| RNA Purification from the Unicellular Green Alga, Chromochloris zofingiensis
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Chromochloris zofingiensis is a unicellular green alga that is an emerging model species for studies in fields such as biofuel production, ketocarotenoid biosynthesis and metabolism. The recent availability of a high-quality genome assembly facilitates systems-level analysis, such as RNA-Seq. However, cells of this alga have a tough cell wall, which is a challenge for RNA purification. This protocol was designed specifically to breach the cell wall and isolate high-quality RNA suitable for RNA-Seq studies.
[摘要] Chromochloris zofingiensis 是一种单细胞绿藻，是生物燃料生产，酮类胡萝卜素生物合成和代谢等领域研究的新兴模式物种。 最近获得的高质量基因组组装便于系统级分析，如RNA-Seq。 然而，这种藻类的细胞具有坚韧的细胞壁，这对于RNA纯化来说是一个挑战。 该方案专门设计用于破坏细胞壁并分离适合RNA-Seq研究的高质量RNA。
【背景】Chromochloris zofingiensis 是一种来自叶绿体谱系的小型单细胞绿藻（Dönz，1934）。此前，该物种在文献中已被描述为属于Muriella ，小球藻和 Mychonastes （Fučíková和Lewis，2012）。 C中有强烈的经济利益。因为它能够生产大量用于生物燃料的脂质，并且显示有望成为具有商业价值的营养制品虾青素的来源（Breuer等人，2012; Mulders等人。，2014; Liu et。，2016）。最近，发布了高质量的染色体水平的基因组组装和附带的注释，这有助于系统水平分析，如RNA-Seq（Roth等人，2017）。以下方案被设计为从液体培养物中产生高度纯化的总RNA，包括miRNA。 zofingiensis 适合RNA-Seq。 ℃。 zofingiensis 细胞受坚固细胞壁的保护，该细胞壁被设计为穿透。该方案的起始材料可以高达2.5×10 ...
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| Determining Ribosome Translational Status by Ribo-ELISA
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] The Ribo-ELISA was originally developed to elucidate the basis for the ribopuromycylation method (RPM)-based detection of ribosome bound nascent chains. The Ribo-ELISA enables characterization of the translational status of ribosomes, and can be applied to the discovery of super-ribosomal complexes with novel ribosome associated macromolecules that are isolated by physical fractionation in sucrose gradients or other methods.
[摘要] Ribo-ELISA最初是为阐明基于核糖核苷酸化方法（RPM）的核糖体结合新生链检测的基础而开发的。 Ribo-ELISA能够表征核糖体的翻译状态，并且可以应用于通过蔗糖梯度中的物理分离或其他方法分离的新型核糖体相关大分子的超核糖体复合物的发现。
【背景】核糖体是由40S和60S亚单位组成的异构结构，当多个核糖体与单个mRNA结合时，它们以单体和多核糖体存在于细胞中。 另外，翻译核糖体可以与调节翻译的多个分子复合物相关联。 核糖体ELISA（Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay）能够通过核糖体相关新生链的体外嘌呤化检测翻译核糖体（David等人，2012）。 在将嘌呤霉素添加至具有结合的新生链的核糖体时，这种化学反应自发进行。 该方法定量测定每个核糖体中出现的新生链的数量，并且可以用于确定单核细胞相对于多核糖体的翻译状态，并鉴定结合其他大分子的核糖体，其改变其在沉淀柱中的沉降速率或迁移。
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