母中。 信号肽的功能可以通过使用不同的选择性培养基和显色反应来评估。 在这个协议中，我们提供了操作的详细描述以便轻松实现。
【背景】微生物真核生物，如真菌和卵菌，可以分泌丰富的蛋白质来发挥各种功能。目前，从氨基酸序列预测信号肽的最广泛使用的方法是使用软件SignalP（Petersen等人，2011）。酵母YTK12菌株为转化酶阴性，pSUC2载体含有转化酶基因但缺少甲硫氨酸（Met）和信号肽序列，因此YTK12菌株和pSUC2载体广泛用于肽分泌的生物学评价（Jacobs等人 >，1997; Oh等人，2009）。此外，颜色反应可用于验证结果，因为转化酶的酶活性可以通过将2,3,5-三苯基氯化四唑（TTC）还原成不溶性红色1,3,5-三苯甲forma胺（TPF ）。尽管该方法一般用于评估信号肽的功能，但没有关于该方法的具体和详细的信息（Oh等人，2009; Song等人 >，2015）。在这里，我们描述了一种改进的高效酵母转化方法（Gietz和Schiestl，2007）和详细的方案来评估信号肽的功能，这将是分泌蛋白质研究的主要部分。
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| Bacterial Aggregation Assay in the Presence of Cyclic Lipopeptides
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Lipopeptides is an important class of biosurfactants having antimicrobial and anti-adhesive activity against pathogenic bacteria. These include surfactin, fengycin, iturin, bacillomycin, mycosubtilin, lichenysin, and pumilacidin (Arima et al., 1968; Naruse et al., 1990; Yakimov et al., 1995; Steller and Vater, 2000; Roongsawang et al., 2002; Vater et al., 2002). To date, none of these lipopeptides have been reported to possess any anti-motility activity. We isolated, purified and characterized two novel cyclic lipopeptides (CLPs) from Bacillus sp. 176 using high performance liquid chromatography, mass spectrometry and nuclear magnetic resonance spectroscopy. CLPs dramatically suppress the motility of pathogenic bacterium Vibrio ...
[摘要] 脂肽是一类重要的生物表面活性剂，对致病菌具有抗菌和抗粘连活性。这些包括表面活性肽，fengycin，伊库菌素，杆菌霉素，mycosubtilin，地衣素和pumilacidin（Arima等人，1968; Naruse等人，1990; Yakimov等人1995; Steller和Vater，2000; Roongsawang等人，2002; Vater等人，2002）。迄今为止，这些脂肽都没有被报道具有任何抗运动活性。我们从芽孢杆菌分离，纯化和鉴定了两种新的环状脂肽（CLPs）。 176使用高效液相色谱，质谱和核磁共振光谱。 CLPs极大地抑制致病性溶藻弧菌的运动，并促进细胞聚集而不诱导细胞死亡。根据Dalili所述用于抗生物膜测定的方法进行细胞聚集测定（Dalili等人，2015）。将来，该测定法可以适用于测试来自细菌的脂肽样活性物质的细胞聚集和抗生物膜活性。
【背景】过度使用广谱抗生素和随之而来的抗药性细菌的增殖刺激了开发环境友好型生物防治措施的努力，以减少健康危害和环境污染（Nam等人，2016; Sajitha >等。，2016）。近年来，生物表面活性剂的抗微生物特性已被越来越多地用于抗菌，抗真菌和抗病毒的应用（Cameotra和Makkar，2004; Singh和Cameotra，2004; Rodrigues等人 ...
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