| Nonenzymatic RNA-templated Synthesis of N3′→P5′ Phosphoramidate DNA
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] The RNA world hypothesis describes a scenario where early life forms relied on RNA to govern both inheritance and catalyze useful chemical reactions. Prior to the emergence of enzymes capable of replicating the RNA genome, a nonenzymatic replication process would have been necessary to initiate Darwinian Evolution. However, the one-pot nonenzymatic RNA chemical copying of templates with mixed-sequences is insufficient to generate strand products long enough to encode useful function. The use of alternate (RNA-like) genetic polymers may overcome hurdles associated with RNA copying, and further our understanding of nonenzymatic copying chemistry. This protocol describes the nonenzymatic copying of RNA templates into N3′→P5′ phosphoramidate DNA (3′-NP-DNA). We describe, in detail, the ...
[摘要] [摘要 ] RNA世界假说描述了一种场景，即早期生命形式依赖于RNA来控制遗传和催化有用的化学反应。在能够复制RNA基因组的酶出现之前，必须进行非酶复制过程以启动达尔文进化论。然而，具有混合序列的模板的一锅法非酶RNA化学复制不足以产生足够长的链产物以编码有用的功能。使用替代的（类似RNA的）遗传聚合物可以克服与RNA复制相关的障碍，并进一步我们对非酶复制化学的理解。该协议描述了将RNA模板非酶复制到N3'→P5' 氨基磷酸酯中的过程DNA（3'-NP-DNA）。我们详细描述了被2-氨基咪唑（3'-NH 2 -2AIpddN）活化的3'-氨基-2'，3'-二脱氧核糖核苷酸单体的合成及其在模板指导的聚合反应中的用途。
[背景 ] 的Prim itive生命形式可能包括能够复制和功能的基因组中，一空间限定的隔室中包封的（绍斯塔克等人，2001;绍斯塔克，2012;布莱恩和Szostak，2014） 。在能够复制RNA基因组的酶出现之前，非酶复制过程可能是启动达尔文进化所必需的（Szostak，2012和2017）。由于RNA具有催化重要的化学反应（例如蛋白质合成）并在现代生物学环境中充当遗传信息载体的能力，因此它是原始遗传聚合物的逻辑候选物。
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| In vitro RNA-dependent RNA Polymerase Assay Using Arabidopsis RDR6
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) in eukaryotes convert single-stranded RNAs into double-stranded RNAs, thereby amplifying small interfering RNAs that play crucial roles in the regulation of development, maintenance of genome integrity and antiviral immunity. Here, we describe a method of in vitro RdRP assay using recombinant Arabidopsis RDR6 prepared by an insect expression system. By using this classical biochemical assay, we revealed that RDR6 has a strong template preference for RNAs lacking a poly(A) tail. This simple method will be applicable to other RdRPs in Arabidopsis and different organisms.
[摘要] 真核生物中的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）将单链RNA转化为双链RNA，从而扩增在调节发育，维持基因组完整性和抗病毒免疫方面起关键作用的小干扰RNA。 在此，我们描述了使用通过昆虫表达系统制备的重组拟南芥RDR6的体外RdRP测定的方法。 通过使用这种经典的生物化学分析，我们发现RDR6有一个强大的模板偏好RNAs缺乏poly（A）尾巴。 这个简单的方法将适用于拟南芥属和其他生物体中的其他RdRPs。
【背景】已经在所有真核生物王国 - 植物，真菌，原生动物和动物中发现RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）基因（Zong等人，2009）。它们将单链RNA（ssRNA）转化为双链RNA（dsRNA），从而扩增在各种生物过程中发挥关键作用的小干扰RNA（siRNA），包括调节发育（Peragine等人， ，2004; Li等人，2005），维持基因组完整性（Volpe等人，2002; Xie等人，2004年， ）和抗病毒免疫性（Mourrain等人，2000; Yu等人，2003; Garcia-Ruiz等人，2010; Wang ，2010）。除了这种RdRP活性之外，RdRP还具有称为末端核苷酸转移酶（TNTase）活性的另一种酶活性（Curaba和Chen，2008; ...
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