| Maintenance of Schmidtea mediterranea in the Laboratory
|
|
Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] In the last years, planarians have emerged as a unique model animal for studying regeneration and stem cells biology. Although their remarkable regenerative abilities are known for a long time, only recently the molecular tools to understand the biology of planarian stem cells and the fundamentals of their regenerative process have been established. This boost is due to the availability of a sequenced genome and the development of new technologies, such as interference RNA and next-generation sequencing, which facilitate studies of planarian regeneration at the molecular and genetic level. For these reasons, maintain a healthy and stable planarian population in the laboratory is essential to perform reproducible experiments. Here we detail the protocol used in our laboratory to maintain ...
[摘要] 在过去的几年中，涡虫已成为研究再生和干细胞生物学的独特模型动物。 虽然它们具有显着的再生能力，但很长一段时间以来，人们已经建立了理解涡虫干细胞生物学及其再生过程基础的分子工具。 这种推动是由于测序基因组的可用性以及干扰RNA和新一代测序等新技术的发展，这些技术促进了分子和基因水平的涡虫再生研究。 由于这些原因，在实验室中保持健康稳定的涡虫种群对于进行可重复的实验至关重要。 在这里，我们详细介绍了我们实验室使用的协议，以维护最广泛作为模型的涡虫种类 Schmidtea mediterranea 。
【背景】涡虫是双侧对称的扁形动物，是超级寄主lophotroczoa的成员。有陆地，海洋和淡水涡虫。它们主要捕食受伤的昆虫，昆虫幼虫和其他无脊椎动物。涡虫是缺乏循环系统，骨骼系统和呼吸系统的三倍体和动脉粥样硬化动物（图1A）。这些动物在几天内截肢后具有恢复身体任何缺失部位的惊人能力（Reddien和Alvarado，2004; Salo，2006）;并根据环境条件和食物供应情况进行生长和驯化（Baguñá和Romero，1981）。这些特征是由于存在成体干细胞群 - 称为新生细胞 - 能够产生任何涡虫细胞类型（Reddien和Alvarado，2004; Salo，2006）。涡虫的高再生能力，具有独特的全能干细胞系统，为研究细胞更新，再生和干细胞调节提供了理想的模型。 ...
|
|
|
| Heterologous Expression and Purification of the CRISPR-Cas12a/Cpf1 Protein
|
|
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] This protocol provides step by step instructions (Figure 1) for heterologous expression of Francisella novicida Cas12a (previously known as Cpf1) in Escherichia coli. It additionally includes a protocol for high-purity purification and briefly describes how activity assays can be performed. These protocols can also be used for purification of other Cas12a homologs and the purified proteins can be used for subsequent genome editing experiments.
Figure 1. Timeline of activities for the heterologous expression and purification of Francisella novicida Cas12a (FnCas12a) from Escherichia coli
[摘要] 该协议提供了分步说明（图1），用于在大肠杆菌中异源表达新西兰弗朗西斯菌弗朗西丝菌Cas12a（以前称为Cpf1）。 它还包括一个高纯度纯化方案，并简要介绍如何进行活性测定。 这些方案也可以用于其他Cas12a同系物的纯化，并且纯化的蛋白质可以用于随后的基因组编辑实验。
![“”src]()
图1.从大肠杆菌 异源表达和纯化<弗朗西斯弗朗西丝菌 Cas12a（FnCas12a）的活动时间表
【背景】原核CRISPR-Cas免疫系统通过使用CRISPR RNA（crRNA）作为外源DNA或RNA的序列特异性靶向的指导来提供针对病毒和质粒的保护（van der Oost等人，2014; Marraffini ，2015）。 1类CRISPR-Cas系统（包含I型，III型和IV型）通常形成多亚基蛋白-cRNA效应复合物，而2类系统（包含II型，V型和VI型）依赖于单个crRNA-引导的效应物核酸酶用于目标干扰（Mohanraju et al。 2016年）。
...
|
|
|
| Microbial Mutagenicity Assay: Ames Test
|
|
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The Microbial mutagenicity Ames test is a bacterial bioassay accomplished in vitro to evaluate the mutagenicity of various environmental carcinogens and toxins. While Ames test is used to identify the revert mutations which are present in strains, it can also be used to detect the mutagenicity of environmental samples such as drugs, dyes, reagents, cosmetics, waste water, pesticides and other substances which are easily solubilized in a liquid suspension. We present the protocol for conducting Ames test in the laboratory.
[摘要] 微生物致突变性艾姆斯试验是一种细菌生物测定法，用于体外评估各种环境致癌物和毒素的致突变性。 虽然艾姆斯试验可用于鉴定菌株中存在的回复突变，但它也可用于检测环境样品如药物，染料，试剂，化妆品，废水，农药和易溶于水的其他物质的致突变性 液体悬浮液。 我们提供在实验室进行艾姆斯测试的协议。
【背景】微生物艾姆斯试验是一种简单，快速和强大的细菌试验，由不同的菌株和鼠伤寒沙门氏菌/ E的应用组成。用于确定致突变潜力（Levin等人，1982; Gupta等人，2009）。 1975年，艾姆斯和他的追随者对传统的艾姆斯检测方案进行了标准化，并于20世纪80年代进行了再次评估（Maron and Ames，1983）。替换已有突变的新突变的诱导允许恢复基因功能。新形成的突变细胞允许在没有组氨酸的情况下生长并形成菌落，因此该测试也被称为“逆转测定法”（Ames，1971）。虽然传统的艾姆斯测试对于初始监测致突变化合物来说非常费力且费时，但是通过使其更便利，液体悬浮液的小型化显着地影响了可用性。标准剂量（2μl，5μl，10μl，50μl和100μl）用于评估从低浓度到高浓度的致突变性（Hayes，1982）。小鼠肝脏已被用作制备匀浆9,000xg（S9肝脏级分）的组织，而在 ...
|
|
|